Впрочем, сам Тимофеев не стремился создать некое последовательное историческое описание событий конца XVI — начала XVII века, ибо Тимофеев больше размышляет, чем рассказывает о случившемся. Главная тема всего повествования — размышления потрясенного событиями Смуты автора над причинами «разорения» России.
Само по себе потрясение, которое испытал Иван Тимофеев, вполне понятно. Он был уверен в особом, Богом данном, предназначении России, верил в то, что Россия будет вечно и неколебимо стоять под небесами. И недаром в разных местах своей книги он пишет, что Россия — это «как бы другой Рим», это «часть вселенной под небом», воплотившая в себе «все благочестие» мира. Следовательно, «разорение» «другого Рима» (иными словами — «Третьего Рима») могло свершиться только по воле Божией. Саму же Россию Тимофеев уже в заглавии вступительной главы именует «Новым Израилем», позднее это именование повторяется еще несколько раз. Вообще, «Временник» полностью проникнут апокалиптикой, ожиданием конца света и связанными с этими идеями ветхозаветными аналогиями. Даже само название — «по седмой тысящи от сотворения света во осмой в первые лета» — свидетельствует, что Смута, по мнению Ивана Тимофеева, является доказательством истинности давнего убеждения: восьмая тысяча от сотворения мира — это время воцарения Антихриста.
Поэтому религиозно-мистическая основа «разорения» Ивану Тимофееву ясна — Россия наказана Господом «за грехи наши». Самому понятию греха Тимофеев придает всеобъемлющее значение, ибо виновно все русское общество: «Все от младенца до старцев согрешили»; «Ибо согрешили все от головы до ног, от великих до малых, т. е. от святителя и царя, от иноков и святых».
Только подобная всеобщая виновность всего русского народа перед Господом и могла стать, по убеждению Тимофеева, причиной глобальных бедствий. И недаром он пишет: «Не чужие нашей земли разорители, а мы сами ее погубители».
Главный же грех конечно же заключается в том, что русские люди в «безумной гордости» своей утеряли страх Божий и уклонились от заданного Господом пути: «Ради этого на нас, как знающих Его волю и не исполняющих ее, прежде всех народов пало гневное определение Божие, и Он наказаниями, как рулем, обращает нас к Себе от уклонения с пути Его».
Однако Тимофеев не останавливается лишь на утверждении всеобщего морального несовершенства и нравственного оскудения русского народа. В отличие от других мыслителей Смутного времени, он стремится определить степень виновности различных слоев русского общества. Таким образом, Тимофеев переносит акцент из моральной сферы в область социальных отношений.
Простой народ, перестав бояться Бога, утерял, по мнению Тимофеева, основу всякого благоустроенного общества — истинное «самопослушание». Забыв о «страхе Божием», народ стал бояться только своих властителей, оказывая им честь, «едва не равную Богу». Однако подобное «самопослушание» властителям, т. е. таким же людям, противно Богу. Ведь столь «самопослушный» народ подобно «рыбам безгласным» развращает властителей, поскольку своим «бессловесным молчанием» оправдывает всяческий произвол. И на протяжении всего своего сочинения Иван Тимофеев многократно подчеркивает более чем пагубную роль «бессловесного молчания» народа в различных конкретных исторических событиях Смуты.
В свою очередь, властители, привыкшие к безусловной покорности народа и тоже забывшие страх Божий, начали произвольно менять древние порядки, установления, добрые обычаи. Забыв о нуждах государства и народа, они преследовали только собственные интересы. И тем самым все больше теряли авторитет в глазах своих подданных. В итоге же все общество утеряло «между собой общий любовный союз» и впало в «разногласия и небратолюбивое расхождение»: «Все у всех начало совершаться против установленных прежними царями законов; малые стали одолевать великих, юные старых, бесчестные — честных и рабы — своих владык».
