Существенную роль в выборе содержания и форм партизанского движения сыграло материально-техническое обеспечение партизанских формирований. Рост партизанского движения, многогранная боевая деятельность партизанских отрядов, появившихся партизанских соединений, возрастание их потребности в оружии, боеприпасах, средствах связи, минно-взрывных и других средствах вызвали необходимость создания 20 июня 1942 года отдела материально-технического снабжения ЦШПД. Если до образования Центрального штаба и других штабов партизанского движения, партизаны снабжались вооружением за счет выделения оружия военными советами фронтов и армий, трофеев и сбора его на местах прошедших боев, то теперь началось централизованное и планомерное снабжение оружием, боеприпасами, минно-подрывной техникой, вещевым, медицинским имуществом и продовольствием.

Наибольшую трудность при выполнении задач по нарушению работы железнодорожного транспорта противника вызывало отсутствие специальных минно-взрывных средств. В связи с этим ЦШПД возбудил ходатайство перед Государственным Комитетом Обороны о создании специальных мин для партизан. Разработка новых конструкций минно-подрывной техники была поручена Главному военно-инженерному управлению (ГВИУ). Опыт боевых действий показал, что наиболее подходящими для партизан являются противопоездная мина мгновенного и замедленного действия ПМС, магнитная мина системы УФАН, рычажная мина РМ, автотранспортная мина АС, малая магнитная мина МММ, мины замедленного действия МЗД. Минно-взрывное вооружение позволяло партизанам добиваться эффективных результатов, не вступая в открытое непосредственное боевое соприкосновение с противником.

Появление на вооружении партизанских отрядов радиостанций, специальных минно-взрывных средств потребовало соответствующей подготовки командиров, подрывников и радистов, способных организовать применение специальных сил и средств в диверсионных и других видах специальных действий партизанских формирований. Подготовка специалистов диверсионной работы (инструкторов минно-подрывного дела и подрывников) в специальных школах и центрах составила ⅔ всего объема подготовки в школах и центрах.

Наличие специальных мин и минно-взрывных средств, а также подготовленных специалистов минно-подрывного дела позволило партизанским формированиям резко увеличить количество наиболее эффективного способа нарушения работы железнодорожного транспорта противника — совершение диверсий. Так, если в 1941 году на Украине в результате диверсий было совершено 23 крупные аварии на железных дорогах, то в 1942 году — 223. Резко активизировались также действия партизан на железных дорогах в оперативном тылу группы армий «Центр» с 41 диверсии в апреле 1942 года до 236 в июне. При этом, если в апреле такая форма как открытый бой составляла 58 % боевой деятельности партизан, а различные виды специальных действий только 42 %, то в сентябре такие виды специальных акций как налеты, засады и диверсии составляли 75 % боевой деятельности партизан. Наличие специальных минно-взрывных средств, применяемых в любое время года, позволило также снизить сезонную разницу в боевой деятельности партизан.

По мере насыщения партизанских отрядов специальным минно-взрывным вооружением изменялась их тактика действий. Для совершения железнодорожного крушения воинского эшелона или устройства засады на автомобильной дороге при наличии специальных мин требовалось всего несколько человек. Отпадала необходимость входить в непосредственное боевое соприкосновение с противником. Уклонение от открытого вооруженного столкновения с частями противника и немедленное рассредоточение в случае угрозы ведения боевых действий в невыгодных условиях стало правилом, принципом действий партизан. Бой с воинским частями противника стал вынужденной формой применения партизанских сил и средств.

Увеличение боевых возможностей партизанских отрядов, необходимость концентрации и координации их действий вызвали к жизни такую организационную структуру как объединение нескольких партизанских отрядов в бригаду или иное партизанское соединение. Основной организационной единицей соединений, как правило, оставался партизанский отряд. Численность соединений составляла от нескольких сот до 3–4 тысяч человек, отрядов — от нескольких десятков до нескольких сотен партизан. Обычно соединение состояло из 4–7 отрядов, отряды — из рот, взводов или боевых групп. Создание партизанских соединений позволило приступить к осуществлению специальных действий в более крупном масштабе вначале в границах районов базирования, а затем и за их пределами способом рейда.

Так, в сентябре 1942 года рейды совершили соединение под командованием С.В. Ковпака в составе 5 отрядов численностью 1075 человек и соединение под командованием А.Н. Сабурова в составе 7 отрядов общей численностью 1617 человек. Рейд включал в себя последовательное осуществление диверсий на железных и шоссейных дорогах, налеты на комендатуры и небольшие гарнизоны, действующие промышленные предприятия, разрушение линий связи, а также применение других способов специальных действий по маршруту передвижения. Важной задачей, решаемой в ходе рейда, была организация и активизация партизанского движения в новых районах, а само перебазирование соединений имело оперативное значение.

Наряду с партизанскими формированиями, руководимыми ЦШПД, в тылу противника действовали разведывательно-диверсионные группы, направленные туда разведывательно-диверсионными отделениями разведотделов штабов фронтов. Боевое применение таких формирований осуществлялось в форме разведывательного обеспечения боя, сражения или операции, определялось целевым предназначением военной разведки и, в основном, заключалось в добывании разведывательных данных.

Таким образом, во втором периоде развития специальных действий определенная самостоятельность ЦШПД во многом обусловила целенаправленную работу по проблемам партизанских действий, что, в свою очередь, позволило после обобщения и анализа накопленного опыта правильно определить место и роль, а на их основе — цели и задачи борьбы в тылу врага. В частности основным объектом приложения усилий партизан было избрано наиболее уязвимое место противника — растянутые по фронту и в глубину коммуникации. В первую очередь, исходя из оценки уровня оперативного оборудования оккупированной территории, предполагалось нарушить работу железнодорожного и автомобильного транспорта. Эффективное решение этой задачи потребовало как применение новых средств партизанской борьбы, так и специалистов по их использованию. Наличие определенных властных полномочий ЦШПД обеспечило возможность ходатайства и получения положительного решения ГКО по этим вопросам в кратчайшие сроки.

Восстановленный в мае 1942 года Центральный штаб партизанского движения приступил к разработке плана первой операции партизан на железнодорожных коммуникациях противника стратегического масштаба. В основу плана операции было положено Постановление ЦК КП(б) Белоруссии «О разрушении железнодорожных коммуникаций противника методом «Рельсовой войны», т. е. разрушением рельсового полотна минно-взрывным и другими способами. В приказе начальника ЦШПД от 14 июля 1943 года «О партизанской рельсовой войне на коммуникациях врага» указывалось, что «огромный рост и размах партизанского движения позволяет в настоящее время наносить массированные повсеместные удары по железным дорогам с целью их полной дезорганизации и срыва операций врага на фронтах». Возможность достижения стратегической цели — полной дезорганизации железнодорожных коммуникаций в тылу противника не вызывала сомнений ни в органах управления партизанским движением, ни в самих партизанских отрядах. Однако способ достижения цели — подрыв двухсот тысяч рельсов встретил возражения.