2 ноября 1993 года очередная сессия Верховного Совета приняла Конституцию Республики Южная Осетия. Этот день является Днем Конституции Республики Южная Осетия.

27 мая 1994 года прошли выборы в Верховный Совет Республики Южная Осетия. Большинство голосов получила Коммунистическая партия Южной Осетии. Получив поддержку депутатов компартии, беспартийный Людвиг Чибиров был вновь избран председателем Верховного Совета. В августе 1994 года Чибиров подал в отставку, однако депутаты проголосовали за то, чтобы Чибиров остался на своем посту.

30 октября 1995 года в Цхинвале состоялась первая грузино-осетинская встреча с участием представителей России, Северной Осетии и ОБСЕ. Была достигнута договоренность аннулировать решение Верховного Совета Грузии о ликвидации автономии Южной Осетии и решения Верховного Совета Южной Осетии о выходе из состава Грузии. Начался переговорный процесс между Южной Осетией и Грузией.

17 апреля 1996 года на осетино-грузинских переговорах в Цхинвале был выработан текст меморандума о неприменении силы, предотвращении дискриминации по этническому принципу и возвращении беженцев. 16 мая 1996 года в Москве был подписан Меморандум о мерах по обеспечению безопасности и укреплению взаимного доверия между сторонами в грузино-осетинском конфликте.

27 августа 1996 года состоялась первая официальная встреча во Владикавказе председателя парламента Южной Осетии Людвига Чибирова и президента Грузии Эдуарда Шеварднадзе. По окончании встречи Шеварднадзе заявил, что, хотя «об автономии говорить рано», он не исключает в будущем возможности получения Южной Осетией статуса автономной республики с собственным парламентом и другими структурами управления. В совместном заявлении по итогам встречи утверждалось, что «стороны наметили пути дальнейшего развития процессов полномасштабного урегулирования грузино-осетинского конфликта, отметив в этом контексте важность взаимоприемлемого разрешения государственно-правового аспекта урегулирования».

Несмотря на это, грузинские власти продолжали рассматривать Южную Осетию как свою административную единицу – Цхинвальский регион, но до прихода к власти Михаила Саакашвили активных действий по восстановлению контроля над Южной Осетией не предпринимали.

10 ноября 1996 года первым президентом Южной Осетии был избран Людвиг Чибиров.

4 марта 1997 года начались полномасштабные переговоры по мирному урегулированию между Республикой Южная Осетия и Грузией.

22 декабря 2000 года было подписано российско-грузинское межправительственное соглашение о взаимодействии в восстановлении экономики в зоне грузино-осетинского конфликта и возвращении беженцев.

6 декабря 2001 года президентом Южной Осетии после двух туров голосования был избран Эдуард Кокойты.

15 января 2002 года парламент Южной Осетии принял поддержанное президентом Кокойты постановление просить российские власти принять Южную Осетию в состав России.

Дагомысские соглашения дали минимальные гарантии безопасности в регионе. В результате мирного переговорного процесса периода 1992–2004 годов Грузия и Осетия договорились о взаимном признании автомобильных номеров, заработали совместные грузино-осетинские рынки, наладилось транспортное сообщение между Тбилиси и Цхинвалом, начали восстанавливаться экономические контакты между грузинскими и югоосетинскими селами. А главное – забрезжила отчетливая перспектива успешного завершения мирного переговорного процесса и установления в регионе мира и порядка.

Тяжелая экономическая ситуация, низкий жизненный уровень, массовые и систематические нарушения прав человека, разгул коррупции и как следствие фальсификация результатов парламентских выборов 2 ноября 2003 года в Грузии привели к так называемой бархатной «революции роз» 21–23 ноября 2003 года и отставке Эдуарда Шеварднадзе.

Очередное обострение отношений между Грузией и Южной Осетией произошло в начале 2004 года, после того как новое руководство Грузии объявило о курсе на восстановление территориальной целостности страны. 3 января 2004 года кандидат в президенты Грузии Михаил Саакашвили без согласования с цхинвальскими властями посетил грузинское село Тамарашени в Южной Осетии близ Цхинвала и в своем выступлении перед жителями села заявил, что 2004 год – это последний год, когда Южная Осетия и Абхазия не принимают участия в грузинских выборах.

9 февраля 2004 года в районе села Эредви в 7 километрах от Цхинвала в результате обстрела автомобиля грузинским полицейским постом убит высокопоставленный сотрудник минобороны Южной Осетии Виктор Мамитов.

31 мая 2004 года, в нарушение Дагомысских соглашений, в зону грузино-осетинского конфликта, где имели право находиться только российские, грузинские и юго-осетинские миротворческие силы и сотрудники местных правоохранительных органов, грузинская сторона перебросила подразделения своих внутренних войск, армейского спецназа и тяжелую военную технику.

Со второй половины июля 2004 года происходили регулярные обстрелы города Цхинвал, осетинских и грузинских сел из стрелкового оружия, гаубиц и минометов. На этом фоне президент Грузии Михаил Саакашвили сделал несколько резких заявлений, обвиняя Россию в попустительстве властям Южной Осетии и Абхазии, не желающим урегулировать отношения с Грузией.

Одновременно началась дипломатическая война между Грузией и Россией. Тбилисское руководство во главе с Саакашвили обратилось в международные организации, обвинив Москву в поддержке «сепаратистского» режима, и начало требовать вывода из Южной Осетии российских миротворцев.

До конца августа грузинские силы безуспешно пытались взять стратегические высоты у Цхинвала, но, потеряв около 20 человек, были выведены из зоны конфликта в Гори, а осетинские вооруженные формирования – в Джавский район Южной Осетии.

5 ноября 2004 года в ходе переговоров между премьер-министром Грузии Зурабом Жвания и де-факто президентом Южной Осетии Эдуардом Кокойты было подписано соглашение о демилитаризации зоны конфликта.

26 января 2005 года на заседании ПАСЕ в Страсбурге грузинский президент Михаил Саакашвили обнародовал мирные инициативы в отношении Южной Осетии, предложив региону статус широкой автономии. Президент Южной Осетии Эдуард Кокойты отверг это предложение.

В феврале 2005 года при невыясненных обстоятельствах погиб премьер-министр Грузии Зураб Жвания, курировавший проблемы югоосетинского урегулирования.

Принятые в ноябре 2004 года решения Смешанной контрольной комиссии (СКК), касающиеся ликвидации фортификационных сооружений в зоне конфликта, еще весной 2005 года оставались невыполненными.

12 декабря 2005 года Эдуард Кокойты обратился с официальным заявлением к Президенту РФ Владимиру Путину, президенту Грузии Саакашвили и главам государств ОБСЕ, выступив с новой инициативой по мирному урегулированию грузино-осетинского конфликта. Предусматривалась трехэтапная схема урегулирования, включавшая демилитаризацию зоны конфликта, социально-экономическую реабилитацию региона и политические переговоры. Кроме того, предполагалось создание зоны экономического благоприятствования (офшора), которая как вариант могла бы включать Алагирский район Северной Осетии РФ, Южную Осетию и Горийский район Грузии.

15 февраля 2006 года парламент Грузии принял постановление, в котором обвинил Россию в аннексии грузинской территории, и поручил правительству пересмотреть Дагомысские соглашения 1992 года, предусматривавшие создание Смешанной контрольной комиссии по урегулированию югоосетинского конфликта и ввод российских миротворцев в зону конфликта, передать в международные организации материалы, доказывающие невыполнение российскими миротворческими силами взятых на себя обязательств, и разработать новый мандат для замены российских военных миротворческим контингентом из других стран. За проект постановления проголосовали все 179 депутатов.