Степень ее фактического участия в этих процессах неизвестна. Бестужеву удалось сжечь компрометирующие материалы; сама Екатерина также уничтожила все, что могло бы подкрепить подозрения против нее. По иронии судьбы единственный, кто был искренне рад отступлению Апраксина и последовавшим за этим успехам Пруссии и кто, очевидно, действительно играл в Петербурге роль ее агента, великий князь и наследник престола не только остался в стороне, но и извлек выгоду. Теперь, после падения сильного Бестужева, он пытался укрепить свои позиции и при случае отделаться от своей жены.

В этом опаснейшем положении Екатерина решилась на рискованную игру. Чтобы упредить удар против себя, она лицемерно бросилась в ноги императрице, обвиняя себя в «малых дарованиях» и в том, что она навлекла на себя «ненависть великого князя и явную немилость Вашего Величества», заявила, что она «недостойна оказанной ей милости» и умоляла Елизавету разрешить ей покинуть Петербург и «на остаток моих дней» (ей было тогда 28 лет) удалиться в Германию к родителям.

Вне всякого сомнения, Екатерина ничего так не боялась, как удовлетворения этой просьбы, и ни к чему так не стремилась, как выпутаться из этого неприятного дела и чтобы с нее были сняты все подозрения. Это удалось ей в полной мере. Тщеславная, но в глубине души мягкосердечная и не любившая сильнодействующих средств императрица поступила именно так, как хотела мечтавшая о короне великая княгиня. Было много слез и объятий и в итоге Екатерина, к явной досаде своего мужа, осталась не только в России, но и в Петербурге — в отличие от многих приближенных к ней лиц, которые все были высланы — и пользовалась с тех пор неизменным благоволением императрицы.

После этого Екатерина вела себя очень осторожно и отстранилась от политических интриг, что не мешало ей пользоваться, хотя и с особой осторожностью, тем, что английский посланник по-прежнему оплачивал ее долги. В эти годы Екатерина жила очень уединенно, но время работало на нее. Она завязывала новые отношения. Прежде всего с графом Никитой Ивановичем Паниным, который после падения Бестужева сильно выдвинулся на передний план и был за назначение Екатерины регентшей при маленьком Павле. Сама же Екатерина хотела большего.

Панин, опытный дипломат, был назначен Елизаветой воспитателем мальчика Павла. Через него Екатерина вновь приобрела контакты с наиболее видными членами придворного общества. Одновременно, что оказалось для нее очень важным, она установила очень хорошие отношения с молодыми гвардейскими офицерами, пользовавшимися влиянием на молодое поколение. Ведущую роль среди них играли пять братьев Орловых, а самый красивый и наиболее популярный из них, хотя и не самый значительный, Григорий, стал новым любовником Екатерины. Он заботился о популярности великой княгини, третируемой своим мужем, как раз в тех кругах, которые, по зову или без него, готовы были выйти с оружием в руках на улицы или в коридоры императорского дворца. Однако для этого пока не наступило время.

На рождество 1761 года умерла императрица Елизавета. Хотя этого давно ожидали, смерть наступила внезапно, и императрица не оставила особого распоряжения о наследовании. Наследник престола воспользовался ситуацией, взошел на трон под именем Петра III и сразу же исключил всякую возможность политического или личного влияния своей супруги.

Таким образом, Екатерина лишь номинально была императрицей. С большим самообладанием и мудрой предусмотрительностью она вошла в эту роль. Со своей стороны, она подчеркивала эту отстраненность всем своим поведением и тем самым явно дистанцировалась от своего царственного супруга и всего, что он делал. Екатерина правильно поняла, что это будет в ее интересах. Ибо и личным поведением, и многими мерами Петр все больше подрывал свое и без того слабое положение. Он проявил нескрываемую радость по поводу смерти императрицы, не объявил при дворе официальный траур и не обращал внимания на принятые религиозные церемонии, в то время как Екатерина строго придерживалась всех церковных обрядов, вплоть до переворота носила траур и ежедневно, пусть и для вида, благоговейно молилась у гроба императрицы. Того, что в своей тайной переписке с Вильямсом она часто высмеивала императрицу и проявляла циничную радость по поводу ухудшения ее здоровья, тогда еще никто не знал, хотя это можно было предположить.

Новый русский император носил прусскую военную форму, которую он также ввел в гвардии, и заявлял во всеуслышание, что почитает волю Фридриха II «наравне с Божьей волей». Как и ожидалось, Петр III заключил с Фридрихом Великим мир (24 апреля 1762 года). Однако, вопреки ожиданиям, он сделал это совершенно безвозмездно и заключил после мира военный союз, который, впрочем, не был ратифицирован. Своего дядю, не способного ни к чему голштинского принца Георга, Петр назначил фельдмаршалом России в высшем ранге во всей армии и готовился втянуть Российскую империю в войну с Данией из-за голштинского вопроса. В конце концов он заявил о намерении вообще распустить русскую гвардию и заменить ее голштинскими полками. Он бесцеремонно и открыто проявлял свое презрение ко всему русскому, собрался удалить из церквей иконы, закрыть многочисленные частные капеллы, заменить красочное облачение православных священнослужителей на черные (протестантские) сюртуки и тому подобное. На официальных мероприятиях император вел себя так, что у присутствовавших русских «сердце кровью обливалось от стыда перед иностранными министрами», а о своей собственной жене «говорил с явным презрением публично» (Болотов).

Все это укрепляло в Екатерине решимость совершить государственный переворот. Она прекрасно знала, что Петр не только придурковат, бестактен и инфантилен, но также труслив и не способен на серьезное сопротивление, даже чтобы защитить себя.

Уже через полгода после восхождения Петра на трон общественное мнение до такой степени было настроено против него, что свержение его с престола больше не было рискованным делом. Екатерина втихомолку сделала все, чтобы подготовить к этому общественное мнение. При этом она не ограничилась тем, чтобы завоевать на свою сторону гвардейских офицеров, но и позаботилась о рядовом составе. По многолетнему опыту, приобретенному в России, она знала, как это делается, и приказала поднести от своего имени солдатам, разъяренным и измученным строевой подготовкой императора, «чарочку водки после утомительной муштры» (причем уменьшительная форма связана здесь с особенностями русского языка, а не с объемом стакана). Позднее Екатерина написала: «Les esprits des gardes efaiend prepares». Необходимые для подобной пропаганды средства, которых у нее не было, она, как и раньше, получила от англичан.

Из гвардейских офицеров образовалась сплоченная группа заговорщиков во главе с пятью братьями Орловыми, план которых заключался в том, чтобы по испытанному образцу петербургских дворцовых революций захватить императора в его покоях, объявить его низложенным и тем самым ограничить событие пределами императорского дворца. Этот план не был исполнен, поскольку Петр III неожиданно покинул Петербург и отправился в летнюю резиденцию Ораниенбаум на Финском заливе примерно в 40 километрах от города. Из-за этого выступление против императора было перенесено из стен дворца в гвардейские казармы и на улицы Петербурга.

Срок переворота определил сам Петр III, отдав гвардии приказ готовиться к выступлению в поход против Дании. Кроме того, приходилось считаться с возможностью ареста Екатерины и заключения ее в монастырь. Однако последним толчком к поспешному началу выступления стал арест одного из заговорщиков — офицера по имени Пассек.

Теплой летней ночью с 27 на 28 июня Алексей Орлов, самый отважный и рассудительный из братьев, неожиданно появился в покоях Екатерины, которая жила в вынужденной изоляции в Петергофе, недалеко от Ораниенбаума. Орлов поднял ее с постели словами: «Пора вставать, все готово для Вашего провозглашения!»