Центральный аппарат Разведуправления Красной Армии и подчиненные ему войсковые и зарубежные органы разведки были нацелены на добывание информации, необходимой ГКО. Ежедневно готовились разведывательные сводки о положении дел на всех фронтах. Во второй половине дня этот важнейший документ направлялся лично И. В. Сталину и всем членам Государственного Комитета Обороны. Два экземпляра направлялись начальнику Генерального штаба и начальнику Оперативного управления ГШ.

В это же время черыре раза в месяц готовилось боевое расписание сил противника по фронтам и направлениям, в котором учитывалось нахождение каждой фашистской дивизии, каждой отдельной бригады, каждого полка и даже батальона.

По мере поступления сведений из зарубежных аппаратов по наиболее важным военным и военно-политическим вопросам в Разведуправлении Красной Армии готовились спецсообщения для членов ГКО.

Положение на фронтах Великой Отечественной войны было предельно сложным. Военная разведка, потерявшая в годы кадровой чистки опытных сотрудников, медленно восстанавливала свои силы и вступила в 1942 год не в самой лучшей боевой форме. В конце января 1942 года руководители военной разведки были вынуждены обратиться в ГКО с предложениями по улучшению структуры Разведуправления Красной Армии и приведении ее в соответствие с военной обстановкой.

В феврале 1942 года нарком обороны подписал приказ о реорганизации военной разведки. Было создано Главное разведывательное управление Генерального штаба Красной Армии. Начальником военной разведки был утвержден генерал-майор А. П. Панфилов. На должности военного комиссара ГРУ остался И. И. Ильичев.

В подчинении ГРУ ГШ оказались все силы военной разведки — зарубежной, оперативной и войсковой. Такая централизация оказалась малоэффективной. Она была не способна оперативно решать разведывательные задачи и в конце 1942 года вся система военной разведки вновь подверглась реорганизации. Структурные и кадровые изменения продолжались и в последующие годы.

Несмотря на сосредоточение всех сил военной разведки на добывании сведений, необходимых для ведения войны, и постоянные реорганизации она продолжала поиск данных о создании атомного оружия в Великобритании, Германии и США.

В годы Великой Отечественной войны в структуре ГРУ не было единого отдела, в котором бы сосредоточивались все сведения по атомной проблеме. Поступавшая из зарубежных резидентур информация накапливалась в линейных отделах и докладывалась начальнику управления, который определял, как и кому направить добытые сведения. Такой порядок учета и доведения до заинтересованных лиц информации по атомной проблеме был далек от совершенства. Однако все добытые сведения были своевременно учтены, оценены и переданы в заинтересованные государственные структуры.

Таганрогский трофей был не первым сигналом о том, что в Германии ведутся работы по исследованию возможностей получения энергии в результате цепной реакции в атомах урана. В январе 1942 года из резидентуры военной разведки в Лондоне в Центр поступила радиограмма, в которой говорилось о том, что немцы активно ведут переговоры в Португалии и Испании и пытаются «закупить уран для неизвестных целей». В донесении в Центр резидент военной разведки в Лондоне генерал-майор И. Скляров высказывал предположение: «Не связаны ли эти закупки с производством урановых бомб?»

Эти данные были получены от агента Барона. Под этим псевдонимом на советскую военную разведку работал Франтишек Моравец — начальник чехословацкой разведки в Лондоне. С ним поддерживал связь генерал-майор И. Скляров (Брион).

Работа Барона на советскую военную разведку до сих пор имеет много тайн. Его возможности по добыванию разведывательной информации в Западной Европе в годы Второй мировой войны были так же уникальны, как у легендарного Ресслера, работавшего с Рашель Дюбендорфер в Швейцарии. Для того чтобы хоть приблизительно оценить их, можно привести только один пример. Однажды в 1944 году во время налета британской авиации на Берлин в кабинете одного из высокопоставленных помощников Гитлера упал прикрепленный к стене портрет фюрера. Через день Барон сообщил об этом «инциденте» генералу И. Склярову.

