Тяжелое наследство оставил Хименесу Диего Деца. Общественный голос требовал суда над Люцеро, и в то же время надо было сохранить неприкосновенным идеал Торквемады. Чтобы выйти из этого затруднения, Хименес собрал в Бургосе в 1508 году так называемую католическую конгрегацию, инквизиторов Кастилии и Аррагонии, епископов и высших чинов Испании. По решению этого съезда жертвы Люцеро были оправданы: как живые, так и мертвые, честь их восстановлена, конфискованное имущество возвращено, но сам виновник был только отстранен от должности и, отсидев немного в тюрьме, отправлен в Альмерию, где продолжал исполнять обязанность каноника... Съезд объявил, кроме того, что насилия над узницами инквизиции будут наказываться смертной казнью, но эта угроза никогда не приводилась в исполнение, хотя поводов к тому было немало. Такие распоряжения не могли, конечно, удовлетворить испанское общество. Оно с восторгом встретило оправдание и реабилитацию невинных узников Люцеро, но хотело в то же время получить на будущее время гарантию, что кордовские события не повторятся, и потому требовало гласности инквизиционных процессов. Аррагонские кортесы, со своей стороны, жаловались, кроме того, что инквизиторы вмешиваются в сборы податей, обращаются дерзко с городскими властями и претендуют на право судить не только ереси, но и другие преступления, например, некромантию. Кортесы просили Фердинанда соблюдать обычаи и законы страны, что было обещано его присягой, но король отложил ответ на два года и затем, опять собрав кортесов и выслушав их проект реформы инквизиции, упросил папу освободить его от присяги. Однако кортесы так явно выразили свое намерение не подчиняться желаниям Фердинанда, что испуганный король отказался от папского разрешения и даже просил его святейшество утвердить мнение кортесов.

Хименес разделял стремления Фердинанда парализовать давление испанского общества. Когда мараносы, желая добиться гласности инквизиционного процесса, предложили Фердинанду 600 тысяч дукатов на военные издержки, он из собственных средств подарил королю не меньшую сумму и сохранил неприкосновенность трибуналов. Точно так же поступил он при Карле V, преемнике Фердинанда. Тогда все университеты и ученые Испании и Фландрии присоединились к оппозиции и ходатайствовали о реформе инквизиционных процессов, а мараносы опять предлагали деньги, 800 тысяч золотых талеров, но Хименес и тут оказался победителем.

“Великий католический король и милостивейший государь, – писал он по этому поводу к Карлу V, – ваше величество должно знать, что католические короли (т.е. Фердинанд и Изабелла) занимались трибуналами святой инквизиции с такой заботливостью и изучали ее законы и распоряжения с такою внимательностью, добросовестностью и мудростью, что эти законы не имеют решительно никакой надобности в изменениях и не могут быть изменены без нарушения справедливости. Эта реформа тем более опечалила бы меня теперь, что она дала бы каталонцам и папе новое оружие против инквизиции, против которой они так враждебно настроены. Я понимаю, как затруднительно ваше финансовое положение, но в этом случае положение короля Фердинанда, вашего деда, было еще затруднительнее, и хотя новообращенные предлагали ему 600 тысяч дукатов золотом на войну с Наваррой, он отказался от этих денег, потому что предпочитал любовь к христианской религии всему золоту мира (на самом деле Фердинанд только предпочел деньги Хименеса деньгам мараносов). Я прошу вас поэтому, с верностью подданного своего государя и с ревностью к обязанности, которою облачило меня ваше величество, я прошу вас открыть глаза, подражать примеру вашего деда и не допускать никаких изменений в процессе инквизиционного трибунала. Все замечания, представленные противниками этого трибунала, были уже рассмотрены вашими предшественниками славной памяти, и нельзя нарушить малейшего закона инквизиции, не оскорбляя имени Господа и памяти ваших знаменитых предков. Если же все это не произведет на вас никакого впечатления, я прошу ваше величество обратить внимание на происшествие в Талавере де ла Рейна, где еврей, недавно крещенный, узнав имя донесшего на него инквизиции, выследил этого доносчика и пронзил его копьем. Ненависть к этим доносчикам на самом деле такова, что если открыть их имена, то их будут избивать не только тайно, но на площадях, всенародно, даже в храмах, и никто не решится на будущее время рисковать жизнью, донося инквизиции, и тогда погибнет этот святой трибунал, и дело Господа останется без защитников. Я верю, что ваше величество, мой король и повелитель, останется верно крови, которая течет в его жилах, и убедится, что инквизиция – трибунал Бога и одно из самых лучших учреждений ваших предков”...

