И так сей народ легкомысленный еще желал мира с Москвою, думая, что Иоанн устрашится Литвы, не захочет кровопролития и малодушно отступится от древнейшего Княжества Российского. Хотя Наместники Московские, быв свидетелями торжества Марфиных поборников, уже не имели никакого участия в тамошнем правлении, однако ж спокойно жили на городище, уведомляя Великого Князя о всех происшествиях. Несмотря на свое явное отступление от России, Новогородцы хотели казаться умеренными и справедливыми; твердили, что от Иоанна зависит остаться другом Святой Софии; изъявляли учтивость его Боярам, но послали Суздальского Князя, Василья Шуйского-Гребенку, начальствовать в Двинской земле, опасаясь, чтобы рать Московская не овладела сею важною для них страною.

Еще желая употребить последнее миролюбивое средство, Великий Князь отправил в Новгород благоразумного чиновника, Ивана Федоровича Товаркова, с таким увещанием: «Люди Новогородские! Рюрик, Св. Владимир и великий Всеволод Юрьевич, мои предки, повелевали вами; я наследовал сие право: жалую вас, храню, но могу и казнить за дерзкое ослушание. Когда вы бывали подданными Литвы? Ныне же раболепствуете иноверным, преступая священные обеты. Я ничем не отяготил вас и требовал единственно древней законной дани. Вы изменили мне: казнь Божия над вами! Но еще медлю, не любя кровопролития, и готов миловать, если с раскаянием возвратитесь под сень отечества». В то же время Митрополит Филипп писал к ним: «Слышу о мятеже и расколе вашем. Бедственно и единому человеку уклониться от пути правого: еще ужаснее целому народу. Трепещите, да страшный серп Божий, виденный пророком Захариею не снидет на главу сынов ослушных. Вспомните реченное в Писании: беги греха яко ратника; беги от прелести, яко от лица змиина. Сия прелесть есть Латинская: она уловляет вас. Разве пример Константинополя не доказал ее гибельного действия? Греки царствовали, Греки славились во благочестии: соединились с Римом и служат ныне Туркам. Доселе вы были целы под крепкою рукою Иоанна: не уклоняйтеся от Святой великой старины и не забывайте слов апостола: Бога бойтеся, а Князя чтите. — Смиритеся, и Бог мира да будет с вами!» — Сии увещания остались бесполезны: Марфа с друзьями своими делала что хотела в Новегороде. Устрашаемые их дерзостию, люди благоразумные тужили в домах и безмолвствовали на Вече, где клевреты или наемники Борецких вопили: «Новгород Государь нам, а Король покровитель!» Одним словом, Летописцы сравнивают тогдашнее состояние сей народной державы с древним Иерусалимом, когда Бог готовится предать его в руки Титовы. Страсти господствовали над умом, и Совет Правителей казался сонмом заговорщиков.

Посол Московский возвратился к Государю с уверением, что не слова и не письма, но один меч может смирить Новогородцев. Великий Князь изъявил горесть: еще размышлял, советовался с матерью, с Митрополитом и призвал в столицу братьев, всех Епископов, Князей, Бояр и Воевод. В назначенный день и час они собралися во дворце. Иоанн вышел к ним с лицом печальным: открыл Государственную Думу и предложил ей на суд измену Новогородцев. Не только Бояре и Воеводы, но и святители ответствовали единогласно: «Государь! возьми оружие в руки!» Тогда Иоанн произнес решительное слово: «Да будет война!» — и еще хотел слышать мнение Совета о времени, благоприятнейшем для ее начала, сказав: «Весна уже наступила: Новгород окружен водою, реками, озерами и болотами непроходимыми. Великие Кязья, мои предки, страшились ходить туда с войском в летнее время, и когда ходили, то теряли множество людей». С другой стороны поспешность обещала выгоды: Новогородцы не изготовились к войне, и Казимир не мог скоро дать им помощи. Решились не медлить, в надежде на милость Божию, на счастие и мудрость Иоаннову. Уже сей Государь пользовался общею доверенностию: Москвитяне гордились им, хвалили его правосудие, твердость, прозорливость; называли любимцем Неба, Властителем Богоизбранным; и какое-то новое чувство государственного величия вселилось в их душу.

Иоанн послал складную грамоту к Новогородцам, объявляя им войну [23 мая 1471 г.] с исчислением всех их дерзостей, и в несколько дней устроил ополчение: убедил Михаила Тверского действовать с ним заодно и велел Псковитянам идти к Новугороду с Московским Воеводою, Князем Феодором Юрьевичем Шуйским; Устюжанам и Вятчанам в Двинскую землю под начальством двух Воевод, Василья Федоровича Образца и Бориса Слепого-Тютчева; Князю Даниилу Холмскому с детьми Боярскими из Москвы к Русе, а Князю Василыо Ивановичу Оболенскому-Стриге с Татарскою конницею к берегам Мсты.

