Тем временем обстановка в Европе становилась все менее выгодной для Франции, ибо ее союзник по прошлой войне — Англия перешла в анти-французский лагерь после «славной» революции 1689 года. Внешняя политика Якова II Стюарта, правившего; Англией до 1688 года, встретила резкое противодействие английской буржуазии. Яков II был полностью предан интересам Франции, от короля которой он: лично получал миллионные субсидии. Английские промышленники и торговцы понимали, что если французские войска займут Голландию, то Людовик XIV провозгласит себя господином голландских колоний, и не могли мириться с такой перспективой. Свержение Якова II Стюарта и избрание на английский престол правителя Голландии Вильгельмa означало создание прочного англо-голландского союза.
В 1692 году вспыхнула война, теперь уже между Францией и англо-голландской коалицией. 21 августа 1693 года к Пондишери подошла голландская эскадра, и Мартену пришлось эвакуировать из города женщин. Все мужчины были вооружены, и гарнизон из 600 человек ждал приступа. Однако 15 тысяч голландцев и их наемников на приступ не пошли, а, придвинув пушки к самому городу, открыли огонь. Загорелись дома. Начались паника и дезертирство. Пондишери был обречен, после двухнедельной осады он капитулировал. Мартена перевезли в Батавию (нынешняя Джакарта), откуда голландские победители хотели отправить его в Европу, но упрямый француз перехитрил их и вскоре оказался в Бенгалии, где взял на себя руководство всеми французскими факториями в Касимбазаре и Шандернагоре (по-индийски Чандер-нагар).
После того как в 1697 году в Рисвике был заключен мир, Мартен приехал в Пондишери, перешедший по договору в руки французов. В городе стала налаживаться жизнь. Во Францию разрешили ввозить отбеленный ситец, корицу, перец и другие товары, вскоре появились ткачи — около 500 человек. Уже в 1700 году Пондишери вновь занял преобладающее место среди французских колоний и факторий.
Мартен добился от Компании многих привилегий. Он стал фактически полновластным губернатором. В его руках находилась гражданская и военная власть. Верховным органом был объявлен Высший совет. Председателем его назначили губернатора, советники выполняли различные функции: первый советник был верховным судьей, второй — военным комиссаром, третий наблюдал за торговлей, четвертый ведал корабельными делами, пятый являлся прокурором и контролировал работу еудьи. На первых порах между советниками вспыхивали ссоры. Однажды, когда они грозили перерасти в междоусобную войну, Мартен своей властью сменил двух советников и установил порядок. Многое французская администрация заимствовала у своих голландских и английских соседей. Так же, как англичане и голландцы, французы собирали подоходные налоги с местного населения.
Вокруг Поидишери по-прежнему было неспокойно. Теперь Голконда и Биджапур оказались под властью могольского императора и территория, на которой находился Пондишери, управлялась субадарами Великого Могола, обладавшего практически номинальной властью. В окрестностях французской колонии бродили отряды, возглавляемые маратхскими, биджапурскими и другими феодалами. Но небольшой гарнизон Пондишери успешно отбивал атаки.
Внутренняя жизнь Пондишери была сопряжена со многими трудностями. Корабли привозили из Европы слитки серебра и золотые монеты. Вначале Мартен пытался разменивать их на рупии. Тамильские купцы расплачивались монетой низкого качества, и французы проигрывали на обмене. Мартен решил чеканить собственную монету с изображением индийской богини Лакшми. Но монета не получила распространения потому, что, во-первых, индийцам не понравилось изображение и, во-вторых, местные капуцины и иезуиты объявили святотатством наличие силуэта языческой богини на французской монете. Пришлось губернатору на этот раз уступить. Не успело стихнуть недовольство церковников, как разразился новый религиозный конфликт.