Подобная ситуация, которую Тимофеев рассматривает как социальную причину «разорения», привела к тому, что во всем русском обществе «загорелся огонь соблазна самовластия» — «во всем поступать по своему безумному хотению». Как сторонник истинного, древнего «самопослушания» Тимофеев резко осуждает «самовластие», особенно когда этому соблазну оказывается подвержен простой народ. Ведь в этом случае «лишенная разума чернь», задумавшая «управляться сама собой», «уподобляется скоту» и ввергает государство в еще более страшную пучину бедствий.
В своих рассуждениях Тимофеев старается определить и конкретных виновников «разорения». Отсюда возникает еще одна сквозная тема всего «Временника» — роль личности в истории. И недаром Тимофеева интересует изображение сложности, противоречивости, изменчивости человеческого характера, а его сочинение превращается в собрание характеристик деятелей времен Смуты. При этом автор сознательно избегает характеристик однотонных, старается дать многомерные портреты различных людей, найти истинные мотивы людских поступков, взвешивая на весах справедливости доброе и злое в душах своих героев.
Вполне понятно, что наибольшее внимание Тимофеев уделяет личностям «властителей» — русским царям, которые являются ведущими участниками русской истории и, следовательно, несут особую ответственность за совершенные деяния. Начало трагедии русского общества, по мнению Тимофеева, положил Иван Грозный, поведение которого во времена опричнины Тимофеев осмысливает как ужасную игру людьми — «тако Божиими людьми играя». Разлад в обществе несколько утих при Федоре Ивановиче, отличавшемся благочестивостью и добродетельностью. Однако, как пишет Тимофеев, «хотя державный Федор, благочестиво и пресветло над нами царствующий, богател своими добродетелями, но не мог, при случившихся несчастиях, один покрыть своим избытком нашу скудость и недостаток в добрых делах».
И Ивана Грозного и Федора Ивановича Тимофеев не подвергает жесткому осуждению. Причина в том, что он считает их «законными», т. е. истинными богоданными государями, получившими престол по праву наследия. Зато после смерти Федора Ивановича, когда династия Рюриковичей пресеклась, на престоле один за другим оказываются властители незаконные. Эти государи вознеслись к власти исключительно благодаря «бессловесному молчанию» народа, да и сами, даже будучи боярами, оставались «рабами»: «Начали возводить на верх царства рабов — людей из среды бояр».
Главную персональную вину за все последующие события Тимофеев возлагает на Бориса Годунова — первого, кто беззаконно захватил царский престол. Поэтому, отмечая многие достоинства этого правителя, автор «Временника» в то же время гневно осуждает Бориса за гордость, жестокость, коварство, непомерное властолюбие. Еще при Федоре Ивановиче Борис Годунов запятнал себя многими богомерзкими поступками, и особенно — убийством царевича Димитрия. Множились недостойные деяния Бориса и во время его царствования. Все это в итоге привело к окончательному разложению русского общества и рождению Смуты. И как бы подчеркивая то, что Борис Годунов не был достоин царского звания, Тимофеев дает ему уничижительную характеристику — «рабоцарь».
Размышляя над причинами бедствий, постигших Российское государство, Иван Тимофеев, естественно, пытается определить и пути выхода из сложившейся ситуации. А выход один — познать грехи, покаяться в них и возвратить утерянное: веру, единомыслие, общественное согласие, древние обычаи общественного устройства. Как пишет Тимофеев: «До тех пор, пока не совокупимся в братской любви, как достойно быть по Писанию, — враги наши и далее не перестанут вредить нам и одолевать нас».
Впрочем, сам Тимофеев, находящийся под впечатлением Смуты, высказывает серьезные сомнения в возможности нового объединения всего русского общества: «Наша неспособность к совместному объединению… и доныне во всем нашем народе не допускает твердого и доброго содружества, потому что мы поражены страхом перед неблагонадежными». Даже выборы «всем миром» нового царя Михаила Федоровича Романова, которого сам Тимофеев всячески превозносит, не снимают его сомнений. Он уже не верит в способность всеобщего «большого собрания» русского народа найти всех устраивающее решение: «Такое собрание у нас из-за страха невозможно».