В июне 1996 года боевики Басаева прибыли для отдыха и лечения в Абхазию. Прокуратура автономной республики, покинувшая в сентябре 1993 года зону конфликта и с тех пор функционирующая в Тбилиси, выдала санкцию на его арест. Уголовное дело против Басаева было возбуждено в 1994 году. По данным Генеральной прокуратуры Грузии, после падения 2 ноября 1992 года города Гагра Шамиль Басаев и его единомышленники совершили ряд тягчайших преступлений в оккупированных ими районах.

Считался кровным врагом Хаттаба, но к 1998 году их отношения нормализовались.

По имеющимся сведениям, Басаев на протяжении последних лет, кроме участия в военных действиях, занимался контрабандой оружия (из Чечни в Абхазию и обратно), наркотиков, имеет крупные денежные накопления в валюте. Ему и его людям не раз поручались операции по доставке оружия в Чечню из Азербайджана через Дагестан. Басаев немало нажил на мародерстве и грабежах непосредственно в ходе боевых действий. В 1996 году контролировал добычу и переработку нефти в Веденском, Ножай-Юртовском, Курчалойском и Грозненском районах Чечни.

Награжден высшим орденом республики «Комэнси» («Честь нации»).

По другим сведениям, после операции в Буденновске весь личный состав вооруженного формирования Басаева был представлен Д. Дудаевым к званию «Герой Чечни». Трое заместителей Басаева получили орден «Честь нации». А сам Басаев - выговор за невыполнение поставленной боевой задачи: Буденновск не был конечной целью операции.

В ноябре 1996 года Басаев отказался от предложенного ему поста вице-премьера Чечни в коалиционном правительстве республики. Он пожелал остаться на должности командующего центральным фронтом, возглавляя одновременно таможенный комитет.

С сентября 1996 года - председатель таможенного комитета в сформированном З. Яндарбиевым коалиционном правительстве ЧРИ.

Во время президентских выборов 1996 года Басаев вновь выставлял свою кандидатуру на пост президента Чечни. Пользуясь значительным влиянием среди чеченцев, он составил реальную конкуренцию А. Масхадову и З. Яндарбиеву.

Появление Басаева в списке озадачило Москву. С точки зрения логики, необходимо было ориентироваться на Масхадова. Человека возвышенного и вменяемого. С точки зрения последствий, Басаев для Москвы мог быть более предпочтительной фигурой. С избранием его президентом Чечни политика Кремля могла быть только соответственной.

Время показало, что Масхадов не оправдал надежд. Он так и оставался полководцем без армии, политиком без «политики». И, несмотря на его формальную власть в республике (к середине 1999 года он мог контролировать только часть Грозного), реальная власть была в окружении Басаева.

Избрание Басаева в 1997 году могло существенно упростить действия Москвы. «На войне как на войне». Никаких компромиссов, никаких финансовых инъекций.

Граница на замке, нефтепровод - в обход Чечни. Рассчитывать, что Чечня под руководством Басаева получит международное признание, было бы нелепо. Ни один уважающий себя политик не сел бы с ним за стол переговоров. А те, кто пошел бы на такой шаг, в конечном итоге рисковали своей репутацией.

Более того, экономически это было бы выгоднее, так как вложенные в Масхадова деньги фактически оказались в карманах полевых командиров и их окружения.

На выборах президента ЧРИ 27 января 1997 года Басаев получил 23,7 процента голосов избирателей (другие кандидаты: Масхадов - 59,7 процента, Яндарбиев - 10,2 процента). На выборах баллотировался в паре с Вахой Ибрагимовым (советником Яндарбиева по внешнеполитическим вопросам).

В 20-х числах февраля 1997 года на учредительном съезде Партии свободы Чеченской Республики Ичкерии (ПС ЧРИ) Шамиль Басаев был избран её почетным председателем.

В своем первом специальном заявлении партия Ш. Басаева осудила Р. Кутаева (Партия национальной независимости) за приглашение на торжество по случаю инаугурации А. Масхадова В. Черномырдина, А. Галазова (РСО-А), В. Кокова (КБР), которых обвиняют в причастности к «развязыванию войны против чеченского народа».

