Холмский уже нигде не видал неприятельской рати и мог свободно опустошать села до самой Наровы или Немецких пределов. Городок Демон сдался Михаилу Верейскому. Тогда Великий Князь послал опасную грамоту к Новогородцам с Боярином их, Лукою, соглашаясь вступить с ними в договоры; прибыл в Русу и явил пример строгости: велел отрубить головы знатнейшим пленникам, Боярам Дмитрию Исакову, Марфину сыну, Василью Селезеневу-Губе, Киприяну Арбузееву и Иеремию Сухощоку, Архиепископскому Чашнику, ревностным благоприятелям Литвы; Василия-Казимера, Матвея Селезенева и других послал в Коломну, окованных цепями; некоторых в темницы Московские; а прочих без всякого наказания отпустил в Новгород, соединяя милосердие с грозою мести, отличая главных деятельных врагов Москвы от людей слабых, которые служили им только орудием. Решив таким образом участь пленников, он расположился станом на устье Шелони [27 июля].
В сей самый день новая победа увенчала оружие великокняжеское в отдаленных пределах Заволочья. Московские Воеводы, Образец и Борис Слепой, предводительствуя Устюжанами и Вятчанами, на берегах Двины сразились с Князем Василием Шуйским, верным слугою Новогородской свободы. Рать его состояла из двенадцати тысяч Двинских и Печерских жителей: Иоаннова только из четырех. Битва продолжалась целый день с великим остервенением. Убив трех Двинских знаменоносцев, Москвитяне взяли хоругвь Новогородскую и к вечеру одолели врага. Князь Шуйский раненый едва мог спастися в лодке, бежал в Колмогоры, оттуда в Новгород; а Воеводы Иоанновы, овладев всею Двинскою землею, привели жителей в подданство Москвы.
Миновало около двух недель после Шелонской битвы, которая произвела в Новогородцах неописанный ужас. Они надеялись на Казимира и с нетерпением ждали вестей от своего Посла, отправленного к нему через Ливонию, с усильным требованием, чтобы Король спешил защитить их; но сей Посол возвратился и с горестию объявил, что Магистр Ордена не пустил его в Литву. Уже не было времени иметь помощи, ни сил противиться Иоанну. Открылась еще внутренняя измена. Некто, именем Упадыш, тайно доброхотствуя Великому Князю, с единомышленниками своими в одну ночь заколотил железом 55 пушек в Новегороде: правители казнили сего человека; несмотря на все несчастия, хотели обороняться: выжгли посады, не жалея ни церквей, ни монастырей; учредили бессменную стражу: день и ночь вооруженные люди ходили по городу, чтобы обуздывать народ; другие стояли на стенах и башнях, готовые к бою с Москвитянами. Однако ж миролюбивые начали изъявлять более смелости, доказывая, что упорство бесполезно; явно обвиняли друзей Марфы в приверженности к Литве и говорили: «Иоанн перед нами; а где ваш Казимир?» Город, стесненный Великокняжескими отрядами и наполненный множеством пришельцев, которые искали там убежища от Москвитян, терпел недостаток в съестных припасах: дороговизна возрастала; ржи совсем не было на торгу: богатые питались пшеницею; а бедные вопили, что Правители их безумно раздражили Иоанна и начали войну, не подумав о следствиях. Весть о казни Димитрия Борецкого и товарищей его сделала глубокое впечатление как в народе, так и в чиновниках: доселе никто из Великих Князей не дерзал торжественно казнить первостепенных гордых Бояр Новогородских. Народ рассуждал, что времена переменились; что Небо покровительствует Иоанна и дает ему смелость вместе со счастием: что сей Государь правосуден: карает и милует; что лучше спастися смирением, нежели погибнуть от упрямства. Знатные сановники видели меч над своею головою: в таком случае редкие жертвуют личною безопасностию правилу или образу мыслей. Самые усердные из друзей Марфиных, те, которые ненавидели Москву по ревностной любви к вольности отечества, молчанием или языком умеренности хотели заслужить прощение Иоанново. Еще Марфа силилась действовать на умы и сердца, возбуждая их против Великого Князя: народ видел в ней главную виновницу сей бедственной войны; он требовал хлеба и мира.
