Кроме таких крупных врагов, как Михайло Василевич и Полуботки, гетману досаждали другие, не столько важные лица. Так, в начале 1690 года глуховский сотник доносил севскому воеводе, что в город Глухов приезжал из Севска ротмистр Соболев с тремя рейтарами и в ратуше, в собрании товарищества, произносил непристойные речи о гетмане и о великих государях, говоря так: «Худо великие государи делают, что служилым людям волокиту чинят;соберемся и убьем гетмана, а другого поставим!» Произведено было следствие. Соболев запирался в худых речах о государях, а в речах о гетмане сознался, говоря, что произнес это в пьяном виде, и за это козак бил его по щекам. Соболева указано было севскому воеводе казнить смертью, «чтоб иным непостоянным людям неповадно было таких лукавых и возмутительных слов изрыгать». Двое из ходивших по городским и сельским ярмаркам торгашей: один — москвич Кадашевской слободы, другой — калужанин, говорили: «Гетману не долго быть на уряде; скоро пришлют из Москвы бывшего гетмана на его место, затем, что малороссийский народ не только не хочет иметь Мазепу у себя гетманом, но желал бы, чтоб имя его здесь не вспоминалось». Индуктор, собиравший на границе торговые пошлины, услыхал это и донес. Обвиняемые на допросе, учиненном над ними в Севске, заперлись и их посадили только в тюрьму. Явился еще врагом гетмана некто Михайло Чалиенко. Родом он был из Черкас, немалое время находился в татарской неволе, после освобождения явился в Киев и подал донос на гетмана в таком же смысле, как подавались и прежние доносы: гетман по природе поляк и желает отступить от державы великих государей под польскую власть; в этих видах он приобретает себе заранее маетности в польских владениях и просил зятя своего Войнаровского, земского старосту владимирского, селить людей в селе Мазепичах (Мазепинцах), где родился Мазепа. Доносчика было приказано наказать кнутом и сослать в Архангельск; но Чалиенко убежал оттуда, скитался и в 1693 году был, вместе со своим братом Лукою, схвачен в малороссийском городе Воронеже тамошним сотником и отправлен в Батурин. Царским указом от 2 июня ведено было казнить его смертью. Мазепа, неумолимый к таким врагам, которых опасался, зная, что за ними есть в Москве протекция, склонен был показывать великодушие к врагам неважным и малосильным. Он ходатайствовал о милосердии Чаленку. «Сам я человек грешный, — писал он, — и верю, что Господь наипаче прощает грехи тем, которые прощают другим причиненные им досады». Московское правительство отозвалось, что опасно оставлять в живых таких, которые могут убежать в польскую сторону или пристать к врагам в случае неприятельского вторжения. В Москве какой-то малороссиянин Порваницкий распространял о гетмане худые слухи, и хотя, когда его схватили, он под пыткою показал, что болтал в пьяном виде, однако его отправили в Батурин для совершения над ним казни.

Недавно еще московское правительство возмущено было пасквилем в подметном письме, поднятом великорусским ратным человеком. Вскоре, в 1691 году, явился в Киеве другой пасквиль на гетмана. Его принесла в киевский Фроловский девичий монастырь неизвестная монахиня из польских владений. В этом новом пасквиле говорилось почти то же, что и в прежнем: что Мазепа некогда продавал бусурманам христиан в рабство, что, достигши гетманского сана, злоумышлял, вместе с князем Голицыным, на жизнь царя Петра, что у него есть тайная мысль отдать Малороссию Польше, с целью истребления православных церквей и православной веры, и что, подготовляясь к этому исподволь, он покупает для сестры своей маетности в польских владениях. Митрополит при трех игуменах допрашивал игуменью Фроловского монастыря и сестер и, не доискавшись, кто такая была неизвестная монахиня, доставившая в монастырь письмо, отправил их в Батурин. Гетман также ничего от них не допросился и поручил матери своей, игуменье киевского Печерского девичьего монастыря Магдалине, произвести каким-нибудь путем дознание — кто такая была эта неизвестная монахиня. Мать Мазепы отправила доверенную монахиню Липницкую в Полонский девичий монастырь, находившийся в польском владении. Липницкая проведала, что то была уставщица того же монастыря и что еще прежде она сообщила своей игуменье, будто нашла это письмо на дороге в верхнем городе Киеве против двора воеводского и отнесла во Фроловский монастырь без намерения вредить гетману. Уставщица, снова спрошенная в присутствии Липницкой, во всем заперлась. Этот пасквиль не мог повредить гетману, как и прежний, но Мазепа немало тревожился такими выходками против себя и так изъяснялся в своих отписках в приказ, обращенных к лицу государей: «Истинно радетельная служба моя не точию в нерадетельство, но и в злое клятвопреступничество превращается. Тяжко уязвлен есмь непрестанными болезнями, сокрушилосьи иссохлось сердце мое. Идеже бы мне без таковых напраснств и козней свободным разумишком мыслити и простирати начинания о належащих в предбудущие времена службах и радениях, которые бы к угождению вам и к охранению вольностей православного российского народа належали, тут утесняет мя всегда скорбь, печаль, плачь и воздыхание, отчего неточию плоть моя немоществует, но и малый разумишко мой пришел в притупление и дух мой едва держится во мне».