Ш. Басаев считает, что вывода российских войск из Чечни для прекращения войны недостаточно: «Россия должна заплатить нам компенсацию за нанесенный ущерб». Выступает за выход из состава России всех северокавказских республик и за создание единого горского государства.

Поддерживает (1996 г.) тесные связи с ИСИ - пакистанской внешней разведкой и имеет разногласия с турецкими спецслужбами. По оценкам экспертов, под командованием Шамиля Басаева и его союзников находится более половины как активных, так и потенциальных чеченских боевиков. В конце 1996 - начале 1997 года, в связи с развитием мирного процесса, начинает терять опору среди подчиненных ему боевиков, ничего не умеющих делать, только воевать. Отмечались его участившиеся контакты с представителями Усамы бен Ладена, саудовского мультимиллионера, финансировавшего десятки терактов исламистских боевиков в Афганистане, Йемене, Египте, Франции и США.

Басаев ищет любой предлог, чтобы обвинить президента ЧРИ Масхадова в пренебрежении национальными чеченскими интересами.

Первый заместитель председателя кабинета министров ЧРИ (Промышленный блок) и в отсутствие премьер-министра, обязанности которого исполняет президент ЧРИ, должен был его замещать (апрель 1997 г.).

Мовлади Удугов в интервью «Российской газете» 23 мая 1996 года сказал: «Шамиль Басаев никогда не был наверху. Он же не дурак. Но он всегда был тайной пружиной всех наших дел».

Украинская националистическая газета «Черкаська зона», орган Украинской национальной ассамблеи (УНА), поставила фамилию Басаева в список членов редколлегии.

С начала 1997 года у Ш. Басаева возникают серьезные проблемы со здоровьем.

10 июля 1997 года подал в отставку с поста первого заместителя председателя правительства ЧРИ «по состоянию здоровья».

После возобновления пребывания Басаева на посту исполняющего обязанности премьер-министра Чечни и состоявшихся рабочих контактов с ним представителей правительства и Совета безопасности РФ, в американских общественно-политических кругах активно обсуждается вопрос о возможности его приезда в феврале-марте 1998 года в США.

Эксперты Госдепартамента отмечают, что Басаев не включен американцами в официальные списки лиц, причастных к международному терроризму, а в перечне террористических организаций, опубликованном в Соединенных Штатах в октябре 1997 года, нет упоминания о чеченских вооруженных формированиях. С учетом этого, как подчеркивается в США, в случае обращения Басаева за въездной визой у Вашингтона «может оказаться недостаточно правовых оснований для отказа ему» (данные на январь 1998 г.).

Согласно указу президента Аслана Масхадова от 15 января 1998 года Басаев назначен первым вице-премьером Чечни. В начале 1998 года А. Масхадов назначил его исполняющим обязанности премьер-министра и поручил сформировать новое правительство.

В результате позиции Ш. Басаева в руководстве Чечни усилились. Брат, Ширвани Басаев, руководитель Госкомитета ЧИР по топливу и энергетике (начало 1998 г.). Семья Басаевых практически полностью поставила под контроль нефтяной комплекс Чечни, убрав с дороги даже старых дудаевских выдвиженцев типа Яриханова и представителей «старой» нефтяной мафии.

Владеет нефтеперегонным заводом в Беное. Со слов Ш. Басаева известно, что в 1997 году он заработал 2 млн долларов США, из них отдал 90 процентов, а на остальное купил дом (Коммерсант-daily. 1998. № 60. 7 апр.).

Обратимся снова к чеченскому писателю Султану Яшуркаеву. «Дай чеченцу ключи от квартиры, в которой очень много вещей, не возьмет - он не домушник, не щипач. Он любит «брать» с риском, удалью, чтобы старики говорили о нем с уважением, ровесники - с завистью, потомки - с гордостью, девушки - песни слагали. Сворует русский крупно - обычно ложится на дно, даже от жены может уйти. Сделает то же самое чеченец - огромный дом построит на обозрение всей округе. Чем больше сворует, тем больший дом: пусть подсчитывают люди, сколько отхватил».