14 июня по приказу Алексеева русские войска без боя заняли находившийся по соседству с Квантунской областью город Цзиньедоу. Китайский губернатор с чиновниками были захвачены в качестве военнопленных.

К середине июля войска Квантунской области вели упорные бои с регулярной китайской армией. К концу июля русские разгромили китайские части между Порт-Артуром и Инкоу и восстановили движение на этом участке КВЖД.

Параллельно русские войска начали наступление на восток, чтобы выбить китайские войска с побережья до границы с Кореей. 2 июля из поселка Бицзыво (в 60 верстах от Порт-Артура) выступила конная сотня Читинского казачьего полка. Казаки должны были занять города Дагушань и Сюянь, но в 40 верстах от Сюяня сотня попала в окружение, из которого вырвалась, потеряв в бою сотника Петропавловского и 8 казаков убитыми и 10человек были ранены. Так до середины августа 1900 г. русские войска и не продвинулись вдоль побережья далее Бицзыво.

С началом боксерского восстания острая ситуация сложилась в портовом городе Инкоу. Там, рядом с китайским городом, строились русский поселок, станция КВЖД и русский порт. В Инкоу располагалась администрация южной линии КВЖД во главе с инженером Ф.О. Гиршманом.

27 июня к Инкоу подошел большой отряд китайской кавалерии. Даотай (мэр города) уведомил русских, что кавалерия пройдет через их поселок. Русский консул А.Н. Тимченко-Островерхов заявил, что в случае прихода китайских войск в поселок охрана КВЖД откроет огонь. К этому времени в Инкоу прибыл отряд П.И. Мищенко, и численность стражников КВЖД составила около 500 человек. Весомым аргументом русского консула были и пушки канонерской лодки «Отважный». 3 июня с «Отважного» был высажен десант в составе 26 матросов и одного офицера с 2,5-дюймовой пушкой Барановского. 30 июня в Инкоу прибыла еще и канлодка «Гремящий», которая высадила небольшой десантный отряд с пушкой. В итоге в Инкоу оказалось до 800 русских матросов и стражников КВЖД при двух пушках Барановского.

22 июля ихэтуани и части китайских регулярных войск атаковали русский поселок. Русские отразили атаку дружным ружейным огнем. Канлодка «Отважный» открыла огонь по городу, а «Гремящий» — по глинобитному форту в устье реки Ляохэ. В тот же день из Порт-Артура подошло подкрепление.

Бомбардировка 9-дюймовыми снарядами вызвала в Инкоу панику. Полторы тысячи солдат регулярных войск бросились бежать. К вечеру того же дня, 22 июля, город был взят и над ним поднят Андреевский флаг. В ходе боев у русских были ранены 4 человека, а убитых не было вовсе.

23 июля в Инкоу на крейсере «Забияка» прибыл адмирал Е.И. Алексеев. 27 июля он подписал «Положение о временном Императорском Российском управлении портом Нючжуана». По этому положению гражданская власть отделялась от военной, комендантом назначался К.К. Клапье де Колонг, градоначальником — А.Н. Тимченко-Островерхов. Положение состояло из 12 пунктов, согласно ему градоначальник Инкоу назначался главным начальником Квантунской области и утверждался высочайшей властью. При градоначальнике утверждался совещательный орган — совет, в который входили коменданты, консулы, по представителю от иностранных торговых фирм и китайских торговых палат, таможенный комиссар и заведующий санитарной частью. При градоначальнике также образовывалась Дума из местного купечества «для выяснения нужд городского и торгового населения». В положении говорилось, что суд в городе должен руководствоваться кодексом смешанных судов в Китае, консульская юрисдикция сохранялась. Дела китайцев, обвиняемых в тяжких преступлениях, велись в русском военном суде. Для организации городского управления российское правительство выдавало аванс, который должен был погашаться за счет местных налогов. Инкоу стал крупной базой русских войск, по крайней мере, до марта 1902 г.

Наиболее важным событием в войне в Маньчжурии стала оборона Харбина. Недалеко от Харбина находились два китайских города. Хулачен был расположен за рекой Сунгари в 17 верстах к северу от Харбина, а город Ашихэ (Аже-хе) — в 20 верстах юго-восточнее Харбина.

