В определении судеб Малайи эта конференция никакой роли сыграть уже не могла — Япония капитулировала, а Индонезия провозгласила свою независимость отдельно от Малайи. Решения конференции имели значение лишь для будущих отношений с Англией, и именно Великобританию имели в виду делегаты конференции, когда принимали резолюцию о борьбе за независимость Малайи с целью присоединения к Индонезии. Ибрахим бин Якоб после этого перебрался в Индонезию, а руководство КРИС перешло к д-ру Бурхануддину. В течение еще одного месяца эта организация принимала резолюции, пока не вошли английские войска и не закрыли ее. Однако сам опыт существования КРИС не прошел бесследно, так как это было первое значительное объединение малайской буржуазии, и из КРИС выросла через некоторое время Малайская национальная партия, сыгравшая определенную роль в освобождении Малайи от колониальной зависимости.
На нижней ступени социальной лестницы в оккупированной Малайе оказались китайцы, причем если китайская буржуазия была лишь ограблена, то десятки тысяч китайских кули, и до войны бывших самой бесправной частью населения страны, оказались в невыносимом положении. Они не могли, подобно малайцам, уйти к родственникам в сельскую местность, не могли, как индийские кули, вступить в армию. Единственной альтернативой голодной смерти для многих из них оказалось бегство на границу джунглей, где женщины, дети и старики могли хоть как-то прокормиться, собирая дикие растения и очищая небольшие участки земли для посева, а молодые мужчины — присоединиться к партизанам.
Коммунисты, которым удалось скрыться из Сингапура после его падения, ушли в горные районы Джохора, а те, что оставались в северных княжествах, — в горы Перака и уже в первые недели японской оккупации создали там группы сопротивления. Партизанские отряды, действовавшие в горах Малайи, быстро росли, и к началу 1943 г. в Антияпонской армии народов Малайи (ААНМ) насчитывалось более 7 тыс. бойцов. Армия эта опиралась на поддержку созданного в подполье и выросшего вскоре до 300 тыс. человек Антияпонского союза Малайи (АСМ). Сочетание боевых действий и широкого народного сопротивления придало антияпонской борьбе в Малайе особенно массовый и организованный характер. Антияпонская армия имела единое командование и подразделялась на полки, батальоны и роты. Во главе каждого подразделения стояли командир, политкомиссар и работник, руководивший образованием бойцов. Отряды имели свои зоны, базы в горах и хорошо налаженную связь с городами и отделениями Антияпонского союза, которые помимо снабжения партизан продовольствием и деньгами образовали добровольную разведсеть, охватившую всю страну. Поэтому японцы уже с 1943 г. чувствовали себя в Малайе неуверенно, и за пределами городов власть практически принадлежала партизанам.
Существование мощной армии, с которой японцы ничего не могли поделать, способствовало созданию в военные годы единого антияпонского фронта и сплочению основных национальностей страны. Большинство бойцов в ААНМ были китайцами, но в ее отрядах сражались также и индийцы, и малайцы. Руководители армии подчеркивали этот факт, и само антияпонское движение получило название «движение трех звезд» (На красном флаге ААНМ были три звезды, символизирующие китайцев, малайцев и индийцев, объединенных в борьбе против оккупантов).
В 1944 г. английская разведка наладила связи с партизанами Малайи, координировала с ними действия, снабжала оружием и получала разведданные. Однако, несмотря на попытки в этом направлении, никакой власти над Антияпонской армией англичане не имели и даже не знали, кто конкретно ею руководит.
С начала 1945 г. ААНМ перешла от диверсий и засад на дорогах и у местных комендатур к более широким операциям. Особо крупные сражения разгорелись в Джохоре, когда японские карательные отряды попытались ликвидировать партизанские базы. Считается, что в этих боях погибло более тысячи японских солдат. Вскоре в Малайе возникли освобожденные районы, ставшие базой для проведения первых социальных преобразований в стране. Незадолго до конца войны компартия Малайи опубликовала программу, в которой ставились, в частности, следующие задачи: изгнание японских фашистов и образование в Малайе республики; создание правительства, представляющего все национальности; преобразование партизанских отрядов в Национальную армию обороны.
