Вступив в должность министра юстиции, Н. В. Муравьев начал грандиозную работу по пересмотру законодательства по судебной части. За 30 лет со дня их введения было разновременно принято уже около 700 различных законов, в той или иной степени изменяющих, дополняющих, а то и вовсе ликвидирующих некоторые статьи уставов. Все это мешало практическим работникам, вносило путаницу, и даже опытные юристы иногда с трудом продирались сквозь законодательные дебри. Комиссия под председательством Муравьева работала пять лет. В результате были подготовлены новые редакции Учреждения судебных установлений, уставов гражданского и уголовного судопроизводства, включающих в себя около 4,5 тысячи статей. Однако в связи с надвигавшейся войной с Японией, а затем и обострением революционной ситуации, они так и не были приняты.

Начало ХХ века Н. В. Муравьев встретил в расцвете своей славы. К этому времени он имел чин действительного тайного советника, был награжден многими высшими орденами Российской империи. В России резко обострилась обстановка, один за другим совершались террористические акты на высших царских сановников. Революционеры готовили покушение и на Муравьева. Усиливалась и репрессивная направленность деятельности правительства. В такой ситуации Николай Валерианович не посчитал возможным оставаться далее на посту министра юстиции и генерал-прокурора. Он попросил об отставке. В конце 1904 года Муравьев стал усиленно добиваться места посла в Париже, но такой возможности ему не представилось. Однако вскоре посол в Риме князь Урусов был переведен в Вену, а на открывшуюся вакансию назначен Н. В. Муравьев.

Николай Валерианович выехал для работы в Рим. Он занимался дипломатическими делами с такой же энергией, как и в министерстве.

Н. В. Муравьев был женат три раза. Последней его женой была Евгения Ивановна Аккерман — женщина волевая, державшая Муравьева «в большом респекте». Она была единственным человеком, которого «боялся и слушался» Муравьев. Николай Валерианович удочерил ее девочку, и к ее взрослому сыну относился, как к родному. «Такая деликатность и любовь к сыну Аккермана со стороны Муравьева, — вспоминал Витте, — в то время как г-жа Муравьева не хотела его видеть и не принимала — довольно трогательна». От этого брака у него были две дочери и один сын.

Скончался Н. В. Муравьев 1 декабря 1908 года в Риме.

Сергей Сергеевич Манухин родился в 1856 году в потомственной дворянской семье. После окончания гимназии он поступил на юридический факультет Санкт-Петербургского университета. Служить начал в 20-летнем возрасте кандидатом на судебные должности при прокуроре Петербургского окружного суда. Спустя некоторое время его направили в Орловскую губернию, где при местном прокуроре он выполнял обязанности секретаря.

Через несколько лет, благодаря связям, он сумел попасть на службу в Министерство юстиции. Там Манухин первое время занимался вопросами систематизации законодательства и руководил библиотекой. Только в 1884 году он получает более или менее солидную должность — чиновника по особым поручениям при директоре департамента Л. В. Безродном. Здесь трудолюбивый молодой юрист сумел обратить на себя внимание начальства, поэтому дальнейшее продвижение его по службе было быстрое и вполне удачное. Вскоре Манухин исполняет обязанности помощника начальника законодательного отделения и состоит одновременно за обер-прокурорском столом в одном из департаментов Правительствующего сената.

При министре юстиции Н. А. Манассеине началась серьезная реорганизация центрального аппарата министерства. В частности, была учреждена юрисконсультская часть. С. С. Манухин был назначен на должность юрисконсульта. Одновременно он управлял и законодательным отделением департамента. В 1890 году его назначили товарищем обер-прокурора уголовного кассационного департамента Правительствующего сената. Работать здесь оказалось для него намного сложнее — сказывалось отсутствие опыта практической деятельности. Поэтому уже через несколько месяцев Манухин счел за благо возвратиться в центральное управление Министерства юстиции, где занял должность старшего юрисконсульта.

