Когда Мазепе доставлены были копии с показаний Соломона, он изъявил недоверие в их подлинности и советовал московскому правительству вытребовать Соломона в Москву чрез особого гонца в Польшу. О том же Мазепа писал к коронному гетману польскому, домогаясь отсылки Соломона в Москву. Гетман настаивал на обвинениях Михайла Василевича Галицкого и притягивал к делу некоего Афанасия Озерянского, служившего по разным поручениям у Михайла Василевича и жившего у последнего в Москве. Арестованный в Ахтырке или Лебедине, Озерянский был доставлен в Батурин и там выдавал за неоспоримую истину, что чернец Соломон выслан был в Польшу Михайлом Василевичем. По настоянию гетмана еще 24 апреля велено было препроводить Михайла Василевича в Москву с женой и детьми. но, по осмотру врача, Михайло Василевич оказался страждущим меланхолиею и был оставлен в слободе Михайловке до зимнего пути. Мазепа не давал ему покоя: по гетманскому прошению последовал 10 октября указ Шереметеву непременно взять Ми-хайла Василевича и доставить в Москву. Не помогло Михайлу Василевичу обращение к новоизбранному после Гедеона киевскому митрополиту Варлааму Ясинскому с просьбой примирить его с гетманом, который заподозревает его без всяких оснований в слагании фальшивых писем. Гетман, с обычным ему видом мягкосердечия, уверял митрополита, что он рад все сделать для Михайла Василевича, но не смеет без царского указа, а между тем продолжал посылать в приказ просьбы о непременном арестовании Михайла Василевича. 30 ноября Шереметев арестовал Михайла Василевича и его повезли в Москву вместе с детьми, оставивши, однако, в имении больную жену владельца. Так как все предшествовавшее лето шли толки о Михайле Василевиче и можно было предвидеть, что как бы он ни отписывался, а все-таки его повезут в Москву, то Леонтий Полуботок, благоприятель и родственник Михайла Василевича, опасаясь, чтобы по настоянию Мазепы не арестовали и его, решился предупредить беду отважным шагом: в июле 1690 года он сам побежал в Москву, думая добиться личного представления царю Петру и подать ему на письме обличение против гетмана. Царь Петр не допустил его к своей особе, а приказным путем Полуботку трудно было выиграть свое дело, потому что обвинения против гетмана он не основывал ни на каких неоспоримых доказательствах. 23 июля его отправили за караулом в Малороссию, поручили гетману держать его в своей маетности, и гетману «учинилась от того великая, стыдная печаль».
В Москве не имели никакого повода принимать на веру доносы врагов гетмана, тем более когда Мазепа сильно себя выгораживал заранее тем, что домогался, чтобы Соломона препроводили не к нему, а в Москву. Но в Москве в обращении с малороссиянами давно уже усвоили способ держаться, как говорится, себе на уме, поэтому не удивительно, что Михайло Василевич, привезенный в столицу в конце 1690 года, тотчас же в начале 1691 года отпущен был в свою маетность Михайловку, а за поведением гетмана думный дьяк Украинцев секретно поручил наблюдать генеральному писарю Кочубею.
Соломон сидел в кандалах в Польше, а Доморацкий в Москве. Московские бояре обратились к жившему постоянно в царской столице польскому резиденту Довмонту и требовали выдачи Соломона. В сентябре 1691 года польский гонец Ян Окраса передал в подлиннике составные письма и поддельные печати, взятые у Соломона, а затем по королевскому приказанию выдан был и Соломон, взамен которого бояре выдали Доморацкого, сообщая, что король должен приказать казнить его смертью, а вместе с тем произвести розыск над Шумлянским и учинить ему наказание. Об этом униатском епископе Шумлянском в Москву приходили жалобы от киевского митрополита Варлаама в том, что Шумлянский при живом митрополите именует себя киевским митрополитом и самовольно присваивает себе в польских владениях маетности, принадлежащие киевской митрополии.
Выданного поляками Соломона отправили для казни из Москвы в Батурин с царским гонцом Языковым. Мазепа относительно Соломона показал себя сдержанно: он объявил, что без совета со всеми полковниками не станет его казнить: так издавна ведется по войсковым обычаям. Мазепа уверял, что вообще не желает никого казнить смертью и сам будет за своего злодея и клеветника просить милосердия у великих государей.
Удерживая на время Языкова, Мазепа послал созвать старшин и полковников для суда над преступником. Этот преступник, как оказалось, назывался в мире Семен Троцкий; по лишении монашеского сана он предан был мирскому войсковому суду под именем расстриги Сеньки. Царский гонец привез Мазепе самую приятную новость: Михайло Василевич, по указанию на него самого Сеньки, привезен в Москву, жестоко пытан и осужден на ссылку в Сибирь.
