Существенные изменения в содержании и формах специальных действий были вызваны требованиями подготовки и ведения реальных боевых действий в Афганистане. Советская Армия по идеологическим причинам не готовилась к ведению противопартизанской борьбы. Как и другие соединения и части 40-й Армии соединения и части специального назначения были вынуждены выполнять в Афганистане боевые задачи, которые не предусматривались полевыми и боевыми уставами, руководствами и наставлениями. Выполнение специальных задач с самого начала потребовало специальных форм их выполнения. Специальная акция 27 декабря 1979 года по захвату дворца Тадж-Бек и ликвидации Х. Амина, проведенная 154 отдельным отрядом 15 бригады специального назначения ТуркВО во взаимодействии со спецподразделениями КГБ и парашютно-десантной ротой ВДВ, положила начало 9-тилетним специальным действиям советских войск в Афганистане. Потерпев неудачу в открытых боях с подразделениями и частями советских войск, мятежные части и подразделения афганской армии и вооруженные отряды оппозиции с весны 1980 года в основном перешли к партизанским методам ведения войны. Противопартизанская борьба с вооруженными иррегулярными формированиями моджахедов стала основным содержанием боевых действий соединений, частей и подразделений 40-й Армии. Однако отсутствие каких бы то ни было руководящих документов, отсутствие в Основах подготовки и ведения операций Вооруженных Сил, в полевых и боевых уставах особенностей подготовки и ведения противопартизанских (противодиверсионных) действий, существенно осложнили действия советских войск.

Изложенный в уставах порядок разгрома противника при ведении обычных боевых действий в наступлении и обороне, не соответствовал реальной боевой обстановке. Бандформирования применяли специальную тактику партизанской войны, уклоняясь от открытого столкновения с советскими частями и подразделениями. Совершив внезапное нападение на колонну из засады или налет на стационарный объект, нанеся максимальные потери за минимально возможное время в живой силе и технике, вооруженные отряды оппозиции немедленно покидали район боевых действий при неблагоприятно складывающейся для них обстановке. Поэтому разгром противника в открытом бою становился, как правило, невозможным, а овладение участком местности, где ранее он находился бессмысленным. Первоочередной задачей противодиверсионной борьбы стало своевременное обнаружение бандформирований. Применение противником специальных способов и форм ведения вооруженной борьбы вынудили советские войска искать соответствующие способы и формы вооруженного противодействия.[56]

Основной формой противопартизанских действий стала операция по поиску, блокированию и уничтожению бандформирований. Термин «операция» практически с начала войны и до вывода войск использовался в практике подготовки и ведения боевых действий в звене от полка и выше. Так, генерал армии М.А. Гареев писал об армейских операциях, проводимых ежегодно силами одной-двух мотострелковых дивизий, а также о дивизионных и полковых операциях. Командующий 40-й Армией генерал-полковник Б.В. Громов называл форму боевых действий «войсковыми операциями», а помощник руководителя Оперативной группы МО СССР в Афганистане генерал-майор А.А. Ляховский все специальные боевые действия независимо от масштаба просто «операциями».