С приходом в Министерство юстиции Н. В. Муравьева Манухин стал одним из ближайших и самых деятельных сотрудников нового министра. Он получает вначале должность вице-директора, а затем и директора 1-го департамента. Манухин стал руководить делопроизводством особой комиссии по пересмотру законоположений по судебной части, этой работе Муравьев придавал исключительно важное значение. Он неоднократно сопровождал министра в его поездках по империи и, в частности, был на открытии новых судов в Иркутской губернии, активно занимался руководством подведомственных отделений, кадровыми вопросами и пр.

С. С. Манухин великолепно ориентировался в «бумажном царстве», был активен и энергичен, успевая выполнять множество различных дел. Его инициативность по достоинству оценил министр Н. В. Муравьев и 1 января 1901 года назначил своим заместителем. На этом посту Манухин заменил П. М. Бутовского, ставшего членом Государственного совета.

Во время отсутствия Н. В. Муравьева Сергей Сергеевич часто управлял Министерством юстиции, неоднократно представлял интересы России на различных международных конгрессах: по криминалистической антропологии в Брюсселе, по вопросам частного международного права в Гааге и на других.

14 января 1905 года Н. В. Муравьев был назначен послом при короле Италии, а 21 января, последовал именной высочайший указ Правительствующему Сенату: «Товарищу Министра юстиции, Сенатору, Тайному советнику Манухину — Всемилостивейше повелеваем быть Управляющим Министерством юстиции, с оставлением в звании Сенатора». Впоследствии он был утвержден в должности министра юстиции и генерал-прокурора.

Министром юстиции С. С. Манухин оставался менее года. Конечно, за столь короткий срок он не сумел провести сколько-нибудь значительных преобразований в судебном ведомстве. К этому не располагала также и внутренняя обстановка в империи. Он вступил в должность министра в то время, когда, по выражению Е. И. Козлининой, «все кругом бурлило, и волны общественной жизни рвались вон из берегов».

Многих приближенных к императору лиц С. С. Манухин на посту министра юстиции явно не устраивал. Активное противостояние революционеров, поддерживаемых широкими слоями населения, и правительства усиливалось с каждым днем, и поэтому консервативно настроенные сановники, не считавшиеся с обстоятельствами и ни при каких условиях не желавшие ни реформ, ни ослабления самодержавной власти, хотели бы видеть во главе Министерства юстиции не столь либерального деятеля.

Стремясь приглушить революционное брожение, царское правительство лихорадочно принимало законы, которые часто противоречили один другому. 12 декабря 1904 года был объявлен высочайший указ Правительствующему Сенату «О предначертаниях к усовершенствованию государственного порядка», который даже некоторые царские вельможи считали «малополезным».

Начавшееся после январских событий 1905 года мощное наступление трудящихся привело правительство в полное замешательство. В феврале 1905 года императору пришлось заговорить о создании представительного органа с законосовещательными функциями. При обсуждении этого вопроса в Совете Министров Манухин был одним из самых активных сторонников привлечения населения к выработке законов. На заседании Николай II поручил министру внутренних дел А. Г. Булыгину составить проект рескрипта по вопросу «привлечения выборных к законодательству».

В августе 1905 года был опубликован манифест об избрании Государственной думы с совещательными функциями. Это был так называемый булыгинский проект. Однако остановить нарастание революции царизм уже не мог. Не имея возможности подавить революционные выступления силой (основная часть войск находилась еще на Дальнем Востоке), царское правительство пошло на некоторые уступки. Этим в основном и было вызвано появление манифеста от 17 октября 1905 года «Об усовершенствовании государственного порядка». В нем император возложил на правительство обязанность выполнить его волю о том, чтобы «даровать населению незыблемые основы гражданской свободы на началах действительной неприкосновенности личности, свободы совести, слова, собраний и союзов». Согласно манифесту Государственная дума должна была стать законодательным органом. Несколько расширялись избирательные права народа.