Летом 1945 г. ААНМ контролировала уже несколько городов и большую часть территории горных штатов. На ее счету было более 10 тыс. убитых японских солдат, а сами партизаны потеряли в боях с карателями куда больше. Всего же за годы оккупации число жертв японских захватчиков составило более 100 тыс. человек.
Когда японцы капитулировали, английских войск в Сингапуре еще не было. Отряды антияпонской армии покидали джунгли и занимали города. С ними вместе выходили сотни тысяч семей, которые, как указывалось, бежали в леса из городов, с приисков и плантаций — кто от голода, кто от преследований. Это было в основном китайское, абсолютно бесправное и изголодавшееся население, которое, с одной стороны, подвергалось преследованиям японцев и уничтожалось ими в ходе карательных экспедиций, с другой — было резервом антияпонской армии, ее глазами и ушами.
Пока в Куала-Лумпуре заседали немногочисленные политики из КРИС, рассуждая о возможностях присоединения к Индонезии, страна была похожа на развороченный улей — все было в движении, сотни тысяч людей шли по дорогам, возвращаясь в города или на плантации. Отряды Антияпонской армии старались наладить порядок, формируя местные органы власти, организуя милицейскую службу и хоть какое-то снабжение городов. Возрождались профсоюзы. В то же время единство действий, достигнутое во время войны, начало рушиться. Малайская буржуазия ждала возвращения англичан, потому что считала, что господствующее влияние коммунистов (в основном китайцев) в Антияпонской армии угрожает ее позициям в стране. Политика японцев, никогда не устававших утверждать, что Малайя страна, где малайцы — «высшая раса», а китайцы — пришельцы, которых держат из милости, также дала свои плоды. Месяц, прошедший между капитуляцией Японии и приходом английских войск, характерен появлением трений между этническими группами страны. Начались стычки и внутри китайской общины, в которой шло размежевание между сторонниками Коммунистической партии Малайи и Гоминьдана.
Таким образом, промежуток между уходом японцев и приходом европейцев привел к провозглашению независимости Малайи. Главной причиной этого являлась национальная рознь, накладывавшаяся на социальные противоречия. Этот фактор использовали в своих интересах англичане. Первой же их акцией по возвращении в Малайю было изменение административного устройства страны, объявленное в октябре 1945 г. Система косвенного управления через султанов ликвидировалась, и Малайя разделялась на две части. Собственно Малайя, состоявшая из девяти султанатов и двух сеттльментов, объявлялась коронной колонией Малайский Союз. Сингапур с его по преимуществу китайским и индийским населением становился отдельной колонией. Местные органы власти, установленные Антияпонской армией, были распущены.
В отличие от материковой Малайи на Северном Калимантане в Сараваке и Сабахе никакого сопротивления оккупантам на первых порах не было. Его вызвали к жизни сами японцы, которые начали сгонять население на принудительные работы, отбирать рис и продовольствие. К тому же всякий обмен с другими странами прекратился, и, как везде, вскоре начала ощущаться нехватка предметов широкого потребления. Хуже всех приходилось китайцам, составлявшим в Сараваке и Сабахе многочисленную общину. В их руках находилась, в частности, почти вся местная торговля. Среди китайцев Саравака были сильные проанглийские настроения, и когда с 1943 г. в Сараваке начали появляться английские разведчики, они встретили там благожелательный прием. В Сабахе же существовали традиционные и тесные связи с филиппинскими островами Сулу, где разворачивалось партизанское движение против японцев. Слухи об успехах партизан на Сулу, сообщения о неудачах японцев на тихоокеанских островах возрождали надежды на то, что захватчиков скоро можно будет изгнать.