Диалектическая теология подверглась критике со стороны мистической теологии (Бернард Клервоский), которая первично основывалась на данностях внутреннего опыта, а не на логических аргументах. Тем не менее результаты обсуждения предмета теологии не замедлили сказаться при создании новых познавательных схем. Гуго Сен-Викторский в "Дидаскаликоне" ("Семь книг назидательного обучения") выявляет двухуровневую структуру теологии, разделив ее на "мирскую теологию" и "божественную теологию". Первая исследовала сущность Бога, впоследствии она была названа "естественной теологией"; вторая, считавшаяся высшей, исследовала Бога, воплощенного в Логосе и церковных таинствах. В будущем она стала именоваться "теологией откровения". Членение единой теологии надвое становится устойчивым. Это означает, что самому понятию естества, или природы, придается устойчивый характер, чего не было в античности, понимавшей под "природой" мир рождающихся и преходящих вещей или указание на генезис вещи. В развитом средневековье природа сакрализуется как время и пространство. Именно в XII в. образ Книги природы, появившийся значительно ранее, с одной стороны, становится поэтическим штампом, с другой - употребляется как отличие от Книги Библии (Алэн Лилльский, Раймунд Себундский). Подобного рода разделение вело к далеко идущим последствиям: поскольку у обеих Книг был один и тот же автор - Бог, "природа" начинает осознаваться как священный текст равного достоинства с библейским. Но если Библия адресована человеку, живущему не только в расчете на разум, но и на чудо, то сотворенная без посредников природа в последнем не нуждается. По сравнению с Тертуллианом, полагавшим человека наилучшей частью Божественного творения, поскольку Бог творил его собственноручно, в XII в. имеет место начало интеллектуальной переориентации. И хотя по-прежнему считается, что мир сотворен Богом ради Бога, потому внимание должно быть направлено на мир иной, на идею спасения, все же очевидно стремление познать и понять плоть мира как самоценность. Уже Фома Аквин-ский полагает, что мир создан ради человека.

Третий этап развития теологии по времени совпал с освоением "Физики" и "Метафизики" Аристотеля (в которых рассматриваются проблемы перводвигателя и сущности) и арабской философии. Анализ идей Аристотеля, Авиценны и Аверроэса привел к появлению доктрины двух истин (Сигер Брабантский, Боэций Дакийский), согласно которой истины разума, требующие доказательства, не соответствуют истинам веры, опирающимся на Откровение. Это окончательно разделило теологию и философию. Опираясь на упомянутые трактаты Аристотеля, аверроисты доказывали совечность мира и Бога, невозможность божественного вмешательства в дела мира. Эти идеи в значительной степени способствовали развитию научного познания, основанного на аргументации и эксперименте.

Фома Аквинский, хотя и утверждал автономию философии, пытался, однако, найти общие основания веры и разума.

Фома Аквинский (1225/26 - 1274) получил первоначальное образование в Монтекассинском монастыре, учился в Неаполитанском университете. В 20-летнем возрасте вступил, к огорчению родственников, в доминиканский орден и затем учился у Альберта Великого сначала в Парижском университете, затем в Кельне. В 1252 г. он прибыл в Париж, где с 1256 г. начал преподавать в университете. С 1260 г. по 1269 г. Фома жил в разных городах Италии, затем вновь вернулся в Париж. В 1272 г. он помогает устраивать доминиканскую школу при Неаполитанском университете, в начале 1274 г. отправился в Лион для участия в Соборе, по дороге тяжело заболел и умер в монастыре Фоссануова на полпути между Неаполем и Римом. Перу Фомы принадлежат многотомные "Сумма теологии" и "Сумма против язычников", "О сущем и существовании", "О началах природы", многочисленные "Вопросы", Комментарии к Библии, к трактатам Аристотеля, сочинение "О единстве разума против парижских аверроистов".

Догматы веры Фома разделил нерационально постижимые (Бог существует, Бог един) и непостижимые (творение мира, троичность Бога). Первые являются предметом и философии, и теологии, вторые - только теологии, которая, с одной стороны, есть высшая форма философской рефлексии, а с другой направлена на богопознание, к чему, в отличие от философии, как он полагал, призваны все люди.

Все конечные вещи в мире - это примеры основного различия между сущностью и существованием. При определении сущего Фома ссылается на Аристотеля, который полагал, что о сущем надо говорить в двух смыслах: о сущем, делящемся на десять категорий, и о сущем, означающем истинность суждения. Если говорить о сущем как о суждении, то в данном случае им может быть то, чего нет в реальности (отрицание, слепота, лишенность чего-либо: отрицание есть противоположность утверждению, слепота есть свойство лишенного зрения). Это - логическое сущее. Но сущим в первом смысле называется то, что предположено в действительности. Так понятое сущее есть попытка исследовать причину всякой возможности и актуальности, намечая путь к доказательству бытия Бога.

Реальное сущее выражает сущность вещи, которая, в свою очередь, присуща (как общее) всем однородным вещам, выражая их "чтойность", или природу. В полной мере такое наименование сущего относится к субстанциям, которые принимают акциденции, и потому "некоторым образом и в определенном смысле" имя сущего относится и к акциденциям. Но "более истинным и благородным образом" сущее есть в простых субстанциях, состоящих из материи и формы. Только в их единстве сущность есть сущность. Иначе не различались бы физические и математические определения". Когда вещь получает бытие, то оно есть и в том, что относится к сущности, и в том, что относится к существованию. Здесь нет предшествования или последовательности по времени: акт существования обеспечивает бытие сущности, но не наоборот. Сущность не обеспечивает вещи необходимости ее существования. Прежде всего это относится к акту высказывания. Если субъектом высказывания (подлежащим) является конечная вещь, такое высказывание случайно. Но оно может быть необходимым, если его субъектом будет сущность бесконечная. Сущность и существование отождествляются в Боге, потому только о Нем и можно сказать, что Он может существовать. Фома отвергает Ансельмов аргумент о существовании Бога, который он считает не доказательством, а самоочевидностью, поскольку он основывается: 1) на привычке ("то, что впиталось душой с детства, так крепко удерживается, как если бы оно было естественно и известно само по себе"), 2) на отсутствии различия между тем, что просто известно само по себе, и тем, что известно само по себе "для нас". Из ясного и понятного имени "Бог" еще не следует, что "Бог есть". И не для всех, кто соглашается с тем, что Бог есть, очевидно, что Он есть то, больше чего нельзя ничего помыслить, "поскольку многие древние говорили, что этот мир есть Бог".