В такой момент, 23 мая 1618 года, произошла Пражская дефенстрация. Чешское протестантское дворянство выразило этим протест против свертывания своих политических и конфессиональных, привилегий. Эти привилегии были получены некогда только в результате конфликта между Маттиасом и Рудольфом, но в последние годы предпринимались постоянные попытки их ликвидировать. Ограничение привилегий не было инициировано Фердинандом. Он еще, собственно, и не успел как следует начать царствовать в Богемии, но его лозунги ни для кого не являлись секретом: контрреформация и абсолютизм. Его противники выступили под знаменем протестантизма и сословных вольностей. Итак, речь шла о главном противоречии эпохи. Фердинанд сразу и со всей определенностью понял основной смысл этого восстания. Реакция его была быстрой и решительной, в чем его поддержали светские и духовные советники, испанская фракция при дворе императора и ведущие князья католической Лиги.

Так Фердинанд положил конец колебаниям, которыми была пронизана политика Рудольфа II и Маттиаса. Правда, при этом возникала опасность глобальной конфронтации, ибо на конфликт в Богемии наложились противоречия на других территориях, подвластных Габсбургам, а также в других частях Европы, где они более или менее явно проявлялись в прошедшие годы. Фердинанд так говорил о пражских событиях: «Этот набат зазвонил не сам по себе, за веревку тянули совсем из другого места». При этом он имел в виду Гейдельберг и Гаагу — центры воинствующего кальвинизма. Решимость Фердинанда проявилась и в том, что он, вступив в сговор с эрцгерцогом Максимилианом и графом Оньяте, 20 июля 1618 года приказал арестовать кардинала Клезля, стремившегося к достижению компромисса с чехами. Преемником Клезля на посту директора Тайного совета стал барон из Штирии Ганс Ульрих фон Эггенберг. До 1634 года он оставался наиболее влиятельным советником Фердинанда и покровителем Валленштейна. Затем его сменил на этом посту граф Максимилиан Траутмансдорф. После смерти императора Маттиаса 20 марта 1619 года Фердинанд безоговорочно был признан главой немецкой линии семьи Габсбургов. В Богемии и Венгрии он уже был избран королем, эрцгерцог Альберт незадолго до этого отрекся от своих прав на Верхнюю и Нижнюю Австрию, а Тиролем и Передней Австрией управлял брат Фердинанда эрцгерцог Леопольд V.

Однако теперь на Фердинанда обрушился концентрированный удар всех тех сил, которые стремились к ликвидации монархического и католического принципа в габсбургских владениях и в империи. Чехи ратовали за создание конфедерации всех протестантских областей во владениях Габсбургов для достижения общих целей. В империи курфюрст Пфальца Фридрих V пытался мобилизовать протестантский Союз для того, чтобы провести свое избрание на престол короля Богемии и предотвратить избрание Фердинанда императором. Фердинанд, в свою очередь, вел переговоры с Испанией о помощи войсками, с папой — о финансовой помощи и о воссоздании католической Лиги. Достаточно было Союзу и Лиге вступить в игру, чтобы конфликт вышел далеко за пределы наследственных владений Габсбургов.

