Еще сильнее и обширнее, а главное - самостоятельнее и независимее, но, к сожалению, и тяжелее была власть Никона в области дел церковных. Прежде участие государя в этих делах простиралось до того, что по его воле и указанию или с его согласия и утверждения назначались все настоятели монастырей; по его желанию иногда избирались, а всегда им утверждались сами архипастыри; к нему нередко обращались лица духовные с жалобами на решения своих архиереев и самого патриарха. Никон, будучи единогласно избран на патриаршую кафедру, до тех пор отказывался от нее - как передает Павел Алеппский, конечно, на основании слышанного от других, - пока царь Алексей Михайлович не дал грамоты, что "он не будет вмешиваться ни в какие духовные дела и что распоряжения патриарха будут самодержавны, без противоречия и апелляций". И обещание царя соблюдалось в точности. Никон сам по своему усмотрению определял не только на настоятельские должности в монастырях, но и на архиерейские кафедры. "Прежде никто не возводился в сан архимандрита иначе как только по повелению царя, равно как никто и не лишался этого сана, как только по указу царя. Никон уничтожил такое правило. Он раздает эти должности сам кому хочет, без всяких совещаний с кем бы то ни было... Обычай при поставлении епископов теперь такой: патриарх избирает двенадцать кандидатов и, написав имена их на маленьких листках бумаги, втыкает эти листки в восковую свечу, стоящую на престоле, и после трех литургий в следующие три дня призывает дитя и поручает ему взять с престола один из тех листков: чей листок возьмется, тот и признается избранным". Никон никому не подчинялся в своих распоряжениях и решениях и только сам мог изменять их по своему усмотрению. "Если он когда милует кого или прощает кого, то единственно по своему личному побуждению; он не терпит никакого вмешательства в свои дела, и, за исключением царя, никто не осмеливается ходатайствовать пред ним". Сам царь Алексей Михайлович сказал однажды публично при Антиохийском патриархе Макарии и архидиаконе Павле Алеппском, когда принимал их в своем Сторожевском монастыре, одному греческому диакону, запрещенному Никоном и просившему разрешения: "Я боюсь патриарха Никона; может случиться, что он отдаст мне свой посох и скажет: "Возьми его и правь сам монахами и священниками; я не мешаю тебе в управлении воеводами и воинами, зачем же ты идешь мне наперекор в управлении монахами и попами?.." "Таким образом, - пишет Павел Алеппский, - Никон тотчас же после своего восшествия на патриаршую кафедру получил неограниченную власть. Все испугались его, и он до сего времени - страшный тиран для архиереев, архимандритов и для всего священного чина и даже для людей сильных, состоящих на царской службе. На него не имеет влияния никакое ходатайство, кем бы оно ни было ему принесено..."

Ближайшим образом Никону была подчинена его обширнейшая патриаршая епархия. И здесь являлся он самым полновластным владыкою и резко отличался от всех других епархиальных владык. Другие архиереи, митрополиты, архиепископы, епископы, со всем своим духовенством, с монастырями и крестьянами по гражданским, или урядным, делам подлежали Монастырскому приказу; один патриарх со всеми служащими при нем людьми, со всеми своими монастырями и крестьянами был изъят, по самому Уложению, во всяких делах из ведомства Монастырского приказа. И Никон в своей епархии ведал и судил все духовенство, белое и монашествующее, и всех церковных людей и крестьян не только в делах духовных, но и во всяких делах управных на основании известной грамоты, данной еще патриарху Филарету сыном его, царем Михаилом. Несмотря, однако ж, на все это, Никон испросил еще себе в 1657 г. у царя Алексея Михайловича подтверждение как этой грамоты, данной Филарету, так и другой подобной, данной царем Борисом патриарху Иову. Для управления такою обширною епархиею при Никоне, как при Филарете Никитиче и его преемниках, существовали на патриаршем дворе разные приказы "Под патриаршими покоями, говорит Павел Алеппский, - находятся семь присутственных комнат, или зал, в которых заседают семь судей и при них многие чиновники. В каждой присутственной комнате рассматриваются известного разряда дела. В одной разбираются