Но был и третий сюжетный слой росписи, возможно рассчитанный не столько на широкую аудиторию, сколько на более узкий круг людей, соотнесенных с богословскими спорами, волновавшими в те годы русскую церковь. Эта вторая тема - рассуждения о вере, об учении церкви, утверждение и доказательство церковных догм. Споры о вере представлены в семи композициях, на тему семи Вселенских соборов. Та же тема трактуется и в "Видении Петра Александрийского", которому явился Христос в ризах, разорванных еретиком Арием. На северной стене, в нижнем ряду, у самого жертвенника помещена сцена, изображающая "Видение Евлогия"*. Представлено богослужение, во время которого за спиной у каждого монаха незримо присутствует ангел, помогающий при совершении обряда. Этот сюжет также заключал в себе скрытую полемику с еретиками, выступавшими против церковной обрядности. Наконец, в трех люнетах над южной, западной и северной арками, поддерживающими барабан, изображено "Учение трех отцов церкви" - мотив редкий в древнерусском искусстве. Фигуры Григория Назианзина, Иоанна Златоуста и Василия Великого окружены принимающими учение (в образе людей, пьющих из кубков) и еретиками, со свитками в руках, вступающими с ними в полемику.
Неизвестно, кто составлял программу росписи Рождественской церкви Ферапонтова монастыря и в какой мере Дионисий был свободен в выборе сюжетов и распределении их в интерьере храма. Возможно, инициатива включения богословского цикла исходила не от него. Слишком очевидна полемическая, антиеретическая направленность этих фресок. Аналогичных по сюжету росписей в московских храмах конца XV века не сохранилось. Может быть, появление их в церкви Ферапонтова монастыря вызывалось необходимостью утвердить в этом далеком от столицы краю, зараженном религиозным свободомыслием, непререкаемость церковной догматики. Не сохранилось никаких документальных свидетельств, позволяющих судить о взглядах самого Дионисия, о его политической и религиозной ориентации, но некоторые косвенные данные дают основания для догадок. Известно, что с конца 1460 по 1480 год художник много работает в Москве и Подмосковье, о нем говорят и пишут, его имя попадает в монастырские хроники и столичные летописи. Он выполняет заказы Пафнутия, настоятеля Боровского монастыря, и его ученика и последователя знаменитого Иосифа Волоцкого, игумена Волоколамского монастыря; он украшает живописью новый, только что выстроенный Успенский собор в Московском Кремле. Правда, из всего множества произведений этих лет удалось пока обнаружить немногое: икону Одигитрии из московского Вознесенского монастыря, житийные иконы митрополитов Петра и Алексия и некоторые фрагменты росписей в алтарной части Успенского собора, выполненные если не самим Дионисием, то, во всяком случае, его живописной бригадой. Что делал Дионисий в конце 80-х и в 90-е годы XV века, неизвестно, никаких упоминаний о нем не сохранилось. Простая ли это случайность, или молчание источников таит в себе определенный смысл - пока сказать трудно. Во всяком случае, в конце своего творческого пути Дионисий, добровольно или вынужденно, оказался вдали от московского двора, на севере. Он пишет иконостас для Спасо-Обнорского монастыря под Вологдой - две иконы его удалось обнаружить; работает в Заозерье, в далеком Ферапонтовом монастыре.
На севере Дионисий оказался именно в те годы, когда в Москве было покончено с религиозной терпимостью и начались казни "еретиков". Кириллов и Ферапонтов монастыри считались вполне благонадежными, и все же атмосфера в них была иной, чем в Москве. Здесь было много сторонников Нила Сорского духовного главы нестяжателей, боровшихся за духовную независимость церкви, сюда уходили из Москвы недовольные, сюда ссылали неугодных царю и церкви; силою обстоятельств эти места оказались центром политической и духовной эмиграции. И здесь Дионисий за три лета, с 1500 по 1502 год, написал в Ферапонтовом монастыре свои фрески. Для нас это его последняя работа. Нет никаких оснований предполагать, что Дионисий сочувствовал ереси, однако вряд ли он был сторонником религиозной нетерпимости. Сомнения, осознанные или неосознанные, должно быть, возникали у него самого. Это проскальзывает не столько в выборе сюжетов, где он был связан и традицией и условиями заказа, сколько в художественном воплощении их, которое, даже независимо от желания автора, а может быть, вопреки ему, обнаруживает едва заметную трещину в религиозном сознании.
Яснее всего выступает это в приемах композиционного построения фресок, и в первую очередь портальной. Функциональное назначение портала, обрамляющего главный вход и находящегося на одной оси с царскими вратами иконостаса и алтарем, предполагает центрическое решение всего архитектурно-живописного ансамбля. Действительно, средняя ось его сильно акцентирована - и верхним медальоном с фигурой Христа в деисусе, и заключенным в круг изображением богоматери Знамение в люнете над самой дверью, и даже килевидной формой обрамления, которое своим острием как бы указывает на композиционный центр во фреске "Рождество богородицы". Тем острее воспринимается характерный для Дионисия прием "пустого центра". Роспись делится на две части, и линия раздела проходит как раз по средней оси, где образуется нейтральная, композиционно инертная зона. Обе части, в свою очередь, также делятся на две группы, так что в центре снова проходит невидимая линия раздела. Наконец, внутри каждой из этих четырех первичных композиционных ячеек снова образуется композиционная пауза, где помещены второстепенные, поясняющие элементы изображения: в левой части - купель и чаша, которую женщина подносит Анне, в правой - рука женщины, сидящей у колыбели, рука Иоакима, тянущегося к ручке младенца Марии.
Тот же композиционный принцип последовательно проводится и в цикле притч и чудес Христа, расположенных на сводах южной, западной и северной арок внутри храма. Ни в одной из сцен фигура Христа не помещена в центре, в том месте, которое по традиции отводилось главному герою. Даже в таких изображениях, как "Брак в Кане" или "Пир у Симона", где, казалось бы, сама ситуация предполагает центрическое решение, Христос оказывается сдвинутым в сторону. Композиционно он занимает место, которое в иконографической схеме иконы принадлежит свидетелям, предстоящим. Часто вводится композиционная форма диалога: двухчастное построение, где Христос занимает место одного из собеседников. В сущности, в этих изображениях притч и чудес повторяются композиционные ситуации более ранних житийных икон Дионисия с их отчетливо выраженной формой диалога, с подчеркнутой паузой в середине. Иногда этот принцип пустого центра доведен в Ферапонтовских фресках до степени почти обнаженного художественного приема: на средней оси фрески сталкиваются спины двух отвернувшихся друг от друга фигур - действующих лиц двух разных сцен. Не разделенные обрамлением, зрительно обе эти сцены воспринимаются как единая композиция, в центре которой, в месте, предназначенном для Христа, изображение его отсутствует.