Никону, когда он был еще митрополитом Новгородским, полюбилось во время его ежегодных переездов из Новгорода в Москву одно небольшое и малолюдное село Валдай и находившееся при нем большое озеро Валдайское со множеством островов, покрытых лесом. И у Новгородского владыки тогда еще родилось желание устроить на одном из островов этого озера общежительную обитель. В 1652 г., путешествуя на Соловки за мощами святителя Филиппа, Никон имел однажды на море, как сам рассказывает, сонное видение: ему явился святитель Филипп и укреплял его на то "благое дело". И Никон, пробудившись от сна, дал обет воздвигнуть на Валдайском озере монастырь и в нем две церкви: одну во имя чудотворной иконы Богоматери Иверской, копию с которой он достал себе с Афона, когда был еще новоспасским архимандритом, а другую во имя святителя Московского Филиппа. Возвратившись в Москву с мощами святителя и затем сделавшись патриархом, Никон открыл свое желание и свой обет царю Алексею Михайловичу и просил пожаловать место для построения монастыря. И государь пожаловал из своих дворцовых сел как на устроение монастыря, так и на пропитание будущей в нем братии село Валдай с озером Валдаем, а также окрестные села и деревни с пустошами, озерами и всякими угодиями. Никон отправил надежных людей и во главе их архимандрита новгородского Свято-Духова монастыря Иакова избрать один из Валдайских островов, наиболее пригодный для построения на нем монастыря. Когда остров был избран, Никон, одобрив избрание, прислал в сентябре 1653 г. архимандриту Иакову благословение приступить к постройке монастыря и вместе образ Пречистой Богородицы Иверской пядницу, обложенный чеканным серебром, позолоченный и украшенный драгоценными камнями. А Новгородский митрополит Макарий, в епархии которого находился Валдай, прислал тому же архимандриту по приказанию Никона благословенную грамоту на сооружение как монастыря, так и двух деревянных церквей, соборной во имя Иверской иконы Богоматери и трапезной во имя святителя Филиппа, и два антиминса, с тем чтобы сам архимандрит и освятил обе церкви по окончании их. Валдайское озеро Никон велел в октябре с соизволения государя называть "Святым озером", самый монастырь Иверским, и вскоре за тем и село Валдай переименовано в Богородицкое. Наделив новостроящийся монастырь несколькими из своих дворцовых сел, царь дозволил еще Никону вопреки своему Уложению приобретать для того же монастыря вотчины покупкою. И Никон в ноябре купил в Клинском уезде село Щапово с деревнями да 60 пустошей. А царь в следующем месяце пожаловал на Иверский монастырь несколько новых рядков в Новгородском уезде с их угодиями и целый боровицкий Яковлевский монастырь с его вотчинами - и все это пожаловал Никону, как сказано в царской грамоте, "к новому его монастырю в монастырские земли, а не в домовые патриарши вотчины".
В начале 1654 г., когда Иверский монастырь был уже окончен строением и обеспечен средствами, Никон позаботился о его церковном возвышении и внутреннем устройстве. Отпустив архимандрита Иакова на его прежнюю должность в Новгород, Никон избрал для своего монастыря нового настоятеля по имени Дионисий, "мужа искусна и Божественному писанию исполнена, добродетельна, незлобива и кротка", произвел его в архимандрита и "чести ради той св. обители" благословил его и его будущих преемников служить Божественные службы в митре, с палицею, с ковром, с сулком на посохе, с рипидами, с осенением и занимать при соборных служениях и заседаниях четырнадцатое место после сторожевского архимандрита. В то же время патриарх послал нового иверского архимандрита Дионисия с двумя другими настоятелями монастырей в Боровицкий монастырь, чтобы они перенесли оттуда с подобающею честию мощи святого праведного Иакова Боровицкого в Иверский монастырь, а сам устроил в Москве на собственные деньги сребропозлащенную раку для этих мощей и четыре сребропозлащенные ковчега, в которые вложил части мощей четырех Московских святителей: Петра, Алексея, Ионы и Филиппа. С этими ковчегами и ракою Никон отправился сам в Иверский монастырь, а Новгородского митрополита Макария послал для сретения мощей святого Иакова Боровицкого. Макарий встретил мощи за двадцать верст от Иверской обители в селе Едрове, туда же спустя три-четыре часа прибыл и Никон с святынею из Москвы. Оба крестные хода здесь соединились и 24 февраля с великим