дела, касающиеся монахов и монастырей, и все обвинения против них. В другой - дела белого духовенства: сюда являются все желающие получить свящ. сан и представляют свидетельства о себе от местных прихожан. Есть также присутственная комната и для разбора дел о наследствах... О каждом деле, которое происходит в этих присутственных местах, судьи ежедневно докладывают патриарху и спрашивают, какое ему угодно положить решение... При каждой присутственной зале имеется темница со множеством железных цепей и больших деревянных колодок. Если кто из монастырских властей или из старшего клира совершит какое преступление, то виновного приговаривают к кандалам и осуждают на известный срок сеять муку в монастырской пекарне - мы сами видели их в таком положении. Патриарха окружает множество сановников, состоящих на службе. Некоторым из них он вверяет управление целыми областями (вероятно, где находились его крестьяне и вотчины); другие суть депутаты, казначеи, секретари по разным делам. Иные состоят надзирателями над его казначейством, другие - над подвалами, третьи - над кладовыми, четвертые заведуют приходами, пятые - расходами" и пр. В других местах Павел Алеппский рассказывает о строгостях Никона к подведомому духовенству: "Патриаршие стрельцы постоянно обходят город и, как только встретят священника или монаха нетрезвого, немедленно берут его в тюрьму и подвергают всякому поношению - мы сами видели патриаршие тюрьмы, наполненные этими несчастными, которые находились в самом плачевном положении, обремененные тяжелыми цепями и колодами на шее и ногах... От того отступился Бог, на того изливается гнев его, кто в чем-либо провинился пред патриархом, кто замечен им или в пьянстве, или в нерадивом исполнении пастырских обязанностей, - такой немедленно присуждается к ссылке. В прежнее время монастыри сибирские были почти пусты. Никон же успел наполнить их монастырскими властями, священнослужителями и преступными монахами. Если кто-либо из священников оказывается в чем-либо виновным, Никон тотчас снимает с головы его скуфью, что почти равняется запрещению в священнослужении..." Посетили патриарх Макарий и сын его, архидиакон, Свято-Троицкую Сергиеву лавру, и там "мы сами видели, - свидетельствует последний, - только что выстроенную деревянную келью без окон и без всякого отверстия, кроме дверей, и в ней троих заключенных. На вопрос об них нам сказали, что это бывшие дьяконы, которые, овдовев, оставили места своего служения и поженились в другой раз. Но едва только узнал об этом патриарх, как приказал заковать их, отослать в Сергиев монастырь и здесь посадить в названную келью и не давать им пищи, пока не умрут с голода. Когда мы проходили мимо их, они плакали и издавали такие жалобные вопли, что у нас сердца надрывались. Несчастные подали нашему господину просьбу походатайствовать за них, чтобы им дозволено было поступить в монахи, надеясь хоть этим спастись от горькой смерти. Наш владыка принял в них участие, и по его ходатайству они были освобождены".

Никон как патриарх наследовал от своих предместников огромное количество вотчин и других земельных владений, так что и в этом отношении занимал одно из первых мест в ряду русских владельцев и государственных сановников и равнялся с знатнейшими из них обширностию своей власти. При всем том Никон, пользуясь расположенностию к нему царя Алексея Михайловича, умел еще более распространить свою владельческую область, в которой являлся почти самостоятельным государем. Царь не только жаловал по просьбе Никона новые земли патриаршему дому, или кафедре, как бывало и при прежних патриархах, например в 1653 г. пожаловал два учуга - Комызяк и Чеганчету в Астрахани, но пожаловал в 1654 г. село Антоново и деревню Юрьевку в Курмышском уезде Никону лично "в особ, не в домовыя патриаршия земли". Этого мало. Несмотря на то что по Уложению, против которого так восставал Никон, прямо запрещено было патриарху, как и другим архиереям и всем духовным лицам, умножать свои недвижимые имения посредством покупки, для Никона делались и здесь исключения. Царь дозволял Никону покупать новые земли и вотчины как на его собственное имя, так и для трех новых, основанных самим Никоном и излюбленных им монастырей.