Не одно намерение поддержать инквизицию руководило Карлом в столкновении с кортесами. Это было продолжение давней борьбы испанских королей с привилегиями сословий, результат их стремлений сделать свою власть неограниченной и управлять страною по усмотрению.

Возникновение народных привилегий в Испании было тесно связано с освобождением ее от власти арабов. Когда оттесненные в горы предводители испанцев начали первые попытки к этому освобождению, они привлекали к себе воинов, наделяя их льготами, в отвоеванных провинциях создавали города и, в возмещение риска от соседства с арабами, давали их жителям права самоуправления и прочее. Таким образом возникли кортесы, представительные собрания дворян, духовенства и горожан, принимавшие участие в законодательстве, в контроле над финансами и судебною властью. В Аррагонии существовал даже высший судья, великий хустисия, который имел власть призвать граждан к оружию в случае нарушения их прав. Но по мере того, как падало могущество арабов, испанские короли стали стремиться уничтожить привилегии сословий. Сама благочестивая Изабелла искала случая нарушить вольности кортесов и говорила, что ее величайшим желанием было бы восстание аррагонцев, что позволило бы уничтожить их права. Этот случай представился Карлу V при деятельном участии инквизиции. В 1520 году недовольные королем и видя его стремление уничтожить старинные привилегии, сословия восстали под начальством Хуана Падильи и после несчастной для них битвы при Вильяларе потеряли почти всю свою самостоятельность. При Филиппе II и в Кастилии, и в Аррагонии на развалинах средневековой свободы уже процветала система правления на четырех основах – машинально-пассивном повиновении, страхе инквизиции, конфискациях и казнях. На этой тучной почве наследие Торквемады разрослось и зацвело с дотоле невиданным блеском. В 1520 году инквизиция добилась у короля нового указа об изгнании мавров, которые ютились еще в Аррагонии и Кастилии. Разрешение остаться в Испании давалось только желавшим креститься, но мавры попытались силою отстоять свою религию и хотя не успели в этом, однако получили право сохранить язык, одежду, оружие и право платить налоги наравне с коренными испанцами. Получив эти льготы, они крестились, и таким образом все мавры Испании обратились в морисков.

Среди этих домашних хлопот для инквизиции создалась новая арена для подвигов – к Пиринеям подвигалось лютеранство. Пророчество Гуса сбылось: на смену малой птице “явились другие, которые взмахом своих крыльев поднялись выше западни врагов”. Карл V не мог остановить этого полета, он не решился краснеть, подобно Сигизмунду, но зато начал неумолимо преследовать лютеран в своих владениях. 11 марта и затем в сентябре 1520 года он издал указы с повелением всех, обличенных в ереси, казнить на эшафоте, в яме или на костре, то есть обезглавливать, зарывать живыми в землю или сжигать. К категории этих еретиков относились все читатели, переписчики и продавцы лютеранских сочинений, участники протестантских сходок, хозяева домов, где устраивались эти сходки, все, спорившие публично или дома о священном писании и защищавшие и проповедовавшие учение лютеран. Имение казненных приказывалось конфисковывать и отдавать доносчикам, судебным местам не оказывать преступникам никакого снисхождения, а ходатаев о помиловании наказывать. Специально для борьбы с лютеранами Карл V учредил в Нидерландах так называемую апостольскую инквизицию и назначил члена брабантского провинциального совета Франца Ван-ден-Густа генерал-инквизитором Брабанта, графства Фландрии, Зеландии и южной Германии. По словам Мотлея, это был злейший враг науки, а его помощник кармелитский монах Николай Ван-Эгмонд – умалишенный с оружием в руках. Назначение Ван-дер-Густа состоялось в 1521 году, но через два года его отставили за фабрикацию фальшивых документов. Первое время лица духовного звания не подлежали суду брабантского советника, но папа Климент VII, во внимание к мудрости и великой религиозной ревности фальсификатора документов, распространил его власть и служителей церкви. При наследнике Карла, Филиппе II, особенно славился свою жестокостью инквизитор Петр Тительман. “Рассказывают, – говорит про него Мотлей, – будто он день и ночь разъезжал по стране, совершенно один, размозжал дубиною головы трепещущим поселянам, далеко распространял вокруг себя ужас, хватал заподозренных у домашнего очага или с постели, бросал в тюрьму, пытал, вешал, жег, без всякой тени следствия или письменного акта”... Впрочем, при Филиппе II испанская инквизиция тоже вмешивалась в дела Нидерландов. 16 февраля 1563 года, не довольствуясь пролитою уже кровью, она приговорила к смерти всех жителей Нидерландов как еретиков, а через 10 дней королевская прокламация подтвердила это постановление с указанием не обращать внимания ни на возраст, ни на пол, ни на состояние. Эта мера была достойна Филиппа II, который говорил, что лучше совсем не царствовать, чем царствовать еретиками. Его желание сбылось, хотя против воли и неожиданно: 26 июля 1581 года Нидерланды объявили себя независимыми, исключая валлонских провинций. Политика нетерпимости начинала приносить плоды.