торжеством внесли всю принесенную святыню в соборную церковь Иверской обители. Чрез два дня Никон вместе с митрополитом Макарием и многочисленным духовенством переложил мощи святого Иакова Боровицкого в новую раку, совершил литургию, щедро обделил всю братию, которой было тогда уже "пять пятериц со единем", царскою и своею милостынею, сам избрал и освятил место для созидания каменной соборной церкви и дал обители уставную грамоту, собственноручно им написанную, для постоянного руководства. Скоро Никон купил для Иверского монастыря новые села и деревни, а царь, утверждая за монастырем своею грамотою от 6 мая "вовеки неподвижно" все его вотчины, жалованные, купленые, меновые и закладные, пожаловал ему еще: в Короцком погосте Покровский монастырь с крестьянами и со всеми угодьями; в Деревяницком погосте Лисий, или Лисич, монастырь со всеми вотчинами; в Москве для приезда монастырских властей двор, где прежде останавливались греки, между Богоявленским монастырем и подворьем Новгородского владыки; в Старой Руссе шесть соляных варниц с заводами, амбарами и двором и пр. Это было еще до отправления Алексея Михайловича на войну против поляков и до появления морового поветрия в Москве. А к концу года, когда Никон представил царю, возвращавшемуся уже с войны, в Вязьме все его семейство, царь в благодарность Никону, сохранившему своими "молитвами" и своим "бодроопасным тщанием" это семейство от поветрия, пожаловал еще 5 декабря на Иверский монастырь свою вотчину - пригород Холм с крестьянами, деревнями и угодиями, взамен которой, впрочем, спустя месяц велел отвести монастырю целых пять погостов в Старорусском уезде также с деревнями, с крестьянами и со всякими угодиями.
Начало 1655 г. ознаменовалось для Иверской Свято-Озерской обители переселением в нее иноков Кутеинского монастыря из-под Орши. Этот многолюдный монастырь, славившийся строгостию своего общежития и особенно благочестием своего основателя и игумена Иоиля Труцевича, много пострадал тогда вместе с другими белорусскими монастырями по случаю военных обстоятельств. Патриарх Никон, наслышавшийся о достоинствах Иоиля и его обители, просил царя Алексея Михайловича, чтобы он повелел перевести кутеинскую братию в Иверский Свято-Озерский монастырь "ради устроения в нем общаго жития". Царь охотно дал повеление, и Иоиль немедленно покорился желанию патриарха и покинул родной край. Но дряхлый старец во время переселения скончался на пути в местечке Болдине и завещал братии перенести его тело в Иверскую обитель, сказав: "Аз послушание мое к пастырю (Никону) и по смерти сохраню". Сопутствовавшие Иоилю кутеинские монахи тотчас же избрали себе (в феврале 1655 г.) на место его нового игумена Дионисия, бывшего у них наместником, и Никон утвердил его настоятелем своего Иверского монастыря, а впоследствии возвел и в сан архимандрита, дав прежнему иверскому настоятелю, архимандриту Дионисию, настоятельское место в другом монастыре. Впрочем, теперь переселилась в Иверский монастырь только часть иноков из Кутеинского монастыря, многие же еще остались в этом же монастыре или разошлись по другим белорусским обителям. Потому Никон послал наместника Иверского монастыря Филофея с грамотою своею от 20 октября 1655 г. пригласить и остальных кутеинских монахов из Белоруссии в Иверскую обитель и перевезти сюда из Кутеинского монастыря "печать книжную со всяким нарядом, и печатныя книги, и печатных мастеров". В этой перенесенной в Иверский монастырь типографии со временем было напечатано несколько книг. Некоторые из переселившихся сюда кутеинских монахов были люди образованные: одни из них занимались впоследствии по поручению церковных властей переводами на русский язык литовско-польских хроник и других сочинений, другие - переплетным мастерством, третьи - резьбою на дереве, и под их влиянием при Иверском монастыре возникло и процвело изразцовое дело. Патриарх Никон, очень довольный поселением в его излюбленной обители таких иноков, начал просить государя о новых ей милостях, и государь велел (7 мая и 3 декабря 1655 г.) приписать к Иверскому монастырю еще четыре монастыря со всеми их вотчинами и угодиями: в Клину - Успенский, в Твери - Федоровский, в Торжке - Рождественский и в Старой Руссе - Спасский. Первые три монастыря пожалованы с целию, чтобы Никон мог иметь в них остановку и отдых во время своих поездок в Иверскую обитель.