Такие замечания проливают некоторый свет на возможные причины того, отчего дворцовый комендант Николая П. В.Н.Воейков в своих воспоминаниях называл алексеевскую физиономию «хитрой», причем, умеющей принять "еще более хитрое выражение".
В 1908 году Алексеев удостаивается звания генерал-лейтенанта и становится начальником штаба Киевского военного округа.
В 1912 году в Москве проходит секретное совещание командующих военными округами и их начальников штабов. Здесь принимается план развертывания Русской армии на случай войны. Алексеев выступает с критической запиской "Общий план действий", которую не разделяет большинство собравшихся, но все же старый план стратегического развертывания, утвержденный в 1910 году, был пересмотрен. В это время Алексеева назначают командиром 13-го армейского корпуса, он переезжает с семьей в Смоленск. Имя его у «передового» офицерства становится весьма популярно.
Тогда на опыте проигранной японской войны кипела работа по реорганизации армии и флота. Тон ее в широких военных кругах задавали объединявшиеся в полуофициальные кружки офицеры, которых окрестили «младотурками», чтобы не насторожить общественность более громким определением «масоны», чья деятельность была запрещена в России еще Александром I. Вот что пишет на этот счет в своей книге "Люди и ложи. Русские масоны XX столетия" Н.Н.Берберова: "Половцев немедленно начал называть братьев-масонов «младотурками», тем самым не нарушая клятвы, но играя на пороге ее нарушения. Он оказался в окружении масонов "Северного сияния" и "Военной ложи": Якубовича, Энгельгардта, Пальчинского и других, примкнувших в марте 1917 г. к Керенскому. До этого, пишет Половцев в своих воспоминаниях, он "не знал разницу между с- р. и с- д". Младотурки все были "за Алексеева" и "против Брусилова". "Ген. Михаил Васильевич Алексеев, войдя в "Военную ложу" с рекомендацией Гучкова и Теплова, привел с собой не только Крымова, но и других крупных военных. В этом свете становится понятно, почему именно генералы Алексеев и Рузский (тоже масон, член "Военной ложи" — Б.Ч.-Г.) приняли участие вместе с Гучковым (и Шульгиным — не масоном) в процедуре подписания царем акта отречения".
Масонское движение выплеснулось в Россию после 1905 года из-за неуспешности первой русской революции. Один из его французских вождей в 1900-е годы так объяснял текущие задачи: "Весь смысл существования масонства… в борьбе против тиранического общества прошлого… Для этого масоны борются в первых рядах".
Один из воссоздателей русского масонства XX века глава Ордена Лафер объявлял: "Мы не просто антиклерикальны, мы противники всех догм и всех религий… Действительная цель, которую мы преследуем, крушение всех догм и всех Церквей". Не вязалось все это по крайней мере со внешней церковностью Алексеева, но вполне ложилось на кантонистские корни его родословца, искореженные именно "тираническим обществом прошлого".
С началом Первой мировой войны гений М.В.Алексеева развернулся в полную силу. Он вступил в нее начальником штаба Юго-Западного фронта и сразу же в Галицийской битве показал свои таланты. О победоносном плане Михаила Васильевича, роли начштаба Алексеева, приведшим к тяжелым поражениям австро-венгерских армий, так рассказывается в работе Н.Н.Головина "Галицийская битва": "Оценивая этот план, нельзя не увидеть, что автор его оказался на высоте, требуемой для руководства группой армий. Несмотря на серьезный кризис, переживаемый 4-й армией, генерал Алексеев сумел устоять от соблазна частичных поддержек в виде передачи корпусов из одной армии в другую, на что всегда склонны малорешительные начальники. Умение генерала Алексеева видеть армейские операции во всем их целом позволило ему не уступить сразу же после первой неудачи почин действий противнику, а продолжать бороться за этот почин". Из "Истории войны" немецкого военного писателя Г. Штегемана: "Австрийская победа у Замостья была парализована русской победой у Перемышля, так как поворот фронта 4-й армии для второй битвы у Львова спас жизненные пункты северного русского фронта". Из труда бывшего генерал-квартирмейстера Ставки Ю.Н.Данилова "Россия в мировой войне": "Руководящая роль принадлежала начальнику штаба этого фронта генералу Алексееву — человеку больших военных знаний, опыта и настойчивости. Несомненно, что наши первоначальные успехи в Галичине должны быть крепко связаны с именем этого крупного военного деятеля пережитой эпохи". За успехи Алексеев получил орден Святого Георгия и произведен в генералы от инфантерии. В марте 1915 года он становится главнокомандующим армиями Северо-Западного фронта. Ю.Н.Данилов указывает: "По числу дивизий, свыше двух третей всех сил перешло в подчинение генералу Алексееву, на которого таким образом выпала роль не только непосредственно руководить большей частью наших вооруженных сил, но и выполнить наиболее ответственную часть общей задачи".
