В начале февраля 1655 г. Алексей Михайлович возвратился было в Москву, где уже не было морового поветрия, но спустя месяц снова отправился на войну в Литву и находился там до 10 декабря. В 15-й день мая 1656 г. царь в третий раз выехал из Москвы в поход, и уже не против польского, а против шведского короля, и воротился в нее только 17 генваря 1657 г. Во все это время Никон оставался в столице главным действующим лицом. Он рассылал воеводам и другим властям грамоты, в которых именем царя и вместе своим указывал высылать из монастырских вотчин то лошадей, то хлебные запасы для царского войска. Иногда (16 августа 1656 г.) слал воеводам свои указы от имени царевича Алексея, а иногда (18 октября) и от своего собственного имени.

В эти годы царского отсутствия из Москвы могущество Никона достигло своей высшей степени. В нем привыкли видеть действительно великого государя, а не по одному имени как бы равного самому царю, и высказывали это даже в печати. В предисловии к Служебнику, изданному в августе 1655 г. по благословению самого Никона, говорится, что Бог даровал России "два великие дара": благочестивого и христолюбивого великого государя царя Алексея Михайловича и великого государя святейшего Никона патриарха; что оба эти великие государи "предстательствоваста" на Московском Соборе 1654 г.; что "богоизбранная сия и богомудрая двоица" по окончании Собора "повелеша" собрать в Москву древние святые книги, "богоизбранная сия сугубица" послали свои грамоты к Цареградскому патриарху Паисию; что по получении ответа от Паисия "благочестивая сия и богомудрая двоица" созвали новый Собор в Москве и пр. В заключение предисловия читаем: "Должно убо всем повсюду обитающим православным народом восхвалити же и прославити Бога, яко избра в начальство и снабдение людем своим сию премудрую двоицу, великаго государя царя Алексея Михайловича и великаго государя святейшаго Никона патриарха, иже... праведно и подобно преданные им грады украшают, к сим суд праведен... храняще, всем всюду сущим под ними тое же творити повелеша... Темже благословен Бог, в Троице Святей славимый, таковых великих государей в начальство людей своих избравый! Да даст же им, государем, по пророку желание сердец их... да возрадуются вси живущии под державою их... яко да под единым их государским повелением вси повсюду православнии народи живуще утешительными песнями славити имут воздвигшаго их истиннаго Бога нашего".

Драгоценные сведения о тогдашнем значении и могуществе патриарха Никона оставил нам архидиакон Павел Алеппский, который именно в это время прожил в Москве почти полтора года (с начала февраля 1655 г. до конца мая 1656 г.) вместе с отцом своим, Антиохийским патриархом Макарием, и имел возможность хорошо присмотреться к Никону и к течению дел в столице Московского государства.

