В 1220—56 И. был завоёван монголами. Монгольское завоевание сопровождалось уничтожением многих городов, опустошением целых районов, гибелью массы людей. Была введена хищническая система налогов и повинностей, а крестьяне прикреплены к земле. Всё это привело к упадку производительных сил страны, массовому бегству крестьян в горы и леса, к созданию крестьянских повстанческих отрядов.
В середине 13 — 14 вв. И. входил в состав монгольского улуса ильханов Хулагуидов. Ильхан Газан-хан (правил в 1295—1304) принял ислам, сблизился с Иранской чиновной знатью, при помощи своего везира Рашид-аддина провёл ряд реформ, способствовавших некоторому хозяйственному подъёму, но экономика И. далеко не достигла уровня начала 13 в. Широкое распространение земельного условного пожалования (см. Икта), превратившегося в наследственное владение, упадок городов и товарного производства, ослабление экономических связей между областями приводили к росту феодальной раздробленности. В 30-х гг. 14 в. государство Хулагуидов распалось и на его территории образовалось несколько феодальных государств, крупнейшими из которых были государства Джелаиридов (1336—1411) и Мозафферидов (40—50-е гг. 14 в. — 1393).
В 14 в. в И. получил широкое распространение вид феода — союргаль, а также институт тарханов — феодалов, пользовавшихся, помимо иммунитета, личными привилегиями. Господство монгольских завоевателей вызывало многочисленные восстания, проходившие под идеологической оболочкой мусульманского сектантства. Наиболее значительные антифеодальные и антимонгольские восстания — Сербедаров восстание в Хорасане в 30—80-е гг. 14 в. и Сеидов движение в Мазендеране и Гиляне в 1350, в ходе которых были созданы государства сербедаров и сеидов. Между 1380—93 И. был завоёван войсками Тимура. Государство сербедаров было ликвидировано, народные движения в Мазендеране и Гиляне подавлены. После смерти Тимура восточный И. входил в состав владений Тимуридов; в западном И. сложилось государство Кара-Коюнлу.
В 1-й половине 15 в. по И. прокатилась волна народных восстаний, возглавлявшихся «крайними» шиитскими сектами: восстания в Себзеваре 1405, Мазендеране 1406 и др. Между 1453—57 весь западный И. (до пустыни Деште-Кевир) был завоёван государством Кара-Коюнлу, а затем, в 1468, — войсками Узун-Хасана Ак-Коюнлу. Восточный И. остался под властью Тимуридов. В 15 в. в И. наблюдался рост крупного землевладения и феодальной раздробленности. Усилилось влияние духовных феодалов Сефевидов (в Ардебиле); главной их опорой стали тюркские кочевые племена, преимущественно из Малой Азии(кызылбаши). Воспользовавшись общим недовольством народных масс и междоусобицами в государстве Ак-Коюнлу, кызылбаши во главе с Исмаилом Сефевидом восстали (1499) и, разгромив государство Ак-Коюнлу, завладели всем И. (между 1501 и 1510), положив, таким образом, основание Сефевидскому государству. В 1502 государственной религией был объявлен шиизм. С 1514 Сефевиды вели длительные войны с Османской Турцией за обладание Месопотамией, Курдистаном, Закавказьем.
После подавления народных восстаний 1570—71, 1592 в Гиляне, 1571—73 в Тебризе и других народных выступлений, а также внутренних смут и междоусобиц шаху Аббасу I (правил в 1587—1629) при помощи административной и др. реформ удалось укрепить центральную власть Сефевидов и подчинить значительную часть Закавказья и др. сопредельные И. территории. Отмечался рост государственных земель (дивани), а также шахских земель (хассе). Сефевиды раздавали знати и служилым людям земли не в виде союргаля, а главным образом в виде тиуля (тийуля) — персонального, пожизненного пожалования без права административного иммунитета. На протяжении почти всего 17 в. в стране наблюдался относительный экономический подъём: подъём сельского хозяйства, строительство оросительных сооружений, рост товарного производства, развитие торговли (особенно внешней) и ремесла.
