Наконец, в конце 60-х годов Боткин предпринял издание сборника под названием «Архив клиники внутренних болезней профессора Боткина», в котором решил помещать все лучшие и наиболее интересные работы, произведенные его учениками в клинической лаборатории. Сборник этот выходил по мере накопления материала, и всего было выпущено 11 более или менее объемистых томов; из них первый том появился в 1869 году, а последний – в 1887-м. В сборнике этом имеется много замечательных данных по экспериментальной разработке самых разнообразных клинических вопросов, и, хотя в нем нет ни одной статьи, принадлежащей непосредственно самому Боткину, но и он также свидетельствует о его неутомимой деятельности, потому что все почти без исключения помещенные в нем труды принадлежат его личному почину, совершены под его руководством и прошли через его окончательную редакцию.

Вследствие беспрерывной работы и отсутствия всякой упорядоченности крепкое здоровье Боткина опять стало расшатываться: сильный приступ желчной колики, случившийся зимой 1867 года, заставил его обратить на себя более серьезное внимание, – с тех пор он пять лет подряд посещает Карлсбад и при помощи целебных вод и более строгой диеты снова приводит себя в порядок.

Зимой 1872 года его деятельность еще значительно осложнилась приглашением стать личным врачом императрицы Марии Александровны и назначением его лейб-медиком. Эти новые обязанности весной того же года заставили Боткина покинуть на время Петербург и сопровождать царственную пациентку в Ливадию; поездка дала ему случай впервые и основательно познакомиться с южным берегом Крыма, и природные красоты и климатические условия края привели его в восторг. «Но, – писал он, – живописность Крыма, прелестный его климат стоят в неимоверном контрасте с отсутствием всего похожего на комфорт для злополучного путешественника. Как больничная станция он, по моему мнению, имеет большую будущность, лишь бы появились те необходимые удобства, без которых сюда невозможно посылать больных с кошельком среднего размера. Пока же он доступен или очень богатым, или людям, не отравленным европейским комфортом, но со временем займет место значительно выше Монтре, хотя никогда не перегонит Ментоны».

Звание лейб-медика время от времени прерывало его клинические занятия; так, позднее он должен был провести с императрицей две зимы на побережье Средиземного моря, а именно с 1874-го на 1875 год в Сан-Ремо и зиму на 1880 год – в Каннах. Пациенты толпою осаждали его и там; конечно по большей части то были русские, но обращались и иностранцы, и в числе последних была, между прочим, жена принца Амедея, брата теперешнего короля Италии. В Сан-Ремо же ранней весной 1875 года его постигло первое и глубокое горе в личной жизни: там скончалась его жена, первый и лучший друг; она была всегда слабого и хрупкого здоровья, непрерывно хворала, наконец, может быть, вследствие частых родов у нее развилось острое малокровие, которое и свело ее в могилу. Горе Боткина было сильным, подавляющим, но постоянный труд и время скоро заживили эту рану, и менее чем через полтора года после смерти первой жены он женился на вдове Е. А. Мордвиной, урожденной княжне Оболенской.

Вспыхнувшая в 1877 году русско-турецкая война снова увлекла его из Петербурга, и он в мае поехал по званию своему лейб-медика в свите императора на театр военных действий и провел на нем безвыездно около семи месяцев, передвигаясь с императорскою квартирой с места на место: из Плоешти – в Зимницу, Павлово, Бела, Горный Студень, Парадим. Везде он постоянно ходил по военным госпиталям и лазаретам, помогал советами и снова пережил ощущения душевной муки и часто бессильного желания облегчить тяжелое положение больных и раненых, страдавших от неурядицы военного времени и неудовлетворительной организации военно-санитарной части, то есть пережил все то, что ему пришлось еще юношей испытать в Крымскую войну в Симферополе. Конечно, разница в постановке военно-медицинского дела в период между этими двумя войнами произошла весьма заметная: лазаретов было открыто несравненно больше и снабжены они были всем необходимым более доброкачественно и в достатке, эвакуация совершалась правильнее и целесообразнее, помощь Красного Креста и частной благотворительности (из них первой вовсе не существовало в 1850-х годах) теперь приняла широкие размеры, – медицинский и санитарный персонал много выиграл и в отношении образования, даже в отношении самоотверженности врачей; но вместе с тем оставалось еще желать многого, и сердце Боткина, отзывчивое всегда на людские страдания, мучилось вдвойне, и как врача, и как гражданина, когда ему приходилось видеть беспомощность больных и раненых воинов и сталкиваться с неумелостью, с поверхностным и равнодушным отношением администрации к положению страдальцев и, что хуже всего, с различными ее злоупотреблениями. Ему приходилось то и дело во многом разочаровываться: «…вообрази, я – по натуре блондин, а теперь начинаю делаться брюнетом», – так образно выражается он в одном из писем, рассказывая о своих впечатлениях военного времени. Нам случилось прочесть многие из его писем с войны к жене, изложенных в форме дневника и написанных просто, без всякой обработки и без малейшей претензии на огласку, как пишутся письма к близкому человеку, – и мы были поражены их безыскусственной прелестью и талантливой наблюдательностью, сообщающими им немалое литературное достоинство, не говоря уж о том, что они лучше всяких сторонних прикрас обрисовывают нравственные качества Боткина как человека. Вдова покойного, Е. В. Боткина, с величайшей готовностью дала нам право воспользоваться этим материалом; к сожалению, размеры нашего очерка и боязнь не в меру растянуть военный эпизод в мирной жизни Боткина не позволяют нам сделать этого, и мы приведем здесь только один небольшой отрывок из этого дневника, высказывая при этом наше горячее желание увидеть его поскорее полностью напечатанным как ввиду его биографического интереса, так и интереса исторического.