"Любовь царя и царицы к Никону, - пишет архидиакон, - превышает всякое описание. При личном свидании с патриархом царь всегда испрашивает у него благословение и целует его руку, а Никон в то же время целует царя в голову". В частности, Павел передает несколько случаев, в которых выражались особенное благоволение и уважение царя к патриарху. Например, "в 22-й день 1655 г... Никон праздновал новоселье в своих великолепных палатах, которые соорудил сам. Все архиереи, начиная с Антиохийского патриарха Макария, а за ними настоятели монастырей приветствовали Никона и подносили ему сребропозлащенные иконы с хлебом-солью, а некоторые, кроме того, большие вызолоченные чаши, куски бархату, парчи и подобные. Затем поднесены были ему разнообразные дары от белого духовенства, от купечества, от государственных сановников и от других лиц. Наконец, явился с своими приветствиями царь. Сначала он поклонился Никону и поднес ему от себя лично три хлеба с солью и три сорока дорогих соболей, потом столько же хлебов и соболей от своего сына и царицы, столько же от своих сестер, столько же от своих дочерей - всего двенадцать хлебов с солью и двенадцать сороков соболей. И все эти дары одни за другими царь подносил сам своими руками. Никон стоял в переднем углу своей обширной залы, и царь спешно ходил чрез всю эту залу к дверям ее, брал там по частям свои подарки, которые держали стольники, и носил пред лицо Никона, а стольникам только повторял, чтобы подавали скорее. Поднося каждый дар, он кланялся патриарху и говорил: "Сын Ваш, царь Алексей, кланяется Вашему святейшеству и подносит Вам..." и пр. Подобное же говорил, когда представлял дары от своего сына и царицы, от своих сестер и дочерей, называя всех их по именам. От долгого хождения взад и вперед и ношения немалых тяжестей царь очень устал. Все присутствовавшие, особенно пришельцы из Сирии, были поражены таким изумительным смирением и услужливостию царя пред патриархом. В 1656 г., в самый праздник Крещения Господня, когда в Успенском соборе только что окончилась Божественная литургия, за которою присутствовал и царь, ему внезапно подано было донесение от виленского воеводы о блестящей победе царского войска над поляками, покушавшимися взять Вильну обратно. Никон тотчас во всем облачении взошел на амвон, прочел это радостное известие пред всею Церковию и, приветствуя царя, плакавшего от радости, велел возгласить ему многолетие и при этом величать его царем всея Великия, и Малыя, и Белыя России, так как Вильна считалась столицею Белоруссии. Тогда и царь, поздравляя Никона, приказал возгласить ему многолетие и именовать его патриархом всея Великия, и Малыя, и Белыя России. В тот же день, поздним вечером, Никон отправился в свой Иверский монастырь, который сооружал в пределах новгородских на Валдайском озере, а спустя десять дней (17 генваря) царь с несколькими вельможами и другими спутниками отправился в свой царский любимый монастырь преподобного Саввы Сторожевского. Здесь, принимая дорогого гостя, Антиохийского патриарха Макария, и угощая его, царь, когда окончился обед, сам роздал всем участвовавшим в трапезе кубки с вином и первый тост возгласил за здравие отсутствовавшего Московского патриарха Никона. И потом уже, когда пропели многолетие Никону, второй тост возглашен был за здоровье самого царя, и ему пропели многолетие. Февраля 1-го возвратился в Москву из Иверского монастыря патриарх Никон. Для встречи его царь выезжал еще накануне вечером за двадцать верст от столицы".

Пользуясь такою любовию и благоволением государя, Никон высоко себя держал по отношению ко всем мирским людям, даже самым высшим и знатным. "Прежде обыкновенно вельможи входили к патриарху без доклада чрез привратника; если он знает о посещении вельможи, то спешил к нему навстречу и после при уходе его провожал его до наружных дверей. Никон же заставляет вельмож долго ждать, пока не дозволит войти, и они входят к нему со страхом и трепетом и, изложив пред ним свои дела стоя, удаляются, тогда как он все сидит на своем месте..." "Пред своим отправлением в поход (в 1655 г.) государь назначил в Москве наместника и несколько министров, подчинив их наместнику и указав каждому определенную должность, а главным начальником над всеми ими поставил патриарха, так что ни одно дело, важное или маловажное, не могло решаться без доклада ему, что бывает обыкновенно каждое утро. Министры и наместник каждое утро обязаны были являться в присутствие, или совет, к патриарху для обсуждения государственных и общественных дел со всем вниманием; никто из них не смел решить какое-либо дело у себя на дому... Если случалось, что не все министры собирались в совет к тому времени, как раздавался звон колокольчика, приглашавший их войти в палаты патриарха, то опоздавшим долго приходилось ждать, иногда на сильном холоде, пока патриарх не давал им особого приказа войти, - это мы видели собственными глазами, потому что в отсутствие государя наш господин (т. е. патриарх Макарий) ежедневно ходил к патриарху (Никону) осведомляться о здоровье государя и узнавать новости. В этих случаях, пока наш господин оставался у патриарха, министры стояли и дожидались вне патриарших палат. Когда же он дозволял им войти, то обращался к иконам и тихо прочитывал "Достойно есть", между тем как министры кланялись ему в землю все вместе. Затем каждый из них подходил и кланялся патриарху отдельно и получал от него благословение. Разговаривал с ними патриарх стоя. Министры делали ему доклад о текущих делах, и патриарх о всяком деле давал каждому свой ответ и приказывал, как поступить. Сколько мы могли заметить, бояре и сановники не столько боятся своего царя, сколько патриарха, и в некоторых случаях последнего боятся даже гораздо более. Прежние патриархи вовсе не вмешивались в государственные дела, но Никон при своих талантах, проницательности и различных знаниях достиг того, что равно искусен как в церковных, так и в государственных и даже мирских делах, потому что прежде был женат и долго жил в мире. По окончании рассмотрения дел патриарх опять читал "Достойно есть" и, благословив своих посетителей, отпускал их, а сам отправлялся в церковь". Можно судить, как тяжело было нашим вельможам такое отношение к ним патриарха.