После опубликования гипотезы двойной связки, группа Пало Альто старалась определить ее результаты. В это же время Дон Д. Джексон, совместно с Джулесом Рискиным и Вирджинией Сатир, создали в ноябре 1958 года Mental Research Institute (MRI) в Пало Альто. В нем они пытались выяснить связь между болезнью, здоровьем, и семейными паттернами интеракций.

Вначале работы MRI концентрировались около двух центров. Вирджиния Сатир, которая уже долгое время собирала опыт в терапевтической работе с семьями, управляла педагогическим отделением. Прежде всего, ее интересовало практическое дополнительное обучение для групп психиатров. Отдел исследований, в свою очередь, избрал своей целью отработку теоретических основ семейной терапии. С помощью материала работы, который доставляла Вирджиния Сатир, развилась практическая теория прагматики человеческой коммуникации. При этом, жестко придерживались концепции Бейтсона, который наряду с Хейли, Фраем и Уиклендом, занял своего рода, пост консультанта в MRI. Институт посещал иногда Милтон Эриксон, методы которого уже давно изучали Хейли и Уикленд.

В 1962 году к группе MRI присоединился Поль Вацлавик. Он родился в 1921 году в Виллач в Австралии. В 1949 он получил в Венеции звание доктора философии, на основании работы о философии языка и логике. Дальнейшие годы он провел в институте Юнга в Цюрихе. Там он изучал психоанализ и в 1954 получил диплом аналитика. Потом он выехал в Центральную Америку и несколько лет преподавал психотерапию и психоанализ в государственном университете Сан Сальвадора. В то время он познакомился с работами Бейтсона. В 1960 году он перешел в Institut for Direct Analiysis в Филадельфии. Там, на основе анализа фильмов, совместно с Альбертом Шефленом он изучал отношения врач - пациент, в процессе терапии. В рамках этой работы он познакомился с Доном Д. Джексоном, который уговорил его работать в MRI. Таким образом Вацлавик стал членом исследовательской группы[147].

В этот период основное внимание в MRI, всё чаще, уделяли методологии изменений. На первом плане интересов института стали появляться стратегии перемен в контексте практического применения. Бейтсон, который считал себя прежде всего эпистемологическим исследователем коммуникации, в этот период отошел от работ в MRI. Для него, психиатрия была лишь частью области применения его теории[148].

Его место в институте занял Хейли. Совместно с Джексоном он стал руководить новым журналом "Family Process". MRI, во всё большей степени становился пионером нового течения психиатрии. В 1965 году к работе в институте приступил Карлос Е. Слузки (Carlos Е. Sluzki), психиатр и психоаналитик из Буэнос-Айреса.

В половине шестидесятых в институте произошли резкие перемены. Почти все основатели покинули его, приступив к собственным исследованиям: вначале вслед за Хейли, перешел в Child Guidance Clinic при University of Pennsylvania в Филадельфии, Сальвадор Минухин. Он проводил там семейную терапию и обучал терапевтов. После преподавания на антропологическом факультете университета в Стэнфорде в Пало Альто, он стал профессором психиатрии в университете Мериленд и директором Family Therapy Institute в Вашингтоне. Вирджиния Сатир покинула MRI в 1966, посвятив себя развитию своей теории Терапии Целой Семьи. Также Вильям Ф. Фрай и Джульс Рискин вскоре покинули институт.

Теперь функции управления MRI перешли к Вацлавику. В институте уже работали другие исследователи[149]. Именно они вместе с Дженет X. Бивин и Доном Д. Джексоном опубликовали основополагающую работу теории коммуникации Pragmatics of Human Communications. A Study of Interactional Patterns, Pathologies and Paradoxes (Прагматика человеческой коммуникации. Изучение паттернов интеракции, патологии и парадоксов)[150]. Вскоре после выхода этой книги, Джексон покончил жизнь самоубийством. Книга пробудила интерес многих терапевтов, практикующих психотерапию на системно-теоретической основе. Впервые взгляды группы Пало Аль-то были систематизированы и было изложено их значение для теории и практики психотерапии. Большинство из них публиковалось до этого в форме лекций или статей в журналах. Теперь новые концепции предстали перед широкой публикой.

Еще в том же самом году, возник Brief Therapy Center (Центр Краткосрочной Терапии). Вначале это должна была быть психотерапевтическая клиника. В действительности, центр служил научным полигоном MRI. Здесь изучали, прагматически ориентированные стратегии изменений[151]. Вацлавик, Уикленд и Фи, так описали свою теорию:

"С самого начала, условием нашей работы была необходимость применения одного языка. Будучи членами MRI, мы уже несколько лет изучали человеческую коммуникацию, в особенности в терапии супружеских пар и семей, так же, как мы проводили исследования в рамках, так называемой, группы Пало Альто под управлением Грегори Бейтсона и Дона Д. Джексона. Это означает, что уже с самого начала, мы склонны были больше внимания уделять процессам и структуре поведения, нежели их содержанию. Наибольшее значение мы придавали событиям "здесь и сейчас", нежели прошлому. Не менее важным для нашей работы было то, что все мы обладали практическим опытом и образованием в области гипнотерапии. Это означало, что с одной стороны, благодаря этому мы проводили верные непосредственные интервенции, что некоторыми было признано манипулированием, а с другой стороны дало нам возможность познакомиться с гениальными и необыкновенными методами Милтона Эриксона, влиянию которого мы многим обязаны"[152].

Результаты исследовательских работ были опубликованы в 1974 году Вацлавиком, Уиклендом и Фишем, под титулом Change. Principles of Problem Formation and Problem Resolution (Изменение. Принципы формирования и разрешения проблем)[153].

Формальное описание интеракций, имеющих место во время терапевтического процесса между терапевтом и клиентом, не было однако в то время предметом исследований. Этот, в принципе совершенно логичный шаг, сделали лишь в середине семидесятых годов Ричард Бэндлер и Джон Гриндер, тем самым дополняя открытую гипотезу, которую Бейтсон уже в 1960 году сделал предметом дискуссии. В реферате о групповой динамике шизофрении Бейтсон сказал:

"Любая коммуникация [...] может быть магическим образом модифицирована с помощью соответствующей ей коммуникации. Во время этого семинара мы обсуждали различные черты интеракции с пациентом, описывая, что мы делаем и как оцениваем свою стратегию. Труднее было бы дискутировать о наших начинаниях, с точки зрения пациентов. Как квалифицировать нашу коммуникацию с ним, чтобы этот опыт стал терапевтическим? [...] Во всех этих описаниях забывают о сложном характере коммуникационных модуляций. Эти модуляции создают музыку"[154].