Тем летом германцы пытаются нанести основной удар по России, но Алексеев выводит свои армии из польского мешка. Русский главком не дал противостоящим ему Людендорфу и Гинденбургу завершить ни одно из запланированных ими окружений. Об этом свидетельствует сам Э. Людендорф в его мемуарах: "Как я и ожидал, продвижение союзных армий в Польше и к востоку от Вислы выражалось во фронтальном преследовании с непрерывными боями. И здесь всё предпринимались безрезультатные попытки окружить русских, а русская армия сравнительно благополучно уходила под нашим натиском, часто переходя в ожесточенные контратаки и постоянно пользуясь болотами и речками, чтобы, произведя перегруппировку, оказывать долгое и упорное сопротивление". Всё так, но вот что записывает в своем дневнике этим для Алексеева звездным летом великий князь Андрей Владимирович, бывший рядом с ним в то время: "Всю штабную работу ведет самолично Главнокомандующий Алексеев. Все бумаги написаны его рукой. Вследствие этого ни начальник штаба, ни генерал-квартирмейстер не в курсе его распоряжений…
Еще есть один тип, который в штабе мозолит всем глаза; это закадычный друг генерала Алексеева, выгнанный уже раз со службы за весьма темное дело, генерал Борисов, — маленького роста, грязный, небритый, нечесаный, засаленный, неряшливый, руку ему подавать даже противно. Алексеев его считает великой умницей, а все, что он до сих пор делал, свидетельствует весьма ясно, что это подлец, хам и дурак… Меня заинтересовало мнение генерал-адъютанта Иванова (главком Юго-Западного фронта, у которого до этого Алексеев служил начштабом — В.Ч.-Г.) об Алексееве: "Алексеев, безусловно, работоспособный человек, очень трудолюбивый и знающий, но как всякий человек, имеет свои недостатки. Главный — это скрытность. Сколько времени он был у меня, и ни разу мне не удалось с ним поговорить, обменяться мнением. Он никогда не выскажет свое мнение прямо, а всякий категорический вопрос считает высказанным ему недоверием и обижается. При этих условиях работать с ним очень было трудно. Он не талантлив и на творчество не способен, но честный труженик"… Иванов прав, что Алексеев на творчество не способен. Копошиться в бумагах он может и хорошо, но сквозь эти бумаги жизни, обстановки, настроения не увидит… Да и солдата Алексеев в лицо не видал. Сидя всю жизнь за письменным столом над листом бумаги, живого человека не увидишь. Это не есть подготовка для командования. Даже поздороваться на улице с солдатом он не умеет, конфузится, когда ему становятся во фронт. Нет, не знает он, что такое нравственный элемент, что у армии, кроме патронов, должен быть дух, который он обязан поддерживать, не знает он этого и не познает своей чернильной душой и погубит армию прекрасными, хорошими мыслями, погубит в ней душу, веру в свою силу, веру в победу…"
В августе 1915 года государь Николай II лично становится Верховным Главнокомандующим и назначает Алексеева начальником штаба Ставки. А.И.Деникин впоследствии утверждал, что на этом посту Михаил Васильевич превратился в "тактического руководителя Вооруженных Сил русского государства". Безусловно, в немалом благодаря Алексееву, русские армии, начавшие отступать, к весне 1916 года оправились и снова бросились вперед в мае Луцким прорывом, начав Брусиловское наступление на Юго-западе. К весне 1917 года, как указывает полковник А.А.Зайцов в его фундаментальном труде "1918 год. Очерки по истории русской гражданской войны", генерал-адъютант Алексеев "был общепризнанным крупнейшим авторитетом Русской армии".