В декабре 1993 года на 5-м съезде Конфедерации народов Кавказа он был утвержден командующим войсками КНК, начальником штаба войск КНК был назначен адыгеец Амин Зехов.

Затем указом Ардзинбы он был утвержден в должности заместителя министра обороны республики.

В Чечню Ш. Басаев с батальоном (380-450 человек), который в Грозном стали называть «абхазским», вернулся в феврале 1994 года и занял обособленное место среди командиров боевых групп. В отличие от Р. Лабазанова и Б. Гантамирова, группировка Басаева не стремилась включаться в дележ сфер экономического влияния и политические или криминальные разборки, хотя ситуацию с грабежами составов в Чечне поставил под контроль именно Басаев.

В период вооруженного противостояния между руководством Дудаева и оппозицией в 1993 году занял выжидательную позицию, выступал посредником на переговорах. Вместе с тем резко осуждал разгон городского собрания в Грозном. В декабре 1993 года поддерживал требования оппозиционеров об отставке Дудаева.

С апреля по июль 1994 года, по собственному утверждению, был в Афганистане, в провинции Хост, где вместе с одной из своих групп проходил подготовку: «Подготовка проходила за мой счет. Я тогда оружие продал, у друзей в долг взял и поехал. До сих пор, кстати, 3,5 тысячи долларов за эту поездку должен» (Независимая газета. 1996. 12 марта.). В интервью газете «Известия» (1996. 25 апр.) Басаев сообщал, что в течение 1992-1994 годов трижды выезжал со своим «абхазским батальоном в лагеря афганских моджахедов, где учился тактике ведения партизанской войны».

Летом 1994 года Басаев вступил в боевые действия против оппозиции на стороне Дудаева. В июле в Грозном «абхазский батальон» вел боевые действия с группировкой Лабазанова. Формирование Басаева сыграло свою роль во время неудачной попытки штурма Грозного оппозицией. Басаев считался одним из наиболее близких соратников чеченского президента. Личный состав «абхазского батальона» осуществлял охрану Д. Дудаева.

К началу боевых действий с федеральными войсками под командованием Ш. Басаева находилось около 2 тыс. человек. После разгрома в Ведено в батальоне осталось 200-300 человек. 3 июня 1995 года ракетно-бомбовым ударом был уничтожен дом дяди Басаева - Хасмагомеда Басаева, в результате чего погибли 12 родственников Ш. Басаева, в том числе родная сестра Зинаида (1964 г.р.) и семеро детей.

14 июня 1995 года Басаев во главе отряда численностью до 200 человек начал проведение террористической акции в Буденновске Ставропольского края. Это привело к большим жертвам среди мирного населения, были взяты заложники. По мнению многих источников, теракт в Буденновске был местью за гибель близких. Подробности операции Басаев огласил за несколько часов до её начала. Маршрут движения бандгруппы предположительно пролегал через Веденский р-н - Новогрозненский, территорию Дагестана, Ставропольский край.

По рассказам Басаева, для операции в Буденновске он лично отбирал и готовил боевиков: «Моя поездка в Буденновск обошлась где-то в двадцать пять тысяч долларов. Правда, большая часть ушла на покупку КамАЗов и машины «жигули» - пятнадцать тысяч долларов. А по дороге раздали тысяч восемь-девять. Когда мы захватили больницу, то все власти были в растерянности. По телевизору передают, что переговоры идут, деньги предлагают, а на самом деле ничего этого не было. Они два дня в растерянности были, даже боялись кого-нибудь прислать. Только через сутки опомнились, и первый раз к нам чеченец из города пришел. В первый момент я удивился, когда Черномырдин мне позвонил. Но уже по тому, что он меня просил не поддаваться на провокации, не отвечать на них огнем, я понял, что он не мог управлять ситуацией. Премьер-министр, а власти у него было не очень много. Об операции Дудаев не знал. В тот момент у меня не было с ним связи второй месяц. Да даже если бы и была, то я не стал бы его посвящать в такие тонкости. Это мое правило» (Независимая газета).