Съехавшиеся старшины и полковники подвергли розыску Сеньку Троцкого.
«Помни страшный суд Божий и смертный час свой, — говорили ему, — скажи правду. Кроме Мишки Васильева кто еще был с тобою в соумышлении?»
«Я уже все сказал на Москве, — отвечал подсудимый, — никаких не было соучастников. Если бы кто в сем деле был со мной, я бы еще в Москве все сказал — не стерпел бы таких жестоких пыток с огня».
Его приговорили к смертной казни. Тогда царский гонец сказал: «Итак, мне остается казнить его тотчас».
«Казнить его тотчас нельзя, — возразил гетман, — мы о нем к великим государям писали. Подождем царского указа. Еще надобно дать преступнику время покаяться да и людей собрать побольше, чтобы все видели казнь его. Недурно было бы повезти его по всем городам, чтобы народ везде его увидел. Мишку же Василевича надобно заслать на вечное житие в самые дальние сибирские городы… Скорбно мне то, что злые люди из малороссийских жителей клевещут на меня. будто я служу великим государям неправдою, будто думаю изменить и передаться польскому королю в подданство. Сокрушаюсь, когда я слышу об этом. На прежних гетманов таких наветов не было, как на меня».
До получения царского указа Сеньку Троцкого держали в тюрьме. Царской милости не последовало. Сеньку казнили смертью 7 октября 1692 года.
Гетман был доволен, что ему удалось уничтожить одного из злейших врагов своих, Михайла Василевича, но ему хотелось также утопить Леонтия Полуботка и сына последнего, Павла. Гетман говорил Языкову:
«Говорил нам миргородский полковник Данило Апостол: как мы с старшинами ехали к Троице по указу государя Петра, Павел Полуботок догнал на дороге ехавшего в карете Апостола и сказал, что был у Михайла Василевича и тот едва ли не исполнит давнишнего намерения своего снять с плеч голову гетману. Дело выходит так: если знал Павел Полуботок про такой замысел, то и отец его, Леонтий, наверное знал. Явно показывается злоба их обоих ко мне: от; знали об умысле на жизнь своего властителя и не предостерегли его».
Войсковой суд решил обоих Полуботков лишить маетностей и держать под стражей.
Дело чернеца Соломона осталось неразъясненным и загадочным. Устрялов, в. своей «Истории Петра Великого», склоняется к такому мнению, что Мазепа в самом деле тайно посылал в Польшу этого чернеца. Но на это нет никаких оснований. Невозможно, чтобы Мазепа, доверивши Соломону такое страшное для себя дело, сам потом добивался, чтобы Соломона выдали в Москву и допрашивали его там, а не в Батурине. Не следует допускать тайной измены в 1690 году на том только основании, что этот человек оказался изменником через 18 лет. Обстоятельства позже были совсем иные, чем ранние. Мазепа действительно был истый поляк по своему польскому воспитанию и шляхетскому происхождению, но раз, отступивши от Полыни к козачеству, он сделался гетманом, получил в козачестве такую высокую степень, которая ставила его, как он сам о себе выражался, мало меньше польского короля; обласканный московским правительством, не имея притом повода опасаться прекращения к себе доверия, Мазепа ничем не мог быть побуждаем к измене: польская сторона не была могущественна, а московская слишком слаба. Мазепа не был еще тайным врагом русского царя и русской державы, потому что это не представляло ему никаких выгод. Был ли кем-нибудь подослан Соломон или же по собственному побуждению составил подлог, это остается неизвестным, тем более что у нас в руках не было допросов, сделанных ему в Москве, и очной ставки с Михайлом Василевичем. Во всяком случае, нет причины не допускать вероятности того. что выставлено причиною появления этого чернеца именно интриги Михайла Василевича, который так же ненавидел Мазепу, как и Мазепа его, преследуя упорнее, чем кого бы то ни было из своих недоброжелателей. По настоянию Мазепы, в Сибирский приказ дан был царский указ — «сосланного в Сибирь Мишку Василева беречь строже, как человека вельми коварнго и неусыпного изобретателя козней». Все имущество осужденного было отписано на гетмана. Но сын сосланного, Данило. упросил возвратить ему движимое отцовское имущество, хотя слободу Михайловку отдали племяннику гетмана Обидовскому. Мазепа был недоволен и этой милостью к сыну своего лютого врага. Тем не менее последний нашел себе в Москве настолько покровительства, что мог упросить, чтоб его родителя не отправляли в Красноярск, дабы не дать ему там умереть с голода, а оставили на житье в Тобольске.