Особенно быстро стали развиваться события, когда во главе антияпонского движения в Сабахе встал молодой англизированный китаец Альберт Куок, создавший Ассоциацию обороны заморских китайцев и установивший постоянные связи с американской разведкой. Куок полагал, что, если поднять восстание в Сабахе, японский гарнизон которого был весьма слаб, и договориться о помощи с филиппинскими партизанами, можно будет освободить Сабах, не дожидаясь, когда придут союзники. Узнав об этом, американские разведчики встревожились восстание было почти наверняка обречено на неудачу, и в таком случае разведка США лишалась важной базы в этом районе. Возможно, восстание и удалось бы отсрочить, но в начале октября 1943 г. стало известно, что японцы намерены провести новый набор для дорожных работ, а также собираются вывезти очередную партию девушек-китаянок для публичных домов. Немедленно были отправлены гонцы на Сулу, откуда прибыло несколько прау — длинных лодок с вооруженными партизанами. 10 октября они напали на г. Джесселтон (ныне Кота-Кинабалу) с моря, тогда как местные китайские отряды — с суши. Японский гарнизон, не ожидавший нападения, был перебит до последнего человека. Нападающие вооружились трофейным оружием и стали ждать подкреплений с Сулу или помощи от американцев.
Японское командование в Сабахе было перепугано не столько самим восстанием, сколько возможной реакцией своего начальства и тем, как бы выступление китайцев Сабаха не послужило примером для соседних областей. Японцы подтянули артиллерию и начали бомбардировать Джесселтон, а повстанцы тем временем не нашли ничего лучшего, как штурмовать прибрежный японский пост. Когда пост взять не удалось, среди повстанцев, как часто бывает при стихийном и плохо организованном бунте, воцарилось уныние, и они разбежались по деревням.
В ближайшие дни японцы методично прочесали все окрестности. Любая деревня, которую подозревали в том, что она дала приют повстанцам, сжигалась, ее жителей расстреливали. Чтобы предотвратить дальнейшие жертвы, вождь восстания Куок, скрывавшийся в джунглях, решил сдаться. (Японцы обещали прекратить репрессии, если сдадутся руководители штурма.) 19 декабря он пришел в комендатуру и объявил японцам, что теперь можно прекратить казни. Естественно, ничего не изменилось. Охота за повстанцами продолжалась еще месяц. И только когда японцы решили, что население области достаточно напугано, они устроили завершающую публичную массовую казнь. 21 января Куок и 175 повстанцев были обезглавлены. 130 человек, в основном те, кто в восстании участия не принимал, были отправлены в концлагерь на о-ве Ла-буан, где почти все погибли.
Но спокойствие японцев было недолгим. Прошло совсем немного времени и созрело новое восстание. Оно должно было начаться 13 апреля 1944 года, но буквально за день до этого японцы узнали о нем и успели арестовать всех его руководителей. На этот раз месть японцев была особенно жестокой: на прибрежных островах, куда должны были пристать прау с Сулу, было перебито все мужское население. Снова начались казни в Джесселтоне и внутри страны.
10 июня 1945 г. на Лабуане и в Брунейском заливе высадилась 9-я австралийская дивизия, которую поддерживала военная эскадра. Японские войска, которые были к тому времени значительно усилены и насчитывали около 20 тыс. человек, упорно сопротивлялись и отказались сдаваться даже после капитуляции Японии. Лишь 11 сентября австралийцы вошли в Кучинг, а 23 сентября — в Джесселтон. На западном побережье Сабаха японцы держались до 19 октября. Бои были настолько отчаянными, что в Джесселтоне, когда туда вошли австралийцы, остался невредимым лишь один дом, а в Сандакане — ни одного.