Невзирая на грозную ситуацию в наследственных землях, когда Вена была осаждена богемской армией, а протестанты угрожали лично Фердинанду в небезызвестной петиции от 5 мая Iб 19 года, он в начале июля окольными путями отправился во Франкфурт на выборы императора. Очевидно, что прежде всего следовало спасти императорскую корону, и Фердинанд считал, что именно он обязан это сделать, и действовал под лозунгом «Legitime certantibus corona» — корона должна принадлежать тем, кто борется за справедливое дело, при этом имелась в виду как земная, так и небесная справедливость. И действительно, 28 августа 1619 года Фердинанд был избран императором, и 9 сентября состоялась его коронация. Это был, несомненно, выдающийся успех. Теперь у Фердинанда были престиж и прерогативы императорской власти. Если бы теперь курфюрст Пфальца вздумал принять богемскую корону, то это означало бы мятеж против своего лепного сеньора — императора, а значит, его можно было обвинить не только в нарушении мира, но и в оскорблении императорского величества. Эти возможности сыграли большую роль в последующих переговорах, которые проводил Фердинанд. На обратном пути в Вену 8 октября он заключил с герцогом Максимилианом Баварским Мюнхенский договор, в котором ему была обещана помощь Баварии и католической Лиги против Фридриха V, протестантского Союза и повстанцев в наследственных владениях Габсбургов. Со своей стороны, Фердинанд обещал покрыть все военные расходы своего союзника (в крайнем случае, путем передачи территорий Пфальца), а также, хоть и в устной форме, передать ему избирательное право пфальцского курфюрста, для чего сначала необходимо было объявить против последнего имперскую опалу. Сомнительно, чтобы без этих приманок Максимилиан пообещал свою помощь из одних лишь соображений политической и религиозной солидарности. В любом случае Фердинанд находился в сложном положении и вынужден был пойти на столь далеко идущие шаги, тем более, он прекрасно понимал, что после победы над врагами и столь желанной консолидации обстановки практическая реализация этих шагов будет делом совсем не простым. Вскоре Фердинанду удалось также заручиться поддержкой курфюрста Саксонского и Испании, опять же под обещания территориальных приобретений. Создание столь сильного союза, несмотря на все уступки, явилось выдающимся достижением Фердинанда, и его противникам теперь было не устоять. Протестантский Союз заявил о своем нейтралитете, Саксония приобрела Лаузиц, испанская армия заняла значительную часть Прирейнского Пфальца, а 8 ноября объединенная армия императора и Лиги разгромила Фридриха V и чехов в сражении у Белой Горы. В последующие два года была завершена полная оккупация Верхнего и Прирейнского Пфальца, а еще сохранившиеся сторонники пфальцского курфюрста один за другим были изгнаны из империи. Победа императорского католического оружия казалась полной и безоговорочной. Но три процесса, в которых так или иначе участвовал Фердинанд, и дальше поддерживали напряженность. Прежде всего это были расправы и меры но рекатолизации в Богемии и Верхней Австрии. Фердинанд обращался с чехами как завоеватель. 28 «зачинщиков» были казнены, повальные конфискации подорвали экономическую мощь дворян Богемии, их политические права были значительно урезаны, кальвинистские и лютеранские проповедники были изгнаны, горожанам и крестьянам предоставлялся выбор между католицизмом и эмиграцией, дворянам-протестантам было запрещено исполнять обряды своей религии в общественных местах. В общем, контрреформация проводилась весьма жестко. Одновременно были проведены административные мероприятия, призванные теснее связать эту страну с монархически ориентированным государством. В частности, Богемская канцелярия была перенесена из Праги в Вену ко двору императора. «Новый порядок», изданный в 1627 году, стал кодексом нового богемского государственного нрава. В землях по реке Энс, отданных в качестве залога Баварии, расправы были не столь жестокими, но тем не менее в сочетании с баварской оккупацией они привели к крупному крестьянскому восстанию 1626 года. Фердинанд воспользовался плодами победы, для укрепления абсолютизма в Богемии и в наследственных владениях. При этом политические вопросы решались вместе с религиозными. Аналогичную политику рекатолизации проводили Бавария и Испания на оккупированных землях Пфальца. Все это вызывало беспокойство у немецких протестантов даже самой умеренной ориентации.

Вторым моментом была опала Фридриха V, объявленная 23 января 1621 года, и передача избирательного права Пфальца Максимилиану Баварскому 25 февраля 1623 года. Такой порядок опалы (императорская Декларация) в принципе не противоречил имперскому нраву, но Фердинанд сделал это без консультаций с протестантскими курфюрстами. Передача же избирательного права вела к кардинальному изменению религиозно-политической ситуации в империи и ставила протестантскую партию в опасное положение. Фердинанд прекрасно отдавал себе отчет о возможных последствиях этого шага, но в конце концов уступил настоянию Максимилиана и давлению папы, стремившихся использовать плоды военной победы в интересах католической церкви и, создав католическое большинство в Коллегии курфюрстов, навсегда исключил возможность вступления протестанта на императорский престол.