Подробнее см. в статье: И. В. Столярова, А. А. Шелаева. К творческой истории романа Н. С. Лескова "Чёртовы куклы". - "Русская литература", 1971, Л 3, стр. 102 - 113.
Рукопись является черновой и до сих пор не опубликована, но ход сюжета в ней не нарушен и повествование доведено автором до конца. Приводим краткое изложение рукописных глав.
Они непосредственно примыкают к заключительному эпизоду печатного текста и начинаются событиями, последовавшими за бурной ссорой Фебуфиса с женой (Гелией). Герцог, не вникая в причины их ссоры, выполняет своё обещание "страшно наказать" художника. На Фебуфиса обрушивается целый поток репрессий: художника сажают под домашний арест, затем вызывают в официальное учреждение для объяснения обстоятельств интимной жизни. В довершение всех унижений Фебуфис узнаёт, что герцог укрывает его жену в замке, в своих покоях. Так Фебуфис, подчинивший свои творческие интересы вкусам герцога, утрачивает своё "я" и в частной жизни. Намерения художника "выдержать натиск герцога и тотчас же просить увольнения от служебных обязанностей", как и раньше, терпят провал: Фебуфис дорожит своим обеспеченным положением при дворе, и это мешает ему противостоять деспотизму правителя. Примирение с женой по высочайшему повелению, как и думал Фебуфис, не укрепило его семейного очага. Жена заставила его перенести новые муки ревности. С тех пор как она провела три дня в замке герцога, в "городе заговорили о её уме, её необыкновенном характере и образованности, красоте и талантах". Некто, опять в анонимных письмах, советовал художнику следить за женой. Наконец на одном из придворных маскарадов Фебуфис убеждается в том, что блистательная красавица-жена обманывает его, встречаясь с герцогом. Глубоко потрясённый, художник тяжело заболевает, а едва оправившись заявляет о своём желании покинуть страну герцога. Однако его отъезду одновременно препятствуют и чиновники герцогства и дипломатическое представительство его родины. По приказу герцога полицейское управление учиняет за Фебуфисом слежку. Используя его переписку с заграницей, полицейские заправилы пытаются сфабриковать обвинение художника в участии в заговоре, "который грозит жизни герцога". От заключения "в те места, где он должен был выдать всех участников заговора", Фебуфиса спасает только преданная дружба Мака, Пика и Марчеллы, подготовивших его бегство в Италию.
Вернувшись в Рим после долгого пребывания в стране герцога, Фебуфис ещё надеется, что обретенная свобода возродит его угасшие творческие силы. Но вскоре понимает, что отстал от своих собратьев по искусству. Его попытки создать большое полотно терпят неудачу: "все холсты были начаты и оставлены". Опустошённый своими несчастиями, Фебуфис испытывает глубокое равнодушие к жизни, а неожиданный приезд в Италию жены, пожелавшей вернуться к мужу, вызывает у него вспышку сильной горести. Вконец утратив надежду на творческое возрождение и счастье, он кончает жизнь эффектно обставленным самоубийством. Орудием смерти Фебуфис избирает золотую шпильку жены, смоченную в растворенной краске с картины Луки Кранаха. По преданию, великий живописец XVI в подмешивал в краску яд. Художник, бессмысленно разменявший свой талант на мелкие монеты тщеславия и практических выгод, гибнет.
Рукописное продолжение романа показывает Фебуфиса окончательно утратившим свою индивидуальность, по воле высокопоставленного мецената превратившимся в "безнатурного" человека.
В конце романа теряет свою загадочность и гордая красавица Гелия. Крайне обострённое самолюбие, стремление блистать в толпе придворных служат причиной её сближения с герцогом. Но и Гелия обращается в игрушку его прихотей. Сделав её своей любовницей, герцог вскоре удаляет наскучившую ему красавицу "в другую страну, где лучше климат", для "поправки здоровья".
Впоследствии герцог не разрешает ей, ставшей матерью, вернуться на родину. "У меня и без неё есть подданные", - цинично заявляет он. После смерти Фебуфиса Гелия остается в Риме, решает каждый день ходить на могилу мужа и, "если небо смилостивится", умереть на ней. Желание её исполняется: она умирает на могиле Фебуфиса. Но автор не дарует тщеславной героине желаемой ею возвышенной смерти. Гелия становится жертвой нападения разбойников, которые ограбили её, обесчестили и задушили.
Окончание этой рукописи полностью раскрывает смысл заглавия романа "Чёртовы куклы". Логика сюжета романа убеждает в том, что "куклами", или по эмоциональному определению автора, "чёртовыми куклами", являются изображённые в нём безвольные личности, попадающие в зависимое положение от людей, наделённых властью и более сильной волей.
В отличие от Фебуфиса, Гелии, герцога и его окружения суровый ригорист Мак, прямодушный Пик и добрая Марчелла изображены в нём как люди иного душевного склада, иных устремлений. Их жизнь освещается высоким смыслом борьбы за демократическое переустройство общества под знаменем национального героя Италии Джузеппе Гарибальди. Они предстают перед читателем как участники союза "экономии сил". Смысл этого добровольного объединения разъясняет Мак, предлагая Пику стать членом этого союза.
В финале романа внимание автора переносится на личность воспитанника Марчеллы Марка (сына герцога и жены Фебуфиса). По зову юношеского сердца Марк уходит в боевой лагерь Гарибальди. Цельностью своего внутреннего мира, силой натуры, действенным характером он превосходит и Мака и Пика. Марк Марчеллини мужественно выносит все тяготы неравной борьбы и гибнет в сражении в первых рядах гарибальдийцев. В оценке Лескова жизнь молодого гарибальдийца - это подвиг, заслуживающий вечной памяти в потомстве.
Итак, вторая часть романа во всей полноте раскрывает его художественную логику: только участие в деянии, имеющем благородную внеличную цель, может сообщить человеку нравственную крепость, уберечь его от постыдной роли "чёртовой куклы". Такая концепция "Чёртовых кукол" с очевидностью свидетельствует о существенных сдвигах в миросозерцании писателя в 1880-е гг., об углублении демократических и гуманистических тенденций его творчества.