Францисканцы-капуцины поссорились с иезуитами. Францисканцы первыми обосновались в Пондишери, но вскоре сюда прибыли иезуиты. Стареющий король Франции Людовик XIV все больше подпадал под влияние своего исповедника иезуита Ла-Шеза, и поэтому Орден Иисуса чувствовал себя во французских владениях полновластным хозяином. Иезуиты стали настаивать на своем первенстве. Однако францисканцы не уступали. Ссора превратилась в открытую вражду. На глазах у индийцев святые отцы открыто проклинали друг друга. Напрасно Франсуа Мартен призывал строптивых церковников успокоиться, писал генеральному контролеру в Париж. Министр боялся поднимать щекотливый вопрос перед королем. Тем временем конфликт обострялся. Обе духовные конгрегации пожаловались в Рим Папа Климент XI был серьезно озабочен и послал в Пондишери специального духовного легата кардинал Турпона, католического патриарха Антиохийского. Высокий церковный сановник, опытный дипломат быстро разделил сферы влияния между иезуитами и францисканцами и призвал местных церковников к умеренности.
Францисканцы весьма терпимо относились к языческим церемониям, в которых участвовали новообращенные христиане. Иезуиты же проявляли фанатическую ненависть ко всему индийскому. Изображения индуистских богов вызывали бешеную злобу последователей Лойолы. Они неоднократно требовали разрушения всех индуистских храмов на территории «христианнейшего» короля Франции. Иезуиты нападали на брахманов с руганью и угрозами. В ответ на это брахманы настраивали местное население против служителей Ордена. Голландские агенты активно подогревали возмущение индийцев.
Франсуа Мартен оказался между двух огней. Он не хотел ссориться с главным иезуитом, другом всемогущего Ла-Шеза отцом Ташаром. Однако терпение индийцев иссякало. Мартен решил сначала воздействовать на индийцев. Он вызвал старейшин всех каст и объявил, что во имя спокойствия в городе запрещает религиозные праздничные шествия и разрешает молиться только в храмах. Индийцы выслушали приказ губернатора молча и, не сказав ни слова, удалились. На следующий день Мартен узнал, что тысячи людей собираются покинуть город. Губернатор приказал закрыть городские ворота. На следующий день у Мадрасских ворот стояло 15 тысяч ткачей — члены самой многочисленной касты Пондишери требовали открыть ворота.
Так впервые французы познакомились со стойкостью индийцев, их кастовой организацией. Касты, которые равнодушно взирали на изменение политической власти в Индии, внезапно проявили удивительное упорство в сопротивлении грубому вмешательству в их религиозную жизнь. Пришлось Мартену созывать старейшин касты и умолять их остаться в городе. В конце концов губернатор вынужден был разрешить индийцам религиозные шествия вокруг храмов. В Пондишери наступило спокойствие, хотя иезуиты продолжали открыто высказывать свою ненависть к индуистской религии. Многие индийцы покидали Пондишери, переселяясь в Негапатам и Мадрас. За два года из города уехало две тысячи семей.
В сентябре 1705 года разразился новый скандал.
Ткачи получили разрешение от губернатора на торжественное шествие. Огромная толпа прошла по улицам «черного города», неся изображения индуистских богов к священному пруду. Наблюдали эту картину и иезуиты; их возмущение было безгранично. Отец Ташар собрал всех иезуитов и своих слуг. Поздним вечером они проникли в никем не охраняемый храм. В священном гневе благочестивые отцы срывали шелковые и золотые ткани, украшавшие статуи, разбивали светильники. Один из жрецов заметил иезуитов и поднял тревогу. Собралась огромная толпа, и иезуиты удалились. Толпа не расходилась всю ночь, а утром старейшины каст явились к губернатору и потребовали наказания иезуитов. Трое слуг Ташара были схвачены и посажены в тюрьму, но индийцы требовали наказания всех иезуитов. На следующий день мастерские опустели. Толпы индийцев потянулись в Негапатам и Мадрас. Мартен собрал всех церковников города и потребовал подписать решение Высшего совета о невмешательстве католиков в религиозные дела индийцев. С большим трудом удалось уговорить старейшин каст остаться. Иезуиты продолжали упорствовать, однако открыто нападать более не осмеливались. Мартен написал письмо генеральному контролеру с требованием образумить их. Только в 1707 году, уже после смерти Франсуа Мартена, пришло послание от отца Ла-Шеза к иезуитам Пондишери, в котором предлагалось быть сдержанными по отношению к индийцам.