Очевидно, что империя, Германия и в особенности «немецкий имперский патриотизм», под знаменем которого пытались выступить Майнц и его клиенты, не были теми предметами, которые в первую очередь волновали Франца в момент его вступления на престол. Следует, правда, тут же добавить, что шансы Германии занять более достойное место в политике императора теперь увеличились. Сопротивление, которое Франц оказывал просвещенной политике Иосифа II, открывало путь к восстановлению исторических традиций. Эта приверженность традициям выразилась прежде всего в построенном им дворцовом комплексе Франценсбург (Лаксенбургский дворцовый парк). Здесь в центре тронного зала, над императорским троном, были помещены картины, изображающие коронацию Франца во Франкфурте и торжественный пир во франкфуртской ратуше Ремер. Большое влияние на Франца оказали взгляды его воспитателя и будущего министра, графа Коллоредо, и идеология всей его семьи, к которой принадлежали также последние вице-канцлеры империи (с 1745 года) Йозеф и Франц Гундакар фон Коллоредо. В жизни этой семьи империя всегда играла определяющую роль. Учителя истории — сперва во Флоренции бывший иезуит граф Хоенварт, затем в Вене профессор немецкого государственного права фон Шлойснигг, заразивший принца интересом к этому предмету, как и бывший профессор Вюрцбургского университета, автор известного труда «История немцев» Михаэль Игнац Шмидт, которого Франц слегка недолюбливал, — основательно познакомили его с историей империи и имперским правом. Не следует, наконец, недооценивать и гот факт, что Франц, хоть и знал несколько иностранных языков, но, в отличие от многих немецких князей, в том числе и своих родственников, принципиально говорил и писал по-немецки. Немецкий даже во Флоренции был его любимым языком, и для мелких немецких государств и вообще для традиционной немецкой имперской системы он был ближе, чем французский, на котором вели переговоры дипломаты. Франц говорил по-немецки с легким налетом венского диалекта, но писал он на весьма хорошем немецком языке, напоминающем язык современной немецкой литературы. Но самое главное заключается в том, что в первые годы его правления именно события в империи вышли на передним план, что вызвало естественное повышение интереса к имперским делам.

Сначала необходимо было обеспечить избрание Франца императором, что было не таким уж простым делом, поскольку с некоторых пор для Габсбургов эта процедура перестала быть формальностью. Однако венской дипломатии во взаимодействии с эрцканцлером империи в Майнце удалось довольно быстро решить эту проблему, поскольку угроза со стороны Франции заставила забыть о традиционных спорах по вопросам типа прав имперских викариев или новой редакции избирательной капитуляции. Из соображений экономии, а также из желания продемонстрировать просвещенную антипатию к роскоши церемонии избрания и коронации во Франкфурте в июле 1792 года были скромными, однако эти торжества и последовавшая непосредственно за ними в Майнце встреча императора с прусским королем и другими князьями империи, на которой обсуждался план кампании против Франции, вновь продемонстрировали все великолепие празднеств эпохи барокко. Вот как писал об иллюминации дворца Фаворита на Рейне вице-президент имперского Надворного совета Бартенштайн: «Должен признаться, что за вето жизнь не видел более прекрасной иллюминации» (Vivenot, II, 154). Эти мероприятия стали значительным политическим успехом и показали всем, что в империи вновь появился император. Большое впечатление произвели уверенный выход Вены на германскую арену, любезность, проявленная молодым Габсбургом во время старинных церемоний, и серьезность его отношения к обязанностям, которые накладывало на него новое положение.

В основе этого успеха лежали, скорее всего, не столько дипломатическое искусство и манеры молодого монарха, сколько австро-прусский союз, заключенный Филиппом Кобенцлем, вице-канцлером Австрии, еще при Леопольде II в 1790 году в Райхенбахе. Этот союз был заключен против воли старого государственного канцлера Кауница. Теперь существование Союза князей утратило всякий смысл, и всем прочим субъектам империи оставалось лишь беспрекословное повиновение. Союз этот стал также основой для проведения более жесткой линии против Франции, где жирондисты упорно пытались заставить Людовика XVI объявить Францу войну, но лишь как королю Богемии и Венгрии, а не императору Священной Римской империи. Франц не был изобретателем этой политики, и не он первым начал ее проводить. Ее инициаторами были, с одной стороны, все тот же Кауниц, который стремился использовать престиж, вновь завоеванный в империи, в чем и преуспел, добившись. 22 марта 1793 года объявления имперской войны, а с другой стороны, Кобенцль и начиная с марта 1793 года барон Франц фон Тугут, новая звезда при дворе императора. Однако последние, главным образом рассчитывали на территориальное расширение монархии в ходе грядущего столкновения, для чего были даже готовы пойти на конфликт с Пруссией и империей (вновь всплыл план обмена Нидерландов на Баварию). В результате четкая единая политическая линия достигнута не была. При этом император прикрывал и освящал эту непоследовательную политику не только своим именем и авторитетом. Она соответствовала его внутренним убеждениям, которые с годами выкристаллизовывались все яснее: антипатия к любой революции, одобрение союза с Пруссией и усиление влияния в империи, стремление сохранить собственную монархию и расширить ее территориальные пределы. Эти цели так же противоречили друг другу, как и политические принципы его главных советников.

