В Московском окружном суде Акимов служил три года, проявив за это время незаурядные способности, исключительное трудолюбие и усидчивость. В начале 1879 года открылась вакансия прокурора Ярославского окружного суда. 32-летний М. Г. Акимов оказался самым достойным кандидатом на эту должность. В своем представлении от 3 февраля 1879 года на имя министра юстиции Д. Н. Набокова прокурор Московской судебной палаты Капнист писал: «Коллежский асессор Акимов, с деятельностью которого я за последнее время познакомился особенно близко, принадлежит, по моему мнению, к числу лучших товарищей прокурора округа Московской судебной палаты. Он состоит на службе около 9 лет, по должности товарища прокурора округа 7 лет, обладает прекрасным образованием и прекрасными способностями». По словам прокурора, Акимов вполне удовлетворял требованиям, предъявляемым к прокурорам окружных судов.
Набоков счел все же необходимым испытать молодого юриста на самостоятельной работе в старых судебных установлениях, то есть в тех губерниях, где еще не действовали Судебные уставы. Так М. Г. Акимов оказался на должности киевского губернского прокурора. Там он прослужил немногим более года, получив чин надворного советника и орден Св. Владимира 4-й степени. Летом 1880 года министр назначил его прокурором Владимирского окружного суда.
К этому времени Михаил Григорьевич женился на дочери тайного советника Деянова, фрейлине двора ее императорского величества Марии Николаевне. В феврале 1879 года у них родилась дочь Надежда.
В 1880-е годы Акимов уверенно поднимался по ступеням служебной иерархии. В 1881 году его назначают товарищем прокурора только что образованной Киевской судебной палаты. Через два года он переводится в Одессу, где меняет кабинет прокурора на судейское кресло, став председателем окружного суда. В 1887 году Акимов занимает аналогичную должность в Пензенской губернии, а затем вновь появляется в Одессе, но уже в качестве прокурора судебной палаты.
В 1891 году министр юстиции Н. А. Манассеин перевел его в Москву на должность прокурора судебной палаты вместо Н. В. Муравьева, ставшего обер-прокурором Правительствующего сената. В этой должности Акимов прослужил три года. Он всегда лично глубоко вникал во все возникавшие дела, обращая особое внимание на те, которые довольно сильно будоражили общественное мнение.
В 1894 году, с приходом в Министерство юстиции Н. В. Муравьева, Акимова перевели на службу старшим председателем Одесской судебной палаты, а на его место был назначен Н. П. Посников. В Одессе Михаил Григорьевич пробыл до 1899 года, после чего занял должность Сенатора уголовного кассационного департамента Правительствующего сената. На этом посту он сделал целый ряд блестящих докладов по исключительно сложным уголовным делам.
16 декабря 1905 года именным высочайшим указом, данным Государственному совету, тайный советник М. Г. Акимов был утвержден в должности министра юстиции и генерал-прокурора, с оставлением его в звании Сенатора, хотя фактически он вступил в управление министерством юстиции несколько ранее.
Этот пост Акимов занимал всего четыре месяца до ухода в отставку правительства С. Ю. Витте. Назначение его на столь высокую должность в определенной степени было случайным. В другой обстановке, вероятнее всего, ему вряд ли бы удалось взлететь так стремительно. Конечно, он считался хорошим Сенатором, слыл опытным, профессиональным юристом, имел большой практический навык. Но этого могло оказаться недостаточно для занятия поста министра — надо было иметь еще и высоких покровителей. Однако революционная ситуация диктовала свои условия, поэтому правительству приходилось делать тот или иной выбор спешно и часто наобум.
О том, как происходило назначение Акимова, подробно сообщает в своих «Воспоминаниях» С. Ю. Витте. Когда возник вопрос о министре юстиции, председатель Совета Министров Витте спросил императора, кого он хочет назначить вместо С. С. Манухина. Николай II сказал, что ему рекомендуют С. А. Лопухина, бывшего тогда прокурором Киевской судебной палаты. Поскольку Витте лично его не знал, то он попросил разрешения у государя навести о нем справки. После этого Витте имел беседу с профессором уголовного права Н. В. Самофаловым, человеком консервативных взглядов, сторонником жестких мер, но в то же время долго служившим в судебном ведомстве и хорошо знавшим работавших там людей, в том числе и Лопухина. Он сказал, что Лопухин «весьма почтенный человек, уважаемый в судебном ведомстве и симпатичный барин». Однако затем профессор, не одобрявший либерализма Манухина, добавил, что в должности министра юстиции Лопухин был бы «Манухиным, но только без его авторитетности, серьезных юридических знаний, опытности и громадной трудоспособности».