Группировка Басаева пользовалась наибольшим авторитетом среди НВФ, а сам он все больше становился «сплачивающим фактором личности». После событий в Буденновске Басаев стал национальным героем Чечни, его авторитет в глазах чеченцев значительно вырос.

Возглавляемый им отряд боевиков располагал значительными материальными средствами, включая БМП, установки «Град», ПЗРК «Стрела» и «Стингер».

Летом-осенью 1995 года Басаев неоднократно угрожал правительству России новыми террористическими актами (в том числе с применением радиоактивных веществ) на территории РФ в случае, если не будут прекращены боевые действия и свернуты переговоры.

Лично принимал участие в казнях лиц, сотрудничавших с Москвой. Такой же жестокости требовал и от своих подчиненных.

21 июля 1995 года «за особые заслуги перед Отечеством, проявленные мужество, самоотверженность по отражению российской агрессии» приказом Д. Дудаева ему было присвоено звание бригадного генерала (досрочно).

В начале октября 1995 года отряд Басаева в 300 человек расположился лагерем в лесах недалеко от поселка Чапаево Новолакского района Дагестана. Глава районной администрации попросил боевиков покинуть территорию района. На это Басаев заявил, что это чеченская земля (до депортации 1944 года на территории нынешнего Новолакского района проживали чеченцы) и он останется там, сколько захочет.

В октябре 1995 года Шамиль Басаев взял на себя ответственность за обстрел российской бронегруппы 506-й мотострелковой бригады, в результате которого погибли 18 человек. Но на следующий день Аслан Масхадов опроверг это сообщение. О своей непричастности к этому нападению заявил и Ширвани Басаев, сообщивший, что в момент нападения он находился в расположении 506-й мотострелковой бригады и, наоборот, предлагал её командиру организовать совместный отпор нападавшим.

Является одним из наиболее радикальных сторонников независимости Чечни в руководстве сепаратистов. 19 июля 1995 года в интервью заявил, что если население республики в ходе референдума выскажется за вхождение в состав РФ, он «не смирится и будет бороться и дальше».

В декабре 1995 года был одним из руководителей штурма Грозного.

16 января 1996 года в турецком черноморском порту Трабзон был захвачен теплоход «Аврасия». Захват был осуществлен прочеченской группировкой Мухаммеда Токчана. Басаев подтвердил, что трое из террористов его старые друзья: «Вместе воевали в Абхазии. Не так давно они были у меня в гостях. Вот мы и обсудили план с захватом судна. Не знаю, правда, почему они сдались, не довели дело до конца» (Комсомольская правда в Москве. 1996. 31 янв.).

7 марта 1996 года боевики на сутки захватили большую часть города Грозного. По неуточненным данным, ими руководил Ш. Басаев. Агентство РИА «Новости» опубликовало слухи о том, что 4 марта боевики Басаева прорвали окружение в районе села Бамут и направились в район военного аэропорта «Ханкала» на окраине Грозного «якобы с целью захвата прибывшего туда министра обороны России Павла Грачева».

В 1996 году во время встреч с населением и бесед с боевиками и журналистами Басаев категорично заявлял, что боевых действий не прекратит, будет «вести их до победного конца и не допустит работы на территории Чечни каких-либо пророссийских органов».

В апреле 1996 года Басаев и его боевики усиленно занимались подготовкой базы НВФ в одном из труднодоступных районов юга Чечни, где для этого имеются удобные природные укрытия. По его указанию там создавались запасы боеприпасов и продовольствия.

В середине апреля 1996 года между Басаевым и Гелисхановым возникли определенные противоречия по вопросу раздела сфер влияния в Ножай-Юртовском районе ЧР.

В конце апреля 1996 года, после смерти Дудаева, Шамиль Басаев на совещании полевых командиров был избран командующим боевыми формированиями Чеченской Республики Ичкерия вместо Аслана Масхадова.

Весной-летом 1996 года в российско-чеченских переговорах Ш. Басаев не участвовал. Против его присутствия высказался Президент РФ Борис Ельцин.