В отношении Индонезии японские власти и в последние полтора года оккупации продолжали проводить политику проволочек. С одной стороны, никто не препятствовал Сукарно и другим националистам периодически просить японцев поспешить с независимостью, с другой — никаких практических шагов в этом направлении не предпринималось. Во второй половине 1943 г. получили «независимость» Бирма и Филиппины, в октябре последовало признание «суверенной державой» марионеточного Китая. В Индонезии же все ограничивалось деятельностью совещательных советов, членам которых выдавали автомашины и особняки из числа конфискованных у голландцев. Правда, японцы пригласили нескольких индонезийских лидеров в Токио, чтобы они могли лично выразить благодарность императору за то, что индонезийцам «предоставили возможность принять участие в управлении своей страной». Индонезийских делегатов заставили три дня репетировать поклоны и примерять черные фраки, а во время приема император даже протянул Сукарно руку, после чего индонезийцам были вручены ордена Восходящего солнца высоких степеней. Поездка в Японию широко освещалась в японской и индонезийской прессе, но для индонезийцев была полна разочарования. К тому же по возвращении японское командование информировало Сукарно, что Путера не отвечает возложенным на нее задачам и потому должна быть распущена. Вместо нее с 1 марта 1944 г. начала функционировать организация «Джава хококай» (Союз верности народу), которая была под еще более строгим контролем, чем Путера. И хотя Сукарно был назначен главой этого союза, его самостоятельность была еще более ограниченна. Фактически всю свою энергию оратора он тратил на агитацию в пользу трудовой повинности, реквизиций и преданности японскому «старшему брату».
Тем временем рост недовольства в Индонезии усиливался, подпольные группы и отряды возникали в различных местах архипелага. Однако национальные лидеры, прежде всего сам Сукарно, по-прежнему стремились ни в коем случае не допустить открытых выступлений. Их целью было добиться предоставления независимости мирным путем, пользуясь ухудшающимся положением Японии на фронтах.
Осенью 1944 г. премьер-министр Японии Койсо заявил, что в будущем Япония обязательно предоставит независимость индонезийскому народу. Это заявление было подкреплено послаблениями в политической деятельности. Например, было разрешено вывешивать национальные флаги. Сукарно был информирован об этих переменах самим генералом Ямамото, который вызвал его к себе и сообщил, что предоставление независимости — вопрос решенный. Правда, время указать трудно и все будет зависеть от положения на фронтах. Это заявление для Сукарно, по его собственным словам, было настолько неожиданным, что он не смог сдержать слез. Естественно, что Ямамото предложил Сукарно приложить еще больше усилий для помощи японцам, и тот согласился на это.
Есть основания полагать, что политика открытой поддержки японцев вызвала оппозицию даже в ближайшем окружении Сукарно. Подходил к концу 1944 год, первые десанты союзников высаживались на Новой Гвинее и восточных островах Индонезии. К тому же сотрудничество с Японией уже дорого обошлось Индонезии: положение в стране было настолько тяжелым, что дальнейшие поборы, мобилизация и реквизиции могли вызвать стихийные восстания крестьян. Но Сукарно был непоколебим в убеждении, что любой путь, кроме выжидания, ведет к большим жертвам и обречен на поражение. В этом его рассуждении была натяжка, на которую обращали внимание оппоненты Сукарно: в действительности промедление начала борьбы с Японией означало не сохранение сил национального движения, а лишь сохранение позиций лидеров этого движения. Население же и без того находилось в тяжком положении, тысячи людей ежедневно гибли от голода, истощения и пыток, погибали на тихоокеанских островах.
Типичным примером разрозненности и в конечном счете беспомощности индонезийского национального движения перед лицом японской военной машины стало восстание в феврале 1945 г. батальона ПЕТА в Блитаре на Восточной Яве. Этот батальон занимался строительством береговых укреплений, а в случае высадки союзников должен был охранять дороги, фабрики и мосты. В батальоне было 10 японских инструкторов во главе с капитаном. Работа была тяжелой, приходилось не только строить заграждения на болотах у берега океана, но еще и трудиться в подсобном хозяйстве, обслуживавшем японских инструкторов. Вместе с солдатами ПЕТА работали «ромуся», согнанные из деревень, вечно голодные, десятками умиравшие от болезней и истощения. Рядом были деревни, разоренные японцами. Так что можно понять, какие чувства преобладали в батальоне.