Далее С. Ю. Витте пишет: «После этого я вместе с ним (Самофаловым. — Авт.) обратился к официальной справочной книге, и мы начали искать, кто из Сенаторов пользуется неотъемлемою репутацией правых, которые не могли бы встретить возражений в смысле недостаточной их консервативности, носили бы русские фамилии и прошли бы все должности в судебной карьере, т. е. были бы профессионалы. Самофалов указал мне по списку Сенаторов на трех, удовлетворявших этим условиям: Акимова, Иванова и Щербачева.
На следующий день Витте имел беседу с императором о кандидатуре министра юстиции, отрицательно отозвавшись при этом о Лопухине. Тогда Николай II спросил, кого же он сам предлагает. Сергей Юльевич назвал Акимова, Иванова и Щербачева. На вопрос государя: «А вы их знаете?», председатель Совета Министров ответил, что с Ивановым и Щербачевым совершенно не знаком, а с Акимовым встречался в Киеве, когда последний служил там товарищем прокурора судебной палаты. Император предложил Витте пригласить к нему Акимова, но не говорить последнему о возможном назначении.
Вот как описывает С. Ю. Витте дальнейшие события: «Возвратясь домой, я просил Акимова по телефону приехать ко мне. Когда он приехал, то я его в первый раз увидал после Киева, т. е. после промежутка времени более 20 лет, и передал ему, что государь приказал ему явиться к его величеству тогда-то. Он меня спрашивал, не знаю ли я, для чего государь его вызывает, причем передал, что собирался выйти в отставку и не мог только с министром юстиции уговориться о размере пенсии.
В тот самый день, когда Акимов представился государю, я получил от его величества записку, в которой он писал, что Акимов ему очень понравился и чтобы я представил указ о назначении его министром юстиции».
Приход М. Г. Акимова в Министерство юстиции совпал с активным наступлением царизма на революционное движение. Обстановка в столицах была тяжелая и взрывоопасная. В одном из выступлений в Государственном совете весной 1906 года Акимов говорил: «Правительство после тех беспорядков, которые произошли 18 октября 1905 года, сложило руки и находится в ожидании и в том умилении, которое проявилось во всех общественных сферах и в народе. Всем нам известно, в чем выражалось это умиление. При полном бездействии правительства стали собираться митинги. Все учебные заведения, под покровительством так называемой интеллигенции, наполнили подростками и рабочими. А о чем они там говорили? Они там оскорбляли царя, того царя, из глубины благороднейшего сердца которого они получили Манифест. Они там говорили о вооружении и, действительно, стали вооружаться… Народ, под предводительством учителей и низшей интеллигенции, действительно шел на погромы, сжигал и грабил чуть ли не целые губернии… Россия была вся истерзана, а революционная печать перечисляла ужасы и с радостью указывала, что правительство бессильно бороться против революционной воли народа, что правительство не может напрячь свои силы и очнуться от спячки».
М. Г. Акимов внес в стены Министерства юстиции «живую струю», он упростил делопроизводство, потребовал излагать бумаги кратко и ясно, без «бюрократических украшений». Главным для него была быстрота исполнения, а не высокий стиль. Он стал резко ломать, по словам Щегловитова, «внедрившуюся в судебную практику привычку возбуждать преследование не столько против революционеров, сколько против чинов полиции, допускавших будто бы превышение власти при прекращении беспорядков». «Слабодушие некоторых судей, занимавшихся вместо отправления правосудия политическою пропагандою, — писал Щегловитов, — потребовало от Михаила Григорьевича самых решительных средств, а именно испрошения высочайших повелений об увольнении их от службы».