Барон заблаговременно сообщал советскому резиденту о многих важных перебросках фашистских дивизий на Восточный фронт и планах германского военного командования по ведению войны против СССР. Ф. Моравец находился в Лондоне, но создавалось впечатление, что он одновременно был везде и знал обо всем. У начальника чехословацкой разведки, видимо, была хорошая агентурная сеть в оккупированных странах Западной Европы, и она действовала бесперебойно.

От Барона советская военная разведка узнала о разработке немцами урановых месторождений в Судетских горах. После окончания войны эти сведения будут учтены, когда Советский Союз начнет предпринимать первые шаги по поиску залежей урановой руды.

О том, что немцы проводят научные исследования по урановой проблеме, военной разведке сообщал и Клаус Фукс (Отто). Работая на британский атомный проект, он, по указанию Пайерлса, вел наблюдение за работами немецких физиков, имел доступ к материалам британской разведки «Сикрет интеллидженс сервис», которая передавала английским ученым материалы своей агентуры из Германии.

В то время, как выяснилось уже после войны, немецкие ученые действительно пытались решить две основные задачи: определить лучший способ разделения изотопов урана и найти наиболее приемлемый для атомного котла (реактора) тип замедлителя нейтронов.

Разрабатывались и способы производства обогащенного урана. Использовались различные методы. Наиболее рациональным считался метод с применением центрифуги. В своих научных экспериментах и исследованиях они проходили тот же самый путь, по которому совместно шли англичане и американцы. Немецкие физики, находившиеся в полной изоляции после начала Второй мировой войны, должны были все делать самостоятельно. Их работа осложнялась еще и тем, что с приходом к власти в Германии нацистов многие физики-антифашисты покинули немецкие университеты и научные лаборатории.

После того как в июне 1940 года германские войска, обойдя «линию Мажино», прорвали фронт и вошли в Париж, эсэсовцы нагрянули в Коллеж де Франс, где работал Фредерик Жолио-Кюри. Они попытались захватить его отчеты об исследованиях по атомной физике, но не нашли их. Помощники Жолио-Кюри физики Холбан и Коварский успели вывезти все документы в безопасное место, где планировалось возобновить эксперименты с ураном. Сделать это не удалось. Холбан и Коварский выехали в Лондон, а Жолио-Кюри остался в Париже.

Попытки немцев привлечь на свою сторону известного французского физика Ф. Жолио-Кюри успеха не принесли. Ученый под благовидным предлогом отказался от сотрудничества с немецкими физиками.

Другой известный в Европе физик профессор Нильс Бор после оккупации фашистами Дании некоторое время тоже продолжал руководить Институтом теоретической физики в Копенгагенском университете. В октябре 1943 года британская разведка получила сведения о том, что в Берлине был подписан приказ об аресте Н. Бора. СИС поручила своим агентам в Дании организовать вывоз ученого из страны. На рыбачьей лодке он был тайно переправлен в Швецию, откуда через несколько дней на английском истребителе был доставлен в Великобританию. Никто не знал, что англичане, опасавшиеся попадания Бора в руки немцев, дали пилоту самолета, в бомбовом отсеке которого он находился, строгое указание в случае попытки немецких истребителей посадить британский самолет на территорию, занятую гитлеровцами, открыть бомбовый люк.

О «приключениях» Н. Бора в ГРУ не было известно. Но начальник военной разведки генерал-лейтенант И. Ильичев знал, что Н. Бор покинул Данию, что немцы безрезультатно пытались привлечь Жолио-Кюри к работе на германский атомный проект.

В ГРУ знали, что в предвоенные годы немецкие физики совершили большинство открытий в области расщепления атомного ядра. Сообщение резидента И. Склярова из Лондона о закупках немцами урана в Португалии и Испании, о добыче германскими компаниями урана в оккупированной Чехословакии позволяли сделать вывод о том, что немецкие физики ведут активные исследования по атомной проблеме. После захвата в апреле 1940 года немецкими войсками Норвегии, в распоряжение немецких физиков попал завод тяжелой воды в Веморке — один из немногих имевшихся в те годы заводов, который производил важнейший компонент, необходимый для процесса обогащения урана. Постепенно в Германии были созданы реальные возможности для реализации уранового проекта.