С неменьшей яростью набросился Филипп на протестантов Испании. Из Рима ему помогал папа Павел IV, в Испании – великий инквизитор Фернандо Вальдец. Как только были изданы королевские указы о преследовании еретиков, шпионы инквизиции рассеялись по всей стране. Арестовывать было приказано без пощады, по малейшему подозрению, и в первый же день в одной Севилье арестовали 800 человек. В тюрьмах не оказывалось наконец места для этих узников, в места заключения пришлось обратить монастыри и частные дома. “Инквизиторы, – говорит Прескот, – были в положении рыболова, который, закинув сеть, с трудом может тащить ее, потому что она рвется от тяжести попавшей в нее рыбы”... Суд над узниками воскресил мрачные времена Торквемады и Люцеро со всеми ужасами пристрастного допроса. Через 18 месяцев после первого ареста испанская инквизиция уже отпраздновала первые аутодафе в Вальядолиде, Гренаде, Толедо, Барселоне и Севилье. Самое торжественное происходило, опять в Вальядолиде в присутствии Филиппа II, 8-го октября 1559 года. На площади перед собором св. Франциска была устроена платформа, покрытая коврами и орнаментами, для членов судилища, против нее – королевский балкон, на середине – громадный эшафот. В 6 часов утра со всех церквей раздался благовест, возвещая о начале церемонии. На площадь в традиционном порядке прибыла процессия монахов, инквизиторов, осужденных и стражи. Филипп сидел на своем балконе, около него принцесса Иоанна, инфант Дон-Карлос, племянник короля Александр Фарнезе, иностранные послы, гранды королевства и духовные особы. Речь произносил епископ Куэнский. Когда он кончил, Вальдец громко воскликнул: “Господи, помоги нам!” – и стал приводить короля к присяге. “Ваше величество, – сказал он, – клянетесь ли крестом шпаги, на которую опирается ваша королевская рука, вечно поддерживать святое учреждение инквизиции против еретиков, отступников и покровителей их и доносить о всех действиях и словах их, которые дойдут до вашего высочайшего сведения?” Филипп ответил громко: “Клянусь!..” После чтения приговоров великий инквизитор отпустил грехи примиряемым с церковью, хотя большинство их все-таки было наказано, одни – вечным заключением, другие – продолжительным покаянием и все – конфискацией имущества. Осужденные на сожжение были преданы светской власти. Измученные пытками, они мужественно ожидали смертной казни. Большинство воспользовалось, впрочем, снисхождением, они исповедовались и были удавлены перед сожжением. Только двое оказались упорными до конца. Один из них был Дон-Карлос де-Сасо, флорентийский дворянин, ревностный лютеранин и проповедник лютеранства. Его вина усиливалась сочинением против католической церкви. 15 месяцев сидел он в тюрьме, но до конца оставался верен своим убеждениям. Когда накануне казни ему прочли смертный приговор, он попросил бумагу и написал обличение католицизма и апологию лютеранства. Отправляясь на костер, Дон-Карлос остановился около королевского балкона и грустно воскликнул: “Зачем ты мучишь своих невинных подданных?..” “Если бы мой сын, – ответил ему Филипп, – был еретик, – я сам сложил бы костер, чтобы сжечь его...” Другой упорный еретик был доминиканец Доминго де Рохало, сын маркиза Позы. Когда после чтения приговора с него сняли монашескую рясу и заменили ее санбенито – со времени Хименеса с андреевским крестом – он несмотря на смех невежественной толпы начал громко обличать жестокости и изуверство Рима. Раздраженный Филипп приказал надеть ему gag, кусок расщепленного дерева, которым захватывали губы... Филипп готов был надеть этот gag всем испанцам, потому что усердие его в преследовании ереси не знало предела и все казалось ему недостаточным. В порыве ревности к религии он учредил даже особую инквизицию, галерную и флотскую, как будто боялся, что если не на суше, то на море от него спасется какой-нибудь еретик. Инквизиторы спешили пользоваться изуверством Филиппа и хотели получить от него разрешение образовать особое воинство на защиту религии под названием Ордена Марии белого меча. У них уже была своя стража, которая усвоила себе имя прежней городской милиции, святая Германдала, но учреди король просимый орден, наследники Торквемады могли бы держать в страхе самих королей. На беду святого трибунала кто-то дал понять Филиппу, какую опасность представляла бы короне инквизиционная милиция, и привыкший властвовать король поспешил отказать инквизиторам. Во всем остальном он был рабом трибунала.