Ко времени возникновения схоластики относится начало дисциплинарного разделения теологии и философии.
Одним из первых, кто осуществлял такое разделение был Гильом из Шампо.
Гильом из Шампо (ок. 1068 - 1121) возглавлял философскую кафедральную школу при соборе Парижской богоматери, в которой процветало искусство диалектики. Около 1108 г. Гильом основал Сен-Викторскую обитель, которая обрела славу как школа мистического реализма, ярчайшим представителем которой был Гуго Сен-Викторский. Но сам Гильом был учеником Ланской школы моральной философии, которая разрабатывала этические идеи в рамках теологии (doctrina sacra) на основе идей Августина. Школа представляла две традиции обучения: следование авторитету и свободное исследование. Чтение текста, комментарий учителя, записываемый аудиторией, чередовался со свободными дискуссиями, где учитель и ученик могли померяться силами. Гильом был автором книги "Вопросы, или Сентенции", в которых сопоставлялись противоположные утверждения, обнаруженные в Священном писании, относительно принципов веры. Техника вопрошания становилась неотъемлемым элементом обучения, проходившего в форме диспута. Сопоставление антитетических суждений нашло ярчайшее воплощение в работе ученика и оппонента Гильома из Шампо Петра Абеляра "Да и Нет".
Теология как дисциплина формировалась и в текстах, имевших практически-прикладной характер. Одним из них был "Диалог между Философом и Иудеем о католической вере", написанный Гильомом во второй половине 90-х гг. XI в. Он представляет своего рода образец интеллектуальной процедуры обращений в христианскую веру, научения ей. Способы научения таковы: 1) ссылка на авторитетные тексты (Священное Писание, Послания апостола Павла и трактаты Аврелия Августина); 2) использование жанра строгой дидактики, требующей усвоения и запоминания правил, показывающей образцы мнемотехники; 3) доказательство примерами. Примерность, замещающая доказательство, выполняла функцию переводчика знания "высоколобых" в неграмотную или языческую среду, доказывая необходимость посреднической роли священнослужителя.
Гильом, будучи пропагандистом веры, понимал, что процесс обращения аудитории является двусторонним, диалогическим. Была необходима структурная экспликация основоположений. Вера может не требовать рациональных оснований для единоверцев, но не для иноверцев, потому Гильом прибегал к объяснительным процедурам, имеющим силу доказательной аргументации для людей другой среды общения. Одной из таких процедур была процедура самоустранения из описания вероисповедных принципов ("не от себя говорить буду"), что позволило представить один из основных христианских догматов грехопадение - как эксперимент. Эксперимент, который совершает Адам, выбрав между запретом некоего действия и его свершением, не только предопределяет путь человечества, но и обнаруживает определенный канал его дальнейшей деятельности. С этого момента происходит распределение ролей будущих поколений людей, оказавшихся перед необходимостью освоения естественного знания. В момент выделения эксперимента из теоретико-созерцательной практики складывается "почти" естественнонаучная дисциплина, которой не хватает направленной в будущее верифицирующей процедуры, осознания предмета под формой авторитетного носителя истин в последней инстанции.
С Петра Абеляра богословские трактаты стали называться "теологиями".
Петр Абеляр (1079 - 1142), будучи уже прославленным магистром, державшим школы в Мелене и Париже, в 34-летнем возрасте стал школяром в Ланской школе, где впервые попытался разрешить теологические вопросы не на основании авторитета, а на основании разума. Начатые в Лане занятия он продолжил в Париже. После неудачного брака с Элоизой (желание сохранить брак в тайне заставило Абеляра временно поместить Элоизу в монастырь, что неверно было истолковано ее родными, стараниями которых магистр Петр был оскоплен) он был принужден принять монашеский постриг. Но и в Сен-Дени, затем в молельне Параклет, наконец, на холме св. Женевьевы (будущем Латинском квартале) в Париже, где Абеляр раскинул школьный стан, он продолжал занятия теологией, не получив на то церковной лицензии. Следствием этих занятий были книги "Введение в теологию", "Теология Высшего блага", "Христианская теология", за которые в 1121 г. на соборе в Суассоне и в 1140 г. на соборе в Сансе Петр Абеляр был признан еретиком.
Петр Абеляр впервые попытался рассмотреть знания из "суммы философии" как отдельные науки. Он выделил теологию как полную теоретическую дисциплину. У этики, или моральной философии, на его взгляд, также были все основания стать дисциплиной со своим особым предметом, предполагающим в отличие от теологии деятельность не человечества в целом, а лишь живущего поколения, которую верифицирует эта жизнь. Первым в средние века он написал трактат "Этика, или Познай самого себя" не в качестве одной из частей теологии. На основании известного с апостольских времен предположения о существовании всегда нового знания, хотя оно и не вмещается в человека (От Иоанна, 16, 12 - 13), Петр Абеляр теоретически сформулировал мысль 1) об исторической ограниченности человеческого знания и 2) о необходимости постоянного ввода в него знания нового, которое расценивалось бы не только как факт интуиции: оно должно быть выявлено в предмете, поставлено как проблема и переведено в ранг признанного знания с помощью верификации Священным Писанием и диалектических процедур. В философско-теологическом сообществе XII в., ориентированном на испытанную традицию, мысль Петра Абеляра вызвала опасение, хотя такое представление можно было обнаружить у Августина ("О граде Божием"), а спустя полтора столетия Фоме Аквинскому утверждение о необходимости создания нового знания уже вменялось в заслугу.
Тем не менее именно с Петра Абеляра спекулятивная философия теоретически осознанно обнаруживает себя как диалектическая рациональная теология. Магистр Петр предстает как теолог-новатор, который опосредовал результаты эксперимента текстом Священного Писания, с его помощью осуществляя проверку на истинность. Контролирующая функция такой проверки состоит не в отсылке к Богу вообще, а к конкретному месту авторитетного текста. Теология без этой двойственности критериев замкнулась бы на теоретические схемы платоников, пропагандируя только жестко реалистические схемы. При необходимости разъяснения оснований веры происходило теоретическое сжатие проблем, вырабатывались основные установки теологии как дисциплины: непримиримость к противоречиям, вера в разрешимость проблемы (связанной, например, с неясными местами догматики), осознание повтора как дисциплинарного преступления. При становлении теологии как дисциплины были выработаны основные критерии того, что в это время вместо привычного ars (искусства) начинает называться scientia (в будущем это разовьется в понятие науки). Фактически в текстах XI - XII вв. наблюдается процесс рождения науки из теологии. Они несут в себе зародыш будущей научной дисциплинарности, разрабатывая стандарты познавательной точности.