В ночь с 5 на 6 января 1991 года в Цхинвал были введены подразделения милиции и национальной гвардии Грузии. Натолкнувшись на сопротивление осетинских отрядов самообороны и местной милиции, через три недели они были вынуждены оставить город.

7 января Президент СССР Михаил Горбачев издает указ «О некоторых законодательных актах, принятых в декабре 1990 года Грузинской ССР» с целью прекратить конфликт и зафиксировать советский статус-кво республик. Однако Горбачева здесь уже никто не слушал. Кроме того, имея печальный опыт попыток применения силы в Прибалтике, советское руководство предпочло воздержаться от силового вмешательства в разгорающийся конфликт. У первого и последнего Президента СССР, по всей вероятности, была надежда на мирное разрешение как этого, так и других этнических конфликтов, набиравших мощь на территории Советского Союза, через подписание нового Союзного договора.

К моменту начала первой в постсоветской истории войны между Грузией и Южной Осетией на территории Грузии проживало около ста тысяч этнических осетин. Судьба их оказалась незавидной. Осетин массово увольняли с работы. О том, что их ждет, недвусмысленно высказался глава Верховного Совета Грузинской ССР Звиад Гамсахурдиа:

«Осетины должны уйти. Это очевидно. Другого выхода нет».[3]

Грузинская сторона рассматривала сам факт существования Юго-Осетинской республики как провокацию Советского Союза (впоследствии – России) против суверенитета Грузии. Вот текст одной из листовок, распространявшихся на территории Грузии в этот период:

«Советским режимом в аннексированной им в 1921 году Грузии была создана Юго-Осетинская автономная область, чтобы в нужный момент инспирировать кровопролитие между братьями – грузинами и осетинами».[4]

1 февраля 1991 года Союз независимых энергетиков Грузии отключил энергоснабжение Южной Осетии. Следствием этого стали жертвы среди мирного населения. В доме престарелых замерзло несколько десятков стариков, в родильном доме умирали младенцы.

Зимой 1991 года начался массовый исход осетин из Южной Осетии в Северную. Беженцам приходилось пробираться по пояс в снегу через лес по объездной Зарской дороге длиной 25 километров до спасительного Рокского тоннеля. Остальные маршруты оставались блокированными грузинскими военными формированиями. Во Владикавказе открылся центр размещения беженцев.

Тогда же начался исход жителей грузинских сел из Южной Осетии. В 1991 году Южную Осетию покинуло около семи тысяч грузин. Их дома и грузинские школы были сожжены. Но и грузинские, и осетинские беженцы надеялись вернуться обратно.

Усугубило разруху восьмибалльное землетрясение, случившееся в Грузии и Южной Осетии 29 апреля. Погибли десятки людей. Многие остались без крова. В Джавском районе оказались разрушенными около 95 процентов всех зданий. Некоторые села были полностью похоронены под тоннами земли после оползней. Последствия землетрясения только усилили поток беженцев из Южной Осетии.

Южная Осетия и Абхазия, оставаясь в правовом поле СССР, приняли участие в референдуме 17 марта 1991 года, в котором Грузия участия не принимала, и высказались за сохранение Советского Союза.

К лету 1991 года действия грузинских вооруженных сил на территории Южной Осетии, как считают представители югоосетинской стороны, окончательно приобрели характер этнических чисток.

Грузинские полицейские силы контролировали стратегические высоты вокруг Цхинвала и осуществляли обстрелы города, приводившие к многочисленным разрушениям и жертвам. Осетинские отряды, базировавшиеся в блокированном Цхинвале, испытывали острую нехватку оружия и боеприпасов и действовали мелкими диверсионными группами. Гуманитарная ситуация в бывшей автономной области и городе была катастрофической, в госпитале города в холодное время года температура воздуха не превышала 13–14 °C. Убитых приходилось хоронить в городских дворах.