Император принимал непосредственное, участие в войне, которая целиком заполнила собой последовавшую за этим эпоху. Благодаря Иосифу он получил прочные знания в области военного дела, и его интерес к этой области был выше, чем у большинства монархов из династии Габсбургов, но все же он не был стратегом. Его прежде всего интересовало политическое значение и политические последствия военных процессов. Он непосредственно участвовал в реформе управления и организации армии, а также в планировании кампаний, которые проходили сумбурно не в последнюю очередь потому, что он постоянно в них вмешивался и предлагал новые планы. В апреле 1794 года император появился на поле сражения (в Нидерландах) и позднее также не избегал опасностей войны, лично участвуя в ней. Это с самого начала определило отношения между ним и самым известным полководцем с немецкой стороны, его младшим братом Карлом, роль которого позже была явно преувеличена. Это были отношения не только между братьями, но и между монархом и генералом — здесь присутствовала и подозрительность, свойственная борьбе за главенство в политике, куда постоянно вмешивался Карл, которого иные считали более желательным монархом для Австрии, нежели его брата.

Царствование императора началось с многолетней войны, что и определило отношения между ним и империей, Имперская война действительно была объявлена в 1793 году, но это произошло слишком поздно, к этому времени уже был потерян Майнц и сожжен Франкфурт, а имперская армия существовала в основном лишь на бумаге. Бавария и другие субъекты империи пытались под любыми предлогами избежать предоставления своих войск. Имперские контингенты Ганновера (Англии) и Пруссии находились в составе армий коалиции, и даже в Вене бюрократы ссылались на древние особые права Австрии и Бургундского округа в случае имперской войны. Однако нельзя сказать, что империя безучастно взирала на военные усилия императора, так как в 1794 году под знаменами герцога Альбрехта Заксен-Тешенского удалось собрать свыше 70 тысяч человек. Совершенно невероятный успех имел в том же году призыв императора к вооружению парода, особенно во многих областях Средней и Западной Германии. Но слишком велики были проблемы этой армии, которые выходили далеко за пределы неподготовленности солдат, плохого вооружения и обмундирования. Главный вопрос был о цели применения имперской армии: лишь для защиты конкретного территориального образования, как это пытались сделать некоторые князья, для сохранения целостности имперской области, которой угрожал враг, или для достижения победы в великой борьбе императора с наступающими армиями революции — победы, которая прежде всего должна была защитить императорские владения в Италии. Субъекты империи попросту отзывали свои контингенты, не платили взносы и всеми возможными средствами стремились поскорее добиться мира, пусть даже сепаратного. Малая эффективность империи в военном отношении привела к тому, что в Первой коалиции участвовал лишь небольшой контингент имперских войск. Когда же эта коалиция, начиная с конца 1794 года, начала распадаться и в империи стали все громче раздаваться голоса, требовавшие заключения мира независимо от Вены и, может быть, даже путем создания нового Союза князей, император оказался практически в одиночестве, имея в своих руках лишь австрийскую армию и остатки имперской. Эта ситуация наряду с опасениями, вызванными вмешательством эрцгерцога Карла в политику, вполне объясняют содержание распоряжений императора в адрес брата, подобных следующему (1796 год): «У тебя есть только одни обязанности — обязанности перед нашим домом и монархией, а об империи и всем прочем ты должен забыть» (Rauchensteiner, 22). Но, даже оставшись один на один с врагом, император сражался не только за свои наследственные земли, но и прежде всего в империи и за империю, куда, кстати, входили его Нидерланды и итальянские владения. Франц II до 1797 года, а затем с 1799-го по 1801 год был убежденным сторонником войны, но трудно, конечно, сказать, в какой мере он воевал в империи и за империю. Его воззвания, которые, кстати, теперь уже на игнорировались, как это бывало раньше, не позволяют, естественно, сделать достоверные заключения о двигавших им мотивах. Однако можно с полной уверенностью утверждать, что император, настроенный вовсе не воинственно, вел эту войну, исходя из принципиальных соображений. Стоит обратить внимание на то, что Франц II однозначно считал войну, проходившую в удаленных областях империи, своей войной, радовался каждому успеху немецкого оружия, при всякой неудаче начинал, повинуясь своему темпераменту, искать виновных и далеко не всегда руководствовался интересами своей монархии. Можно утверждать, что на первом месте для него была также не «имперская система», а желанная победа над французами и полное их изгнание из Германии, ибо, как писал Франц брату Иосифу, палатину Венгрии, «от восстановления положения в империи зависит благоприятный и почетный исход этой войны» (1796, 12.8. Kaiser Franz Akten, 203 neu).