Московское правительство не только угождало гетману, показывая недоверие ко всем обвинениям, так обильно сыпавшимся против него, но оказывало милости родным его и всем, за кого он ходатайствовал. Сестра гетмана, о которой шла речь в подметном письме, была прежде замужем за Обидовским: от этого ее брака был сын, служивший при Мазепе в козачестве, сделанный впоследствии нежинским полковником и по ходатайству дядюшки-гетмана пожалованный вотчинами. Эта сестра гетмана, после смерти первого мужа, вышла вторично замуж за некоего Витуславского, от которого имела дочь Марианну, потом в третий раз вышла за поляка Войнаровского, от которого имела сына уже подростка, по имени Андрея, любимца гетмана. Между нею и ее третьим мужем произошел разлад, и она приехала в Киев к своей матери, игуменье Магдалине. Игуменья тотчас представила ее царскому киевскому воеводе князю Ромодановскому и тогда писала к своему сыну-гетману: «Теперь-то пристойно врагов наших обличить, зачем лают они, будто мать твоя высылает сестре твоей в Польшу казну, а сестра твоя покупает там для тебя маетности. Спросить бы сестру твою, да и челядь, хотя бы под страхом огненной пытки, какие там такие новокупленные маетности?»

Гетман, не считая возможным ехать в Киев для продолжительного свидания с сестрой, просил московское правительство дозволить последней приехать к нему в Батурин. На это последовало разрешение указом 18 декабря 1691 года. Сестра оставалась у гетмана в Батурине до октября 1692 года, и Мазепа испросил у московского правительства разрешение сестре своей на беспрепятственный приезд в царские владения для свидания с матерью-игуменьею, с братом-гетманом и сыном Обидовским. «У меня, — замечал Мазепа, — в целом свете нет другого родства, кроме сестры, и мы друг к другу сердечною разжигаемся любовью; притом она исповедания восточного и желает почаще поклоняться киевской святыне». Впоследствии, зимою 1694 года, эта сестра Мазепы жаловалась брату, что муж ее Войнаровский, будучи сам римско-католического исповедания, стал побуждать ее изменить православию и не допускал к ней православных духовных с требами, поэтому она не хочет жить с мужем и просит дозволения навсегда переселиться в Киев к матери своей, игуменье Магдалине, и принять иноческий ангельский образ. Мазепа не решался сам разрешить ей этого, а испросил разрешения у царя через племянника своего Обидовского; сестра его приехала в Киев с двумя падчерицами, дочерьми Войнаровского от первого брака. Спустя недолго после того Мазепа сообщал, что Войнаровский из польских краев требовал возвращения к себе жены своей, но она скончалась в киевском монастыре.

По ходатайству гетмана избранный новый митрополит киевский, Варлаам Ясинский, получил право именоваться экзархом московского патриархата и подтверждение прежних грамот Софийскому митрополитскому собору на маетности. Место архимандрита печерского после Ясинского заступил бывший генеральный судья Вуехович. Бессемейный и безродный, он, чувствуя уже подходящую старость, счел за лучшее искать пристанища в стенах святой обители и, пользуясь своим званием генерального старшины, без всякого полагаемого монастырскими уставами искуса, оставив свой судейский стол, прямо стал высокопреподобным отцом, а гетман, по его пострижении, исходатайствовал оставление за ним его прежних маетностей. При этом гетман не обошелся без того, чтоб и себя выставить. «Не хочу, — писал он, — поступать так, как, бывало, поступал прежний гетман в таких случаях, что себе все забирал».