Карл действительно убедился в этом, но не сразу. Под влиянием своего наставника Вильгельма де Круа и великого канцлера Сельваджио он решился было на реформу инквизиции и дал кортесам торжественное обещание принять новый кодекс трибунала. Еще в феврале 1518 года, когда в Вальядолиде были собраны кортесы Кастилии, святой трибунал инквизиции подвергся дружному натиску представителей государства. “Мы умоляем ваше величество, – говорили эти представители, – настоять, чтобы святой трибунал инквизиции отправлял правосудие по законам, чтобы злые были наказаны, а невинные оправданы согласно каноническим постановлениям и общему праву”... В подкрепление своей просьбы кортесы послали королю через Сельваджио 10 тысяч дукатов и обещали дать еще столько же, если будут исполнены их желания. Составители его требовали, чтобы предварительное заключение в тюрьмах не было наказанием, а только заключением, чтобы узники могли видеться с своими родными, друзьями и с теми, кто интересовался их судьбою, и могли бы избирать себе защитника. Кортесы не считали нужным соблюдать таинственность процессов и потому проектом нового кодекса узаконивали выдачу подсудимому копии обвинения и притом с указанием свидетелей. По их мнению, боязнь обнаружить имена доносчиков могла иметь место разве при суде над высокопоставленными лицами, располагающими властью для мщения обвинителям, но на этот случай кортесы требовали от судей присяги как гарантии, что тайна свидетелей действительно необходима для спасения последних. Кортесы ограничивали также применение пытки, а вечное тюремное заключение отменяли совсем, потому что, говорили они, там умирают от голода и не могут молиться. Они просили в то же время уничтожить постановления, которыми запрещалось принимать в монастыри потомков мараносов, и ссылались на пример самого Бога, не взирающего на происхождение, и наконец на то, что это запрещение открыто оскорбляет божественные и человеческие права. Но еще более неприятны были для инквизиторов стремления кортесов ограничить конфискацию и придать ей, до окончательного приговора, характер временной описи имущества, причем подсудимый мог бы расходовать это имущество на содержание детей и жены и на оплату судебных издержек. Эта мера несомненно имела весьма важное значение, потому что давала в руки обвиняемого возможность защиты, между тем как, по установившемуся обычаю, заключение в инквизиционной тюрьме было своего рода гражданскою смертью и вследствие этого доставляло обширный простор для всякого насилия над личностью.

Опираясь на присягу короля произвести реформу инквизиции, аррагонские кортесы послали проект этой реформы на утверждение папы Льва X. Но пока тянулись двухлетние хлопоты об этом утверждении, инквизиторы не дремали и арестовали в Сарагосе секретаря кортесов. В ответ на это насилие постоянная депутация открыла новое собрание. Карл приказал распустить его, но кортесы ответили, что аррагонские короли не имеют права нарушать законы, и затем издали декрет, запрещавший сбор налогов впредь до исполнения королевского обещания. Папа тоже вооружился в это время против испанской инквизиции и приказал было инквизиторам оставить свои должности, но ему не хватило мужества довести дело до исполнения, и даже, по просьбе Карла, он отменил свое распоряжение. При таких обстоятельствах, конечно, трудно было рассчитывать на исполнение желаний кортесов, и действительно, кроме освобождения секретаря собрания, представители сословий не добились ничего.