Перу Афанасия Холмогорского принадлежит несколько сочинений (его авторство некоторых из них было установлено уже позднее) — «Шестоднев», «Увет духовный» (1682), «Книга православного исповедания» (другое название — «Книга о пресуществлении») (1688), «Щит веры» (1690), различные поучительные сочинения, послания, а также составленный им «Лечебник».

В полемических трактатах Афанасий Холмогорский проявил себя твердым сторонником «грекофильства», более того, одним из активных идеологов этого движения.

Автором «Увета духовного» долгое время считался патриарх Иоаким, но более поздние исследования подтвердили авторство этой книги Афанасия Холмогорского. Книга была написана летом 1682 года всего за пятьдесят дней, по горячим следам знаменитых прений православных иерархов со старообрядцами, проходивших в Грановитой палате в присутствии царского семейства. Уже 20 сентября эта книга вышла в свет тиражом 1200 экземпляров, а позднее несколько раз переиздавалась (в XVIII веке), а также расходилась в рукописных списках. Этому изданию придавалось большое значение, оно рассылалось по епархиям, его предписывалось распространять по приходам (уже в октябре 1682 года в Новгородскую епархию отправили 20 экземпляров книги). По сути дела, «Увет духовный» стал одним из главных антираскольнических сочинений XVII столетия.

Главная тема этого сочинения — опровержение доводов старообрядцев. Автор стремится уберечь православную паству от влияния «безумных мужиков», доказать ей, что «есть здесь в России во святых Божиих храмех благолепие». Кроме того, он стремится убедить читателей в том, что необходимо «слушати государей своих и пастырей и начальников».

«Увет духовный» показывает Афанасия Холмогорского как хорошего знатока святоотеческой и другой православной литературы, ведь в основу книги Афанасий положил многочисленные выписки из древних греческих и славянских книг. На этом материале он доказывал необходимость и истинность церковной реформы и «благочестие» изменения «старых» обрядов. Последователей же «старой веры» он обвинял не только в отступлении от истинной православной веры, но и в элементарном незнании и невежестве, называя их, как уже отмечалось, «безумными мужиками».

«Безумие» старообрядцев в