Холмский, Псковитяне и сам Иоанн готовились с разных сторон обступить Новгород, чтобы совершить последний удар: не много времени оставалось для размышления. Сановники, граждане единодушно предложили нареченному Архиепископу Феофилу быть ходатаем мира. Сей разумный Инок со многими Посадниками, Тысячскими и людьми Житыми всех пяти Концов отправился на судах озером Ильменем к устью Шелони, в стан Московский. Не смея вдруг явиться Государю, они пошли к его Вельможам и просили их заступления: Вельможи просили Иоанновых братьев, а братья самого Иоанна. Чрез несколько дней он дозволил Послам стать пред лицом своим. Феофил вместе со многими духовными особами и знатнейшие чиновники Новогородские, вступив в шатер Великокняжеский, пали ниц, безмолвствовали, проливали слезы. Иоанн, окруженный сонмом Бояр, имел вид грозный и суровый. «Господин, Князь Великий! — сказал Феофил: — утоли гнев свой, утиши ярость; пощади нас, преступников, не для моления нашего, но для своего милосердия! Угаси огнь, палящий страну Новогородскую; удержи меч, лиющий кровь ее жителей!» Иоанн взял с собою из Москвы одного ученого в летописях Дьяка, именем Стефана Бородатого, коему надлежало исчислить перед Новогородскими Послами все древние их измены; но Послы не хотели оправдываться и требовали единственно милосердия. Тут братья и Воеводы Иоанновы ударили челом за народ виновный; молили долго, неотступно [11 августа]. Наконец Государь изрек слово великодушного прощения, следуя, как уверяют Летописцы, внушениям Христианского человеколюбия и совету Митрополита Филиппа помиловать Новогородцев, если они раскаются; но мы видим здесь действие личного характера, осторожной политики, умеренности сего Властителя, коего правилом было: не отвергать хорошего для лучшего, не совсем верного.
Новогородцы за вину свою обещали внести в казну Великокняжескую 15500 рублей или около осьмидесяти пуд серебра, в разные сроки, от 8 сентября до Пасхи: возвратили Иоанну прилежащие к Вологде земли, берега Пинеги, Мезены, Немьюги, Выи, Поганой Суры, Пильи горы, места, уступленные Василию Темному, но после отнятые ими; обязались в назначенные времена платить Государям Московским черную, или народную, дань, также и Митрополиту судную пошлину; клялися ставить своих Архиепископов только в Москве, у гроба Св. Петра Чудотворца, в Дому Богоматери; не иметь никакого сношения с Королем Польским, ни с Литвою; не принимать к себе тамошних Князей и врагов Иоанновых; Князя Можайского, сыновей Шемяки и Василия Ярославпча Боровского; отменили так называемые Вечевые грамоты; признали верховную судебную власть Государя Московского, в случае несогласия его Наместников с Новогородскими сановниками; обещались не издавать впредь судных грамот без утверждения и печати Великого Князя, и проч. Возвращая им Торжок и новые свои завоевания в Двинской земле, Иоанн по обычаю целовал крест, в уверение, что будет править Новымгородом согласно с древними уставами оного, без всякого насилия. Сии взаимные условия или обязательства изображены в шести тогда написанных грамотах, от 9 и 11 Августа, в коих юный сын Иоаннов именуется также, подобно отцу, Великим Князем всей России. Помирив еще Новгород с Псковитянами, Иоанн уведомил своих Полководцев, что война прекратилась; ласково угостил Феофила и всех Послов; отпустил их с милостию и вслед за ними велел ехать Боярину Феодору Давидовичу, взять присягу с Новогородцев на Вече. Дав слово забыть прошедшее, Великий Князь оставил в покое и самую Марфу Борецкую и не хотел упомянуть об ней в договоре, как бы из презрения к слабой жене. Исполнив свое намерение, наказав мятежников, свергнув тень Казимирову с древнего престола Рюрикова, он с честию, славою и богатою добычей [1 Сентября] возвратился в Москву. Сын, брат, Вельможи, воины и купцы встретили его за 20 верст от столицы, народ за семь, Митрополит с духовенством перед Кремлем на площади. Все приветствовали Государя как победителя, изъявляя радость.
Еще Новгород остался державою народною; но свобода его была уже единственно милостию Иоанна и долженствовала исчезнуть по мановению самодержца. Нет свободы, когда нет силы защитить ее. Все области Новогородские, кроме столицы, являли от пределов восточных до моря зрелище опустошения, произведенного не только ратию Великокняжескою, но и шайками вольницы: граждане и жители сельские в течение двух месяцев ходили туда вооруженными толпами из Московских владений грабить и наживаться. Погибло множество людей. К довершению бедствия, 9000 человек, призванных в Новгород из уездов для защиты оного, возвращаясь осенью в свои домы на 180 судах, утонули в бурном Ильмене. Зимою Священноинок Феофил с духовными и мирскими сановниками приехал в Москву и был поставлен в Архиепископы. Когда сей торжественный обряд совершился, Феофил на амвоне смиренно преклонил выю пред Иоанном и молил его умилосердиться над знатными Новогородскими пленниками, Василием Казимиром и другими, которые еще сидели в Московских темницах: Великий Князь даровал им свободу, и Новгород принял их с дружелюбием, а Владыку своего с благодарностию, легкомысленно надеясь, что время, торговля, мудрость Веча и правила благоразумнейшей политики исцелят глубокие язвы отечества.