Однако ситуация и в самой Грузии была нестабильной. 21 декабря 1991 года части грузинской Национальной гвардии под предводительством Тенгиза Китовани подняли мятеж, впоследствии поддержанный вооруженными формированиями «Мхедриони» Джабы Иоселиани. В Грузии началась гражданская война. В итоге 6 января 1992 года президент Грузии Звиад Гамсахурдиа и члены правительства были вынуждены покинуть страну. 29 декабря Джаба Иоселиани освободил из тбилисской тюрьмы лидера Южной Осетии Тореза Кулумбегова, похищенного ранее. Кулумбегов вновь возглавил Верховный Совет Южной Осетии. В самой Грузии в марте 1992 года к власти пришел сподвижник Горбачева, бывший министр иностранных дел СССР Эдуард Шеварднадзе.

Но относительное затишье длилось недолго. 19 января 1992 года прошел референдум о независимости Республики Южная Осетия. Свыше 98 процентов принявших участие в голосовании высказались за независимость Южной Осетии. В феврале 1992 года грузинская артиллерия и бронетехника, расположенные вокруг города Цхинвала, начали интенсивные обстрелы жилых кварталов и учебных заведений югоосетинской столицы. Обстрелы продолжались до 13 июля 1992 года.

20 мая 1992 года произошло одно из наиболее известных преступлений грузинских боевиков. Расстрел у села Зар колонны беженцев, направлявшихся в Северную Осетию. Были убиты 36 человек в возрасте от 11 до 76 лет, среди них – 19 женщин, детей и стариков. Более 30 человек получили тяжелые ранения.

С ноября 1989 по июль 1992 года, по разным оценкам, в результате агрессии Грузии против Южной Осетии погибло от 2 до 4 тысяч мирных жителей осетинской национальности; более 3,5 тысячи человек было ранено; около 300 человек пропало без вести; свыше 40 тысяч человек вынуждены были оставить свои дома и переселиться в Россию; свыше 100 осетинских сел сожжено; разграблено или уничтожено оборудование всех заводов и фабрик на территории Южной Осетии; взорваны мосты. На территории Северной Осетии было зарегистрировано более 20 тысяч беженцев из Южной Осетии и свыше ста тысяч беженцев-осетин из Грузии.[5]

Боевые действия, сошедшие на уровень одиночных огневых контактов и рейдов, были прекращены после подписания Дагомысских соглашений. Дагомысские соглашения предусматривали прекращение огня и создание органа для урегулирования конфликта – Смешанной контрольной комиссии (СКК), в которую вошли грузинская и югоосетинская (в грузинских источниках называемая «цхинвальской») стороны, Россия и в качестве отдельной стороны – Северная Осетия.

13 июля 1992 года были прекращены артобстрелы Цхинвала. 14 июля 1992 года в зону конфликта были введены миротворческие силы в составе трех батальонов (российского, грузинского и осетинского).

2 февраля 1993 года произошло принятие концепции социально-экономической и культурной интеграции севера и юга Осетии. 6 марта 1993 года Верховный Совет СевероОсетинской ССР признал Республику Южная Осетия. В октябре 1993 года Верховный Совет Республики Южная Осетия принял отставку своего председателя Тореза Кулумбегова. Председателем Верховного Совета Республики Южная Осетия – руководителем страны – стал ректор Юго-Осетинского государственного педагогического института доктор исторических наук, профессор Людвиг Алексеевич Чибиров.

14 сентября 1993 года было заключено российско-грузинское соглашение о восстановлении экономики Южной Осетии.

В сентябре 1993 года Звиад Гамсахурдиа вернулся в страну и возглавил вооруженные отряды своих сторонников, действовавшие в Западной Грузии (Зугдиди). До конца октября звиадисты без боя заняли всю территорию Самегрело (Мингрелии), часть Имерети и Гурии. Для сохранения своей власти Шеварднадзе был вынужден обратиться за военной помощью к России в обмен на подписание договора о вхождении Грузии в Содружество Независимых Государств и согласие на участие России в миротворческих операциях в Южной Осетии.