Тяжелее всего было отступление русских с участков между станциями Хинган и Фуляэрди. Пост со станции Няньцзышань урядника Золотарева с 12 казаками и 10 служащими около станции Чингиз-хан был встречен китайским огнем и повернул на станцию Фуляэрди. Но узнав, что и та станция уже оставлена, русские двинулись к Хайлару, соединившись с рабочими с лесозаготовок. Казаки спрятали оружие и тоже назвались рабочими, и китайские солдаты пропустили русский отряд, дав им даже провожатых до границы. Посты со станций Ялу, Барим и Халасу несколько раз попадали под обстрел китайских войск, убиты были несколько казаков и десятник, около 50 человек бежали и пропали в горах. На станции Бухэду русские посты были задержаны, от них требовали сдачи оружия, но, получив взятку, китайский полковник пропустил железнодорожников. Главным отрядом, который собирал посты вдоль дороги, был отряд Смолянинова с 60 казаками и обоз со 100 русскими служащими с семьями, выходившими с 5-го участка дороги инженера С. Ц. Оффенберга. Он выступил 28 июня со станции Чжаланьтунь в сопровождении китайских солдат. Пройдя за 10 дней 420 верст, собрав разрозненные посты и встретив в конце пути еще 50 русских рабочих с семьями, 5-й участок 8 июля прибыл в Старо-Цурухайтуй. Этим закончилось отступление русских с железной дороги западнее Цицикара.

Отступление с участков западной линии, расположенных восточнее Цицикара, производилось в Харбин. Утром 28 июня командир 5-й сотни охранной стражи штабс-капитан Ивашкевич приехал в Цицикар, там он узнал, что ночью цзянцзюнь провел торжественное богослужение в кумирне с окроплением кровью пушек и другого оружия. Китайский отряд занял здание Русско-китайского банка и наложил арест на серебро. Там же посыльные передали Ивашкевичу сообщения из Хайлара и Харбина о начале военных действий. В тот же день начальник 6-го участка инженер А. А. Гершов получил приглашение от цзянцзюня на обед, но не поехал. Вечером русские загрузились в поезд и отправились на восток, оставив до утра на мосту 10 казаков дожидаться отставших. Подобрав посты по дороге, поезд 30 июня прибыл к Сунгари, и служащие переправились на пароходе в Харбин.

Отступление с восточной линии складывалось по-другому. Получив 27 июня приказ А. А. Гернгросса, полковник Денисов сосвоей сотней и служащими 11-го участка отступил к 29 июня от Вэйшахэ к Муданьцзяну. Все 450 служащих 11-го участка инженера М. А. Амосова затем выехали в Россию, и там, за исключением 63 человек, сразу уволились. Служащие 12-го и 13-го участков инженера Н. С. Свиянина стали также выезжать на станцию Пограничная. Однако в связи с тем, что русские войска вступили в Маньчжурию и заняли дорогу до реки Муданьцзян, решено было продолжить работы на этих участках. Но 12 июля Н. С. Свиягин телеграфировал С. Ю. Витте: „Ввиду полной невозможности производить работы приказал 12 участку привести в порядок имущество дороги, поставить при нем караулы охранной стражи под прикрытием войск и выехать со станции Муданьцзянь в Мо-до-ши. Штат участка сохраняется“. Для усиления охраны оставляемого имущества в этот район была направлена 17-я сотня охранной стражи полковника Фон-Виннинга. Китайцы пытались остановить ее движение, 27 июня около Мурени в лесу произошел бой. Казаки, потеряв в бою троих убитыми, разбили китайцев и заставили их отступить. Участок Муданьцзян—Пограничная остался под контролем России.

Отступление с трех западных участков восточной линии производилось в Харбин. 28 июня на двух поездах выехали служащие инженера Тихомирова со станции Имяньпо. Вечером этого же дня они забрали со станции Маоэршань участок инженера Варгасова. Паническое отступление сопровождалось пьянством, но благодаря решительным действиям штабс-капитана Скарятина все спиртное в вагонах было уничтожено и порядок восстановлен. Вечером 30 июня поезда забрали служащих со станции Сяолин с С. Н. Хилковым во главе. При отступлении все имущество сразу же растаскивалось китайцами, которые заранее занимали места у дверей и окон русских домов. Ключи от некоторых складов сдавали китайским властям. Собрав по дороге посты, благополучно миновав Ашихэ, уже оставленный охраной, поезда прибыли в Харбин.

