Японское завоевание Индонезии завершилось высадкой десанта на Северной Суматре, которую произвела императорская гвардейская дивизия, переброшенная туда из Сингапура. Эта операция была проведена столь безбоязненно, что транспортам даже не было придано боевое охранение. Оккупация Северной Суматры была завершена к 28 марта. Таким образом, за два с половиной месяца была захвачена вся Юго-Восточная Азия, за исключением Бирмы. Правда, американские войска тогда еще держались на Батаане и о-ве Коррехидор, но это не оказывало никакого влияния на общий ход событий.

Для начального периода японской оккупации Индонезии характерны поиски наилучшего варианта административного устройства захваченной страны. На первых порах административное деление просто соответствовало расположению оккупационных армий, нередко игнорируя при этом старые государственные границы. Так, Суматра была объединена под общей военной администрацией с Малайей. Оправдывалось это не только военными интересами, но и тем, что какие-то теоретики в Сайгоне или Токио решили, что в расовом отношении ближайшими родственниками японцев являются коренные жители п-ова Малакка и Суматры, тогда как кровь яванцев «не отвечает высоким требованиям расовой чистоты». Ява находилась в ведении 16-й армии, а Калимантан и острова восточной части архипелага — флота.

При разработке планов управления Индонезией на будущее японские администраторы исходили из варианта, уже испробованного при захвате французских колоний. Согласно этим планам, в Индонезии должно было быть создано «независимое правительство», контролируемое Японией. После принятия «конституции», выработанной комиссией, в которую планировалось включить представителей основных национальных групп страны, в том числе (!) и японцев[4], страна должна была заключить с Японией военный договор. За высшими чиновниками старой голландской администрации сохранялись их прежние посты и титулы, но права их должны были быть ограничены.

План провалился, так как японцы недооценили решимости голландского правительства оставаться на стороне западных союзников (на французское правительство давить было куда легче, раз оно фактически подчинялось Берлину). Голландская администрация на сотрудничество не пошла. Следовало искать иной путь, и в его поисках оккупационные власти обратили внимание на деятелей индонезийского освободительного движения.

В планах японских стратегов страны Юго-Восточной Азии делились на те, которым следовало обещать независимость, так как они, с точки зрения японцев, имели достаточно сильное национально-освободительное движение и политическую организацию, через посредство которой управлять страной в случае ее оккупации было удобнее, чем использовать собственную военную администрацию, и те, провозглашение независимости которых не давало японцам никаких политических преимуществ. Этим можно объяснить разнообразие подходов к местным проблемам, выработанное еще до войны.

В Бирме, где уже несколько лет существовали парламент и легальная политическая деятельность, японская агентура нашла союзников в самой верхушке национально-освободительного движения. Во главе прояпонской фракции стоял бывший премьер-министр Ба Мо, на контакты с японцами пошли и представители левого крыла патриотических сил. Привлекая на свою сторону лидеров бирманского национализма и ведя с их помощью пропаганду, японцы вынуждены были признавать и цель, к которой стремились эти лидеры, — независимость Бирмы. За оказанную ими поддержку необходимо было дать то, что англичане дать отказались.

К той же, что и Бирма, категории относились Филиппины. Там также уже существовали сложившаяся парламентская система, сильные партии, опыт политической деятельности. При этом Филиппинам уже была обещана в ближайшем будущем независимость. Для того чтобы заручиться поддержкой филиппинских буржуазных лидеров, следовало предоставить независимость не позже запланированного срока. В ином случае японцы, завоевав Филиппины, рисковали столкнуться с сильной и организованной оппозицией.

Остальным странам Юго-Восточной Азии независимость обещать не имело смысла. Одни из них можно было прямо включить в состав империи, в отношении других надо было выработать какую-то систему управления. В странах Французского Индокитая был испытан вариант сохранения старой европейской администрации. На эту администрацию можно было сваливать вину за невзгоды народов Вьетнама, Лаоса и Камбоджи, ее же следовало твердо держать в руках, компрометируя сотрудничеством с оккупантами и в то же время не давая возможности встать к оккупантам в оппозицию. А так как французы не пользовались любовью местного населения и были фактически лишены поддержки метрополии, то они становились не добровольными, но верными союзниками и слугами. Будучи зависимыми от японцев, они были вынуждены мириться с неблагодарной ролью проводников оккупационной политики, рассчитывая на то, что со временем смогут восстановить свои позиции.

Такую же систему японцы предложили сначала Нидерландской Индии, но, когда получили решительный отказ и поняли, что за спиной голландцев стоят англичане, они пошли на то, чтобы разработать для Индонезии иной вариант оккупации.

Он заключался в том, чтобы независимости конкретно не обещать, но в то же время и не отказывать в ней категорически. Таким образом, по типу оккупационного режима Индонезия должна была занять промежуточное место между Малайей, которая попросту была включена в Японскую империю, и такими странами, как Бирма и Филиппины, которым независимость была обещана.

Готовя вторжение в Индонезию, японское командование располагало подробными отчетами своих агентов о состоянии дел в национальном движении Индонезии и полагало, что оно не будет определяющей силой в стране. Крупнейшая политическая организация — Коммунистическая партия Индонезии после разгрома антиколониальных восстаний в конце 20-х годов так и не смогла восстановить свои силы. Мусульманские партии, в первую очередь «Сарекат ислам», выражали интересы слабой индонезийской буржуазии, исламского духовенства и чиновников низшего звена колониальной администрации — массовой поддержки они в Индонезии не имели и политически их можно было игнорировать. Правая партия Париндра (Партия Великой Индонезии), хоть и вела националистическую пропаганду, добиваясь для Индонезии статуса доминиона, также не была массовой организацией. Наконец, левобуржуазная Партиндо (Партия Индонезии), которая была создана Сукарно, к началу войны фактически самораспустилась, лишенная лидера, который был в очередной раз заключен в тюрьму за свои решительные выступления против колониализма. Позднее тюремное заключение было заменено ссылкой на о-в Флорес, а с 1938 г. — в городок Бенкулен на Южной Суматре.

Крупнейшей легальной партией в Индонезии к началу войны стала Гериндо (Народное движение Индонезии), которая впитала в себя и осколки Партиндо, и группы левых националистов и коммунистов, один из которых, Амир Шарифуддин, был в числе ее лидеров. Гериндо не требовала в то время независимости, а выступала за представительное самоуправление, ограничение власти генерал-губернатора и т. д. После начала Второй мировой войны Гериндо выступила с заявлением, в котором говорилось, что «великие события, потрясшие мир, обусловлены столкновением не между народами и не между Азией и Западом, а между демократией и фашизмом. Гериндо должна бороться против влияния фашизма, стремящегося проникнуть в Индонезию». Дальнейшая консолидация патриотических сил привела к созданию ГАПИ (Политическое объединение Индонезии), куда вошел ряд крупнейших партий и профсоюзов.

Из-за всего этого, а также потому, что Японии выгоднее было рассматривать Индонезию не как единую страну, а как громадный архипелаг, включавший в себя несколько потенциальных государств, в Токио было решено, внешне подчеркивая свое стремление к поддержке индонезийского национализма, отложить вопрос о предоставлении независимости Нидерландской Индии на будущее, а также предусмотреть возможность подготавливать независимость отдельно для Явы и для других районов, называемых в отличие от Явы Внешними провинциями.