«Горный Дубняк, 19 августа 1877 г. Вчера так был измучен, что не мог дописать того, что хотел. Вчера пришлось три раза побывать в госпитале; утром отправился, как обыкновенно, посмотреть больных, после завтрака объявили, что пришел транспорт раненых в 169 человек. Тотчас же поехал, чтобы увидеть воочию больных еще на телегах, неумытых, замученных от переезда 40 верст на арбах по скверным дорогам. Тяжелое впечатление, которое с непривычки даже и нашего брата-врача забирает. С переломами бедер, со сквозными ранами груди переносят перевязку очень тяжело; один со сквозной раной груди тотчас же по приезде начал кончаться, другой, вероятно тифозный, тоже почти умирал. Да, это – тяжелый вид; у меня не раз навертывались слезы, слушая эти стоны и смотря на этих людей, изнемогающих от ран, от солнца, от тряски, от усталости. Часа через два, когда всех уложат по постелям, переменят белье, умоют, напоят, – конечно, картина в тех отделениях, где раненые полегче, меняется, завязываются беседы, люди здороваются, веселы, охотно рассказывают подробности битвы, в которой были ранены. Все прибывшие были от 14 числа из дела Воронцова; такого подбора тяжелораненых еще не встречалось, у многих встречалось по две и даже по три раны, почти все раны огнестрельные, – или пулями, или картечью. Восемь было привезено ампутированных, девятого ампутировали сегодня утром. Я смотрел, как подвозили телеги к палаткам и как вынимали этих несчастных; все это делалось в высшей степени добросовестно и скоро, и транспорт почти в 200 человек больных был уже весь размещен почти в один час времени; чуть не каждого раненого нужно было поднимать четырем санитарам. Как своехарактерно рисуются при этом раненые солдатики; лежит, например, в телеге солдатик с раной в ногу, подходят его вытаскивать, – с каким вниманием следит он за своим бедным скарбом, который вытаскивается из его телеги, узелок, другой, ранец; „вот, вот забыли“, – кричит он и тянется в угол телеги за манеркой; когда все его имущество вынесено, он спокойно передает и самого себя на руки санитаров: „Осторожнее, земляки, осторожнее, вот так, ногу-то повыше; ой, ой, зачем опустил“ – и т. д. Зайдешь через полчаса в палатку, все разместились, кто моется, кто пьет, а кто стонет еще от боли в ране; через час уже немного пободрее – и водочки выпили, а кто и чаю напился. Между прочим солдатским скарбом вчера у одного больного я услышал в мешке живую курицу, которую он дотащил до лазарета. Не могу тебе передать, до какой степени симпатичны мне наши раненые: сколько твердости, покорности, сколько кротости, терпенья видно в этих героях, и как тепло и дружно относятся они друг к другу, как утешаются они в своем несчастии тем, что вытеснили или прогнали „его“. Сегодня под хлороформом молодой солдатик все бредил неприятелем: „Это наш, это наш, – кричал он, – сюда, сюда“ и прочее; наконец при более сильной наркотизации он запел песню (вероятно, был запевалой) во все горло и пел, пока не заснул вполне. Больные привозятся с ружьями, и нередко тифозный без сознания при вытаскивании из телеги первым вопросом делает: „Где мое ружье?“ Госпиталь расположен вдоль речки в кибитках, в каждой из них помещается по восьми человек, одна кибитка от другой по крайней мере в 12 шагах. Можешь себе представить, сколько пришлось вчера исходить, переходя во время приема транспорта из одной кибитки в другую, возвращаясь опять в первые, и т. д.»