Сии отряды были только передовыми. Иоанн, следуя обыкновению, раздавал милостыню и молился над гробами Святых Угодников и предков своих; наконец, приняв благословение от Митрополита и Епископов, сел на коня и повел главное войско из столицы. С ним находились все Князья, Бояре, дворяне Московские и Татарский Царевич Данияр, сын Касимов. Сын и брат Великого Князя, Андрей Меньший, остались в Москве: другие братья, Князья Юрий, Андрей, Борис Васильевичи и Михаил Верейский, предводительствуя своими дружинами, шли разными путями к Новогородским границам; а Воеводы Тверские, Князь Юрий Андреевич Дорогобужский и Иван Жито, соединились с Иоанном в Торжке. Началося страшное опустошение. С одной стороны Воевода Холмский и рать Великокняжеская, с другой Псковитяне, вступив в землю Новогородскую, истребляли все огнем и мечем. Дым, пламя, кровавые реки, стон и вопль от востока и запада неслися к берегам Ильменя. Москвитяне изъявляли остервенение неописанное: Новогородцы-изменники казались им хуже Татар. Не было пощады ни бедным земледельцам, ни женщинам. Летописцы замечают, что Небо, благоприятствуя Иоанну, иссушило тогда все болота; что от Маия до Сентября месяца ни одной капли дождя не упало на землю: зыби отвердели; войско с обозами везде имело путь свободный и гнало скот по лесам, дотоле непроходимым.

Псковитяне взяли Вышегород. Холмский обратил в пепел Русу. Не ожидав войны летом и нападения столь дружного, сильного, Новогородцы послали сказать Великому Князю, что они желают вступить с ним в переговоры и требуют от него опасной грамоты для своих чиновников, которые готовы ехать к нему в стан. Но в то же время Марфа и единомышленники ее старались уверить сограждан, что одна счастливая битва может спасти их свободу. Спешили вооружить всех людей, волею и неволею; ремесленников, гончаров, плотников одели в доспехи и посадили на коней: других на суда. Пехоте велели плыть озером Ильменем к Русе, а коннице, гораздо многочисленнейшей, идти туда берегом. Холмский стоял между Ильменем и Русою, на Коростыне: пехота Новогородская приближилась тайно к его стану, вышла из судов и, не дожидаясь конного войска, стремительно ударила на ополошных Москвитян. Но Холмский и товарищ его, Боярин Феодор Давидович, храбростию загладили свою неосторожность: положили на месте 500 неприятелей, рассеяли остальных и с жестокосердием, свойственным тогдашнему веку, приказав отрезать пленникам носы, губы, послали их искаженных в Новгород. Москвитяне бросили в воду все латы, шлемы, щиты неприятельские, взятые в добычу ими, говоря, что войско Великого Князя богато собственными доспехами и не имеет нужды в изменнических.

Новогородцы приписали сие несчастие тому, что конное их войско не соединилось с пехотным и что особенный полк Архиепископский отрекся от битвы, сказав: «Владыка Феофил запретил нам поднимать руку на Великого Князя, а велел сражаться только с неверными Псковитянами». Желая обмануть Иоанна, Новогородские чиновники отправили к нему второго Посла, с уверением, что они готовы на мир и что войско их еще не действовало против Московского. Но Великий Князь уже имел известие о победе Холмского и, став на берегу озера Коломны, приказал сему Воеводе идти за Шелонь навстречу к Псковитянам и вместе с ними к Новугороду: Михаилу же Верейскому осадить городок Демон. В самое то время, когда Холмский думал переправляться на другую сторону реки, он увидел неприятеля столь многочисленного, что Москвитяне изумились. Их было 5000, а Новогородцев от 30000 до 40000: ибо друзья Борецких еще успели набрать и выслать несколько Полков, чтобы усилить свою конную рать. Но Воеводы Иоанновы, сказав дружине: «Настало время послужить Государю; не убоимся-ни трехсот тысяч мятежников; за нас правда и Господь Вседержитель», бросились на конях в Шелонь, с крутого берега и в глубоком месте; однако ж никто из Москвитян не усомнился следовать их примеру; никто не утонул; и все, благополучно переехав на другую сторону, устремились [14 июля] в бой с восклицанием: Москва! Новогородский Летописец говорит, что соотечественники его бились мужественно и принудили Москвитян отступить, но что конница Татарская, быв в засаде, нечаянным нападением расстроила первых и решила дело. Но по другим известиям Новогородцы не стояли ни часу: лошади их, язвимые стрелами, начали сбивать с себя всадников; ужас объял Воевод малодушных и войско неопытное; обратили тыл; скакали без памяти и топтали друг друга, гонимые, истребляемые победителем; утомив коней, бросались в воду, в тину болотную; не находили пути в лесах своих, тонули или умирали от ран; иные же проскакали мимо Новагорода, думая, что он уже взят Иоанном. В безумии страха им везде казался неприятель, везде слышался крик: Москва! Москва! На пространстве двенадцати верст полки Великокняжеские гнали их, убили 12000 человек, взяли 1700 пленников, и в том числе двух знатнейших Посадников, Василия-Казимира с Димитрием Исаковым Борецким; наконец, утомленные, возвратились на место битвы. Холмский и Боярин Феодор Давидович, трубным звуком возвестив победу, сошли с коней, приложились к образам под знаменами и прославили милость Неба. Боярский сын, Иван Замятня, спешил известить Государя, бывшего тогда в Яжелбицах, что один передовой отряд его войска решил судьбу Новагорода; что неприятель истреблен, а рать Московская цела. Сей вестник вручил Иоанну договорную грамоту Новогородцев с Казимиром, найденную в их обозе между другими бумагами, и даже представил ему человека, который писал оную. С какой радостию Великий Князь слушал весть о победе, с таким негодованием читал сию законопреступную хартию, памятник Новогородской измены.