На следующий день после опубликования манифеста, выступая в Совете Министров, император Николай II сказал, что новый закон должен вызвать «значительное уменьшение области применения административных взысканий и соответственно расширяет деятельность судебных установлений». Исходя из этих требований, 25 ноября 1905 года С. С. Манухин направил прокурорам циркулярное распоряжение за № 54451. В нем он писал: «Во исполнение высочайшего повеления, я признаю нужным указать чинам прокурорского надзора, что, в целях осуществления возвещенной в высочайшем Манифесте 17 октября сего года Монаршей воли о даровании населению незыблемых основ гражданской свободы, правительством поставлена первейшею своею задачею изготовление законов временного характера, которые укрепляли бы признанную за населением свободу личной неприкосновенности, совести, слова, собраний и союзов, наряду с законными ограничениями, необходимыми для ограждения прав отдельных лиц, общего спокойствия и интересов государственных…» С. С. Манухин выразил уверенность, что прокуроры смогут «отстоять в дни смуты и общественного потрясения высокие интересы права и законности».

Через два дня после опубликования манифеста Николай II повелел С. Ю. Витте «принять меры к объединению деятельности министров, впредь до утверждения законоположений о Совете Министров».

Витте стал спешно создавать свой кабинет. Что касается участия в нем Манухина, то у премьера на этот счет не было никаких сомнений. Министр устраивал его во всех отношениях. В своей книге «Воспоминания» С. Ю. Витте писал: «Министром юстиции был Манухин, человек весьма дельный и умный, прекрасный юрист и, безусловно, порядочный и честный человек. Я не только против него ничего не имел, но очень дорожил, чтобы он был в моем министерстве».

С. Ю. Витте возглавлял Совет Министров полгода. Манухин сумел продержаться в нем лишь два месяца. Для многих это был очень неудобный министр, поэтому вопрос о его отставке витал в воздухе. Даже Витте не смог его отстоять. Главными недоброжелателями Манухина были Д. Ф. Трепов (вначале петербургский генерал-губернатор и товарищ министра внутренних дел, затем дворцовый комендант) и П. Н. Дурново (министр внутренних дел). С ними он довольно часто расходился во взглядах на происходящие события и не раз отказывал в удовлетворении их незаконных требований по различным вопросам.

Трепов обвинял Манухина в бездействии, при котором «невозможно подавить революцию». Со своей стороны, министр говорил, что вся беда заключается в Трепове и ему подобных, что тот своей «полнейшей политической невоспитанностью и невежеством» спровоцировал события 1904 и 1905 годов, расшатавшие власть. «Пока он будет, — говорил С. С. Манухин, — будут вечные неожиданности».

Говоря о предпосылках отставки министра юстиции, С. Ю. Витте отмечал: «Манухин представляет собою в высшей степени порядочного человека, принципиального государственного деятеля, прекрасного юриста, отлично знающего судебную часть, и несколько доктринерски славянофильского направления. Он был прекрасным министром юстиции, хотя, может быть, тогда смотрящим на практические вопросы теоретически, не считался со временем, которое, конечно, было в высшей степени безалаберно-революционное».

7 ноября 1905 года С. Ю. Витте получил записку от Николая II, в которой сообщалось, что он назначает заседание Совета Министров под своим личным председательством на 9 ноября. По предложению государя заседание должно было начаться с «личного доклада министра юстиции в присутствии Совета».

Заседание открыл сам император. Он сказал, что существуют нарекания на действия юстиции и что ввиду этого он «счел нужным выслушать по этому предмету в присутствии приглашенных министра юстиции». С. С. Манухин, по словам Витте, с «большим достоинством защищал подчиненное ему ведомство, указывая на то, что чины этого ведомства держатся тех оснований, на которых зиждутся новые суды; что за некоторыми исключениями действия судебных чинов совершенно правильны, а в тех случаях, когда действия неправильны, то принимаются меры, законом установленные». Министр напомнил, что новые суды основаны на таких принципах, как гласность, независимость судей, и что «лучше простить несколько виновных, нежели осудить одного невиновного».

Министр внутренних дел Дурново нападал на Манухина, обвиняя судебное ведомство чуть ли не в саботаже. С позицией Сергея Сергеевича не согласились граф К. И. Пален и некоторые другие сановники. Витте высказался осторожно, в том плане, что в деятельности министерства есть отдельные негативные явления, но что на этом основании было бы ошибочно «подрывать одно из наиболее культурных ведомств в империи».

При первом же личном докладе Николаю II после заседания Совета Министров С. С. Манухин сказал, что после происшедшего он не считает возможным оставаться министром юстиции, так как не может изменить своих взглядов, которые, видимо, не одобряются государем.

Император воспринял это предложение сухо и предложил Манухину сообщить о своей отставке С. Ю. Витте. 16 декабря 1905 года указ об отставке С. С. Манухина был подписан. Он был оставлен в звании Сенатора и назначен, «не особенно охотно», членом Государственного совета.

В апреле 1906 года произошла серьезная реорганизация многих центральных государственных органов. Был преобразован и Государственный совет. С. С. Манухин стал членом 1-го департамента Совета. В 1910 году его избрали председателем комиссии законодательных предположений.

Сергею Сергеевичу Манухину довелось заниматься расследованием обстоятельств одного из наиболее кровавых событий — Ленского расстрела рабочих в 1912 году. О результатах его Манухин представил императору Всеподданнейший доклад и подробный отчет. В нем довольно объективно излагались как обстоятельства забастовки и ее причины, так и последующие события. В докладе подчеркивался «мирный характер общего настроения толпы», шедшей с петицией к прокурору. На докладе С. С. Манухина государь начертал: «Рассмотреть в Совете Министров». Такое обсуждение состоялось 17, 24 и 31 января 1913 года и, по выражению Председателя Совета Министров В. Н. Коковцова, доставило ему «немало хлопот и неприятностей».

После расследования Ленских событий С. С. Манухин вплоть до Октябрьской революции 1917 года продолжал занимать ответственные посты в Государственном совете.

При Советской власти С. С. Манухин работал консультантом наркомата и являлся членом сапропелевого комитета Академии наук. В июне 1921 года он был арестован по обвинению в участии в «Петроградской боевой организации», во главе которой стоял профессор В. Н. Таганцев. Манухин входил в так называемую профессорскую группу, которая, по версии следствия, идейно направляла работу заговорщиков. Осужден 29 августа 1921 года, но вскоре был амнистирован.

С. С. Манухин скончался в 1921 году.

Михаил Григорьевич Акимов родился 8 ноября 1847 года в селе Косеино Петровского уезда Саратовской губернии, в состоятельной дворянской семье. Образование получил в пензенской гимназии, которую окончил с серебряной медалью, а в августе 1864 года поступил на юридический факультет Московского университета. В июне 1869 года он получил степень кандидата прав. Когда настало время подумать о службе, Михаил Акимов остановил свой выбор на прокурорской деятельности. 21 января 1870 года он подал прошение прокурору Московской судебной палаты Г. Н. Мотовилову о зачислении его кандидатом на судебные должности. На прошении Мотовилов написал: «Представить к назначению». В то время Акимову шел 23 год.

М. Г. Акимов был направлен в Московский окружной суд, где он оставался чуть более года. В марте 1872 года, выслужив чин титулярного советника, он получил новое назначение — товарища прокурора Владимирского окружного суда. В этой должности он пробыл почти три года, а затем в чине коллежского асессора был переведен в Москву. В декабре 1876 года он получил свою первую награду — орден Св. Станислава 3-й степени.