Однако ни один из авторов не указывал, к какому виду боевых действий принадлежали данные операции. Очевидно, что боевые действия в Афганистане по своему характеру были общевойсковыми, поскольку их основным содержанием были боевые действия мотострелковых, танковых, воздушно-десантных, артиллерийских, инженерных соединений и частей, соединений и частей специального назначения, широко применялась фронтовая и военно-транспортная, а иногда и дальняя авиация. Тем не менее, несмотря на общевойсковой характер боевых действий, их нельзя отнести к известным видам боевых действий — наступательным или оборонительным, поскольку в их содержании отсутствуют существенные признаки наступления или обороны. Так, во-первых, наступление или оборона предполагают наличие территории, контролируемой своими войсками, и территории, контролируемой противником, а также обозначенной в той или иной степени линии фронта между ними. Такой единой линии фронта, разделявшей стороны, у 40-й Армии не было. Во-вторых, овладение определенными районами местности в наступлении или их удержание в обороне неразрывно связаны с разгромом противника и являются важнейшей составляющей цели боевых действий. В Афганистане овладение тем или иным районом местности даже по нескольку раз могло происходить без каких-либо боевых действий. Кроме того, при неблагоприятно складывающейся обстановке формирования душманов уклонялись от боя, временно покидали данный район, а потом возвращались. Поэтому контроль над территорией ограничивался временем пребывания там советских или правительственных войск. В качестве цели боевых действий в таких случаях, как правило, выступал только разгром бандформирований. В-третьих, атака или отражение атаки является важнейшим и решительным моментом наступления или обороны. Развертывание бандформирований в боевой порядок и атака советских войск являлись редким исключением. Наличие переднего края у моджахедов и возможность его атаки советскими подразделениями и частями также были скорее исключением, чем правилом. Поэтому отсутствие атаки является одним из важных признаков иной сущности и иного характера боевых действий. В-четвертых, наступление или оборона предполагают решительное применение всех имеющихся средств поражения. Однако формирования душманов часто располагались среди местных жителей в населенных пунктах, поэтому советские войска вынуждены были вести противодиверсионные действия, как правило, в районах проживания мирного населения. Поэтому существовавшие строгие ограничения на применение авиации, ракетных войск и артиллерии также говорят о существенных отличиях боевых действий в Афганистане от обычных боевых действий. В-пятых, наступление или оборона осуществляется в определенном районе и в более или менее установленное время. Если это требование соблюдалось при ведении активных противодиверсионных действий по поиску и уничтожению бандформирований, то нападения моджахедов можно было ожидать в любом месте и в любое время. При этом важным показателем выполнения боевой задачи являются темпы наступления. При подготовке и ведении операций этот показатель, как правило, не использовался. В-шестых, изложенные в уставах особенности ведения боевых действий в горах или пустыне не отражали особенности характера вооруженной борьбы, поскольку содержанием боевых задач советских частей и подразделений была не борьба за узлы дорог, горные перевалы и проходы в горах или действия на отдельных направлениях в пустыне, а борьба в горных или пустынных районах против диверсионных формирований противника.

Вместе с тем боевые действия советских войск в Афганистане имели собственные существенные признаки, совокупность которых позволяет выделить их в особый вид боевых действий — специальные действия. Следовательно, цели, характер, содержание, пространственные и временные показатели боевых действий советских войск в Афганистане имели существенные отличия от изложенных в руководящих документах основных видов боевых действий и их особенностей. Поэтому противопартизанские, или противодиверсионные боевые действия советских войск в Афганистане следует отнести к специальным боевым действиям (специальным действиям) войск и сил. Соответственно, операции по поиску, блокированию и ликвидации (разоружению) иррегулярных вооруженных формирований по форме можно отнести к специальным операциям. Всего советскими войсками в ходе боевых действий в Афганистане по подсчетам генерала армии М.А. Гареева было проведено 416 плановых операций, которые по виду боевых действий можно назвать специальными.

Специальная операция была одной из форм специальных действий. Кроме того, специальные действия велись в форме систематических специальных действий и специальной акции. Бандформирования применяли также такую форму специальных действий как диверсионный удар по коммуникациям или по одному или группе важных объектов. В промежутках между армейскими, дивизионными, бригадными и полковыми специальными операциями согласно ежемесячным планам боевых действий армией, дивизиями, бригадами и полками велись систематические специальные действия. Систематические специальные действия представляли собой совокупность последовательно проводимых специальных акций в зонах своей оперативной ответственности, как правило, не связанных между собой единым замыслом. В рамках систематических специальных действий осуществлялось отражение нападений бандформирований на объекты советских войск, а также ведение других боевых действий, навязанных противником.