Упадок феодального общества (конец 17—18 вв.). С конца 17 в. И. вступил в период экономического и политического упадка. Рост феодальной ренты, повинностей и налогов приводил к разорению Иранской деревни, сокращению товарного производства и торговли, упадку ремесла, обострению классовых противоречий. В конце 17 — начале 18 вв. в различных областях страны происходили антифеодальные восстания, развернулось также освободительное движение порабощенных народов — афганцев, туркмен, курдов, армян, грузин, азербайджанцев. Восстания афганских племён в 1709—22 привели к взятию ими в 1722 столицы Сефевидов г. Исфахана. Кратковременное господство афганских ханов вызвало народное антиафганское движение. Антиафганскую борьбу (1726—30) и изгнание турок (вторгшихся в 1723 в северо-западную и центральную области И.) возглавил Надир-хан Афшар (см. Надир-шах). Образованная в результате походов и войн Надир-шаха огромная феодальная империя распалась сразу же после его убийства в 1747 заговорщиками-ханами. Вслед за этим до конца 18 в. происходили феодальные усобицы. Исключение представлял период правления Керим-хана Зенда (правил в 1760—79), когда в И. прекратились беспрерывные разорительные феодальные распри. В конце 18 в. после длительной борьбы между зендскими (см. Зенды) и каджарскими ханами в И. утвердилась Каджарская династия (см. Каджары).
Проникновение иностранного капитала в И. и превращение его в полуколонию. Зарождение буржуазных отношений (и. в 19 в. — 1917). С конца 18 в. ослабленный феодальный И. стал объектом колониальной экспансии европейских капиталистических держав. Стремление Великобритании и Франции закабалить И. привело к установлению в И. режима капитуляций и к подписанию им неравноправных договоров с Великобританией, Францией, Россией и другими европейскими державами, а также с США. В результате русско-иранских войн 19 в. ранее захваченные И. обширные области Закавказья отошли к Российской империи (см. Гюлистанский мирный договор 1813, Туркманчайский договор 1828).
Проникновение иностранного капитала и превращение И. в рынок сбыта европейских промышленных товаров привели к углублению кризиса феодального строя и обострению социальных противоречий. Рост народного недовольства проявился в антифеодальных Бабидских восстаниях 1848—52.
Часть господствующего класса — мулькадары (помещики, владевшие землёй на основе частной собственности и связанные с рынком) — искала выход из кризиса путём ограничения влияния иностранных держав, укрепления центральной власти и национальной независимости. Эти цели преследовали реформы Мирзы Таги-хана Эмир Незама, осуществление которых, однако, было затруднено в результате противодействия иранской реакции, иностранных держав, главным образом Великобритании, а также слабости внутренних сил, заинтересованных в проведении этих реформ. Тем не менее в середине 19 в. в связи с реформами Эмир Незама наметились некоторые сдвиги в экономике и культуре И.
В последней трети 19 — начале 20 вв. И. превратился в полуколонию империалистических держав. Великобритания и царская Россия получили ряд телеграфных, дорожных и других концессий. В И. были основаны английский Шахиншахский (1889) и русский Учётно-ссудный (1890) банки. В 1901 англичане получили концессию на эксплуатацию Иранской нефти; в 1909 была основана Англо-персидская нефтяная компания (АПНК). На кабальных условиях были получены английский (1892) и русский (1900 и 1902) займы. В несколько раз возрос ввоз иностранных товаров. Над таможнями и финансами И. был установлен контроль иностранных советников. В конце 19 в. под командованием царских офицеров была создана воинская часть персидских казаков. На севере И. хозяйничали представители царской России, на юге — Великобритании. Конкуренция иностранных товаров душила зачатки национальной промышленности, подрывала ремесло и разоряла купечество. Сельское хозяйство И. вынуждено было приспосабливаться к потребностям внешнего рынка. Хотя в стране и создавались различные торговые, дорожные, промышленные иранские компании и предприятия, однако складывание буржуазных отношений осложнялось условиями полуколониального режима.