1 июля А. И. Югович приказал восстановить линию Харбин — Эрценцзянцзы, старшим назначался С. Н. Хилков. Переговоры с властями Ашихэ 10 июля оказались бесполезными, и поздно вечером от станции Ашихэ начала отступление охранная стража штабс-капитана Баркана. Поскольку дорога уже была разрушена и около Харбина стояли китайские войска, охранники бросили поезда и пробивались в обход. Вся дорога восточнее Харбина была оставлена и разрушена.

Кроме собственно дороги, много русских работало на лесозаготовках в верховьях Сунгари. Администрация лесозаготовок находилась в Гирине, расположенном в 120 верстах от КВЖД и в 250–350 верстах от лесных участков. Русский поселок находился в 2 верстах от города, начальником совета колонии был Е.В. Даннель. Охрану осуществляла 2-я сотня штабс-капитана В. М. Савицкого и 50 солдат 1-й роты поручика Едренова. В начале июня В. М. Савицкий снял все отдаленные посты, а в середине месяца все семьи выехали в Харбин. 28 июня был доставлен приказ А. А. Гернгросса не оставлять Гирина, а обороняться и ждать подкреплений. В этот же день серебро Русско-китайского банка было сдано на хранение цзюнцзюню, а контора КВЖД с документами и частью служащих под охраной 18 стражников выехала в Харбин, остальные служащие уехали на следующий день. В. М. Савицкий с 56 казаками имел охранную грамоту цзюнцзюня и, забрав пост охраны унтер-офицера Гарбышева с 12 стрелками, он решил дожидаться подкреплений. Но в одном из постоялых дворов китайские солдаты в упор расстреляли русский отряд. За несколько минут погибли 12 человек, 5 были ранены и 6 пропали без вести, остальные вырвались из окружения, потеряв всех лошадей. Отряд, имея на руках 4 тяжелораненых и потеряв часть своего состава по дороге, добрался до Харбина лишь 8 июля. В эти дни два отряда, посланные им на помощь, не смогли пробиться к Гирину, встреченные китайским огнем в 60 верстах от города.

Несколько десятков русских обслуживали и охраняли склады и пристань КВЖД напротив города Саньсина. Руководство этой колонией взял на себя полковник в отставке Винников. На переговорах с фудутуном он выяснил, что Цзилинь не воюет с русскими, но на левом берегу реки — войска провинции Хэйлунцзян и от них фудутун защитить русскую колонию не может. Русский отряд в 49 человек загрузился на баржу и встал на якоре у правого берега, подбирая отдельных русских, спасавшихся от китайцев. Китайские войска с левого берега атаковали баржу. Проходивший мимо пароход „Воевода Толбузин“ русским не помог, и Винников попытался самостоятельно спуститься вниз по реке. Напротив крепости Баятунь баржа села на мель и попала под огонь крепостных орудий, Винников и еще один человек погибли. Благодаря прибывшей воде баржа пошла дальше и 10 июля встретила русские войска, вскоре пароход „Молли“ доставил ее в Хабаровск».[46]

Несколько слов надо сказать и о положении Квантунской области (района Порт-Артура). К началу июня 1900 года в области находилось 23 тысячи русских сухопутных войск. 3 июня Е.И. Алексеев объявил китайскому населению: «…я строго приказываю чинам подведомственной мне администрации преследовать и немилосердно карать тех, кто сделает малейшую попытку произвести беспорядки».[47]

7 июня Квантунская область была переведена на военное положение. По высочайшему повелению Алексееву было разрешено призвать на службу чинов запаса, проживающих в области. 17 июня всем жителям Квантуна, кроме европейцев, под угрозой военного суда было приказано сдать оружие. С 15 июня начались работы по укреплению Цзиньчжоуской позиции, защищавшей Квантун со стороны суши. За месяц был проделан большой объем работ, на позициях установили 51 орудие, 8 пулеметов, 3 ракетные батареи. В конце августа, когда угроза миновала, эти батареи были разоружены.