Местные военачальники были особенно агрессивно настроены по отношению к русским. По инициативе маньчжурского полковника, командовавшего войсками в Хулачене, там было сформировано ополчение из ихэтуаней. С 26 июля «боксеры» регулярно маршировали по улицам города, выполняли групповые занятия гимнастикой и фехтованием. Русских в Хулачене не было. Зато в противовес русским там обосновалось несколько католических миссий. На них-то и обрушился гнев «боксеров». Католические храмы были сожжены, несколько западноевропейских миссионеров и китайских католиков убито, а два миссионера — Монье и Рубэн — бежали в Харбин, а оттуда перебрались в Россию.

Служащие КВЖД и русское население покинули полосу отчуждения железной дороги и сосредоточились в Харбине. Из Харбина население стало эвакуироваться на пароходах. По пути китайцы обстреливали русские пароходы. На пароходе «Одесса» при обстреле 5 июля был убит инженер-путеец, ранены три женщины и маленькая девочка. На пароходе «Воевода Толбузин» ранены матрос и женщина-пассажирка.

До начала боевых действий все, кто хотел уехать из Харбина, были эвакуированы. К этому времени закончилось отступление с железной дороги. В Харбине оставались около двух тысяч человек Охранной стражи, около тысячи запасных нижних чинов с КВЖД (из них создали 4 роты, вооруженные берданками, — полицейская, пожарная, музыкальная и «вольная Осетинская дружина», состоявшая в основном из кавказских мусульман) и около тысячи безоружных мужчин, женщин и детей. Командовал Харбинским отрядом А.А. Гернгросс.

9 июля цицикарский губернатор Шоу Шань отправил телеграмму А.И. Юговичу, которая означала объявление войны. Замечу, что Шоу Шань сделал это в инициативном порядке. Императрица Цыси, наоборот, призывала власти в Маньчжурии к осторожности в отношениях с русскими. 9 июля маньчжурские власти получили из Пекина депешу, где говорилось: «Когда в означенной провинции дойдет дело до открытого столкновения, то надлежит вперед выставить Большой кулак {ихэтуаней}, нам же нет надобности явственно развертывать своих знамен и значков. Тогда только в будущем, когда обстоятельства потребуют к обсуждению, мы с этой стороны не натолкнемся на затруднения».

9 июля Шоу Шань отдал приказ о наступлении на русских. 12 июля китайские войска выступили из Хулачена. 13 июля в 4 часа утра китайские войска численностью более двух тысяч человек при двадцати пушках двинулись на штурм Харбина. К 10 часам утра китайцы выбили русских из Затона на другую сторону Сунгари.

Другой китайский отряд численностью до двух тысяч человек в ночь на 13 июля переправился через Сунгари выше Харбина и повел наступление на кирпичный завод, на станцию, на Новый город и на Пристань. Гернгросс решил основные силы защитников Харбина сосредоточить на Пристани. В 8 часов утра 13 июля китайцы заняли кирпичный завод, находившийся в двух верстах западнее Нового города. Здесь они установили четырехорудийную батарею и начали обстрел Пристани и Нового города. Китайская пехота пошла в атаку на эти районы и на железнодорожную станцию. От Пристани китайцы отступили, а около Нового города, куда Гернгросс послал подкрепление, завязались бои. Китайцы заняли железнодорожный мост, депо, дровяные склады. В это время, после 11 часов, две сотни охранной стражи из Старого города неожиданно зашли с фланга к китайцам, и те начали отступление. Китайские войска отошли к винокуренному заводу южнее города. Русские штурмом овладели винокуренным заводом, около четырехсот китайцев были убиты. Судя по всему, большинство китайцев были безоружными ихэтуанями.

К трем часам дня 13 июля битва за Харбин закончилась. По русским данным китайцы потеряли до 800 человек убитыми. Русским удалось захватить три китайские пушки, до этого в Харбине артиллерии не было. В 16 часов отбитые орудия при общем ликовании перевели на Пристань, и в тот же вечер из них выпустили несколько гранат по китайским войскам, занимавшим Затон.