Леблуа обвинял Фукье в совершении различных должностных преступлений, в том, что он был столь же кровожадным, сколь и склонным к утаиванию денег, пересылавшихся заключенным, в нелегальном хранении этих средств в различных местах, тогда как единственным законным держателем их мог быть лишь секретарь Трибунала; в злонамеренном запутывании отчетности о суммах, прошедших через его, Фукье, руки. Леблуа инкриминировал Фукье пособничество Робеспьеру, Сен-Жюсту, Кутону и другим, якобы «обещавшим обезлюдить Францию». В целом Фукье приписывался заговор против внутренней безопасности государства и французского народа, стремление таким путем ликвидировать представительное правление, республиканский режим, восстановить монархию, попытки путем террора натравить одних французов на других и разжечь гражданскую войну. Все обвинительное заключение было составлено с расчетом заранее опровергнуть главный довод, приводимый Фукье в свою защиту, — что он лишь добросовестно и неукоснительно выполнял приказы комитетов, назначенных Конвентом.
Процесс Фукье начался через два дня после составления обвинительного акта, 28 фримера (18 декабря). Но как раз в этот день Конвент принял решение обновить состав Трибунала. Процесс был прерван в самом начале, и Фукье возвращен в тюрьму. 28 декабря 1794 года Конвент принял решение о реорганизации Революционного трибунала. Судьи Трибунала должны были быть вызваны в Париж из провинции, и срок их полномочий не должен был превышать трех месяцев. Термидорианцы стремились подчеркнуть в изменениях, которые были произведены в политическом курсе после свержения робеспьеристов, самую выигрышную перемену — прекращение ежедневных массовых казней. Новым председателем Трибунала стал Ажье, в прошлом судья, уволенный в отставку после свержения монархии 10 августа 1792 года и восстановленный в должности лишь после 9 термидора. Он заявил, что в прошлом Трибунал лишь как бы случайно карал отдельных виновных, одновременно посылая на смерть тысячи ни в чем не повинных людей. Трибунал действительно перестал быть орудием массового террора. Если с апреля 1793 года по 9 термидора Трибунал осудил на смерть свыше двух тысяч шестисот человек, напротив, судьи Трибунала, назначенные по закону 28 декабря 1794 года, послали на гильотину 17 человек.
Этот факт не означал ограничения казней по приказу термидорианских властей. Участников выступлений рабочих предместий Парижа весной 1795 года судила военная комиссия. В том же году военными судами, или без всякой судебной процедуры, были приговорены к расстрелу взятые в плен роялисты. Но ежедневным публичным казням на плошали Революции пришел конец. Что же касается 17 смертных приговоров, вынесенных обновленным Трибуналом, то среди них была некая Мария Жаке, обвинявшаяся в шпионаже. Остальные шестнадцать были Фукье-Тенвиль и лица, считавшиеся соучастниками его преступлений. Чтобы продемонстрировать беспристрастие нового Трибунала, во время суда над прежним общественным обвинителем старались соблюсти все требуемые законом процессуальные формальности. Этим подчеркивалось отличие от суммарного разбора дел в бытность Фукье общественным обвинителем. Было вызвано большое число свидетелей — секретарей и писцов прежнего Трибунала, чиновников канцелярии общественного обвинителя, юристов, тюремщиков и кучеров фургонов, отвозивших осужденных на гильотину, жандармов, помощников палача, служащих буфета, полицейских провокаторов, подвизавшихся в тюрьмах, и лиц, которые по воле случая избежали обвинительного приговора и казни.
Показания подавляющего большинства свидетелей, а это были свидетели обвинения, являлись крайне неблагоприятными для Фукье. Один из них имел основание ненавидеть бывшего общественного обвинителя, на других, возможно, влияла атмосфера враждебности, давно сгустившаяся вокруг Фукье. Тем не менее нет основания подвергать сомнению то, что рассказывали свидетели, может быть, отбрасывая лишь отдельные преувеличения. В целом же показания рисовали человека, который если не упивался своей кровавой работой, то рассматривал ее как рутинную деятельность — пусть и в необычных условиях революции — и считал ее крайне полезной, которой пытался заставить бесперебойно функционировать машину уничтожения от момента доставки подсудимых из тюрем до их обезглавливания на плошали Революции. Неутомимый работник, Фукье рассылал в день по 80–90 писем (впрочем, десятки и сотни писем он оставлял без ответа, даже не распечатывал конверты), и это помимо участия в судебных заседаниях, ежедневных докладов комитетам и тысячи других дел. Фукье явно бравировал образцовым, методическим исполнением своего «долга».
Возможно, что в его понимание долга входило запугивание подчиненных, недостаточно усердно выполнявших его приказы, угрозы, что им придется разделить участь контрреволюционеров, «снисходительных» и т. п. Негодование по поводу отдельных оправдательных приговоров нередко приправлялось частыми высказываниями, что намечаемые на ближайшую неделю сто, двести, триста казней, мол, упрочат Республику и революцию. Обвиняемые превратились для него в единицы, составляющие сумму лиц, которых надо ежедневно отправлять на эшафот. Поэтому он с такой легкостью приговаривал к смерти людей, оказывавшихся просто однофамильцами внесенных в список. Все это сопровождалось выглядевшими как чудовищное лицемерие проявлениями «гуманности», также предписанными законами. Как уже указывалось, Фукье заказывал помощнику палача еще утром, до начала судебного заседания и тем более до вынесения приговора, нужное количество фургонов для отправки осужденных на гильотину. Однако на каждой телеге везли не более семи человек, иначе приговоренные к смерти будут испытывать излишние страдания от тесноты. Фукье в соответствии с законом настаивал на том, чтобы гильотинирование производилось в день вынесения приговора, на приведение его в исполнение в течение одного-двух часов, дабы (опять-таки из соображений гуманности) сократить осужденным время предсмертного томления и агонии.
Быть может, это демонстративное изображение себя слепым орудием закона было для Фукье следствием не столько внутреннего убеждения, сколько своеобразной игры с самим собой, самоубеждения в полезности своих действий. А может быть, не столько самооправдания, сколько попытки обелить себя в глазах окружавших на случай, если придется нести ответ за содеянное.
— Ужасно гнусное ремесло! — повторял Фукье после принятия закона 22 прериаля о своих занятиях. — Жестокое время, оно не может долго длиться.
Уже известный нам секретарь Комитета общественной безопасности Сенар показал, что слышал, как Фукье, идя вместе с ним и другим полицейским, Гороном, и рассуждая о «победах, одержанных гильотиной», заметил, что доволен ее успехами. Однако на нее взошли известные патриоты, а другим еще предстоит взойти.
— Я опасаюсь, — добавил Фукье, — как бы со мной не сыграли подобную шутку. Я видел тени некоторых патриотов. С недавнего времени мне кажется, что эти тени преследуют меня. Чем все это кончится? Я ничего не знаю об этом.
На основании показаний свидетелей общественный обвинитель нового Трибунала Жюдиси составил 4 жерминаля новый обвинительный акт против Фукье и 29 его сообщников. Он в целом повторял уже выдвинутые ранее обвинения. 8 жерминаля в том же зале, где Фукье выступал столько раз обвинителем, начался его процесс совместно с еще 23 бывшими судьями и присяжными Трибунала (шестеро обвиняемых скрывались от термидорианской юстиции). Судья и присяжные, прибывшие из провинции, были настроены явно против революционного правительства и террора в период якобинской диктатуры. Суд демонстративно, для контраста с действиями прежнего Революционного трибунала, тщательно проверил все пункты обвинительного заключения. Подсудимым было разрешено иметь адвокатов, были вызваны 419 свидетелей. Суд длился долго — целый месяц и девять дней (от 8 жерминаля до 17 флореаля).
Процесс был заполнен острыми стычками между представителями обвинения и Фукье, который не раз разражался гневными выкриками и взрывами ярости, попытками, как в былые дни, подавить волю свидетелей. Однако в целом линия зашиты Фукье была заранее обречена на неудачу, и не только из-за заведомой враждебности судей и присяжных. Общественный обвинитель не рискнул сказать ни слова, которое звучало бы как оправдание террора, столь усердно проводившегося им на его посту. Поэтому зашита Фукье сводилась к утверждению, что он был лишь исполнителем приказов правительства — Комитетов, назначенных Конвентом, что это являлось его «служебным долгом», а также к попыткам оспорить факты, доказывающие, что он нередко выходил за пределы этого «долга». Фукье старался отрицать свою роль в казни отдельных, пользовавшихся известностью и симпатиями людей, против которых вообще не было выдвинуто никаких конкретных обвинений. Однако документы уличали его в том, что он не только не пытался спасти этих лиц, а, напротив, всячески способствовал их гибели. Часто он отрицал совершенно очевидное — даже собственную подпись на незаполненных бланках со смертным приговором, твердил, что заказывал телеги для осужденных еще до начала заседания только потому, что в Париже испытывается недостаток в фургонах. В заключительном слове Фукье снова возложил всю вину на прежних членов комитетов — уже отправленных в ссылку Барера, Бийо-Варенна, Колло д’Эрбуа и других, находившихся в тюрьмах. В их отсутствие он, Фукье, был представлен «главой заговора, о котором никогда ничего не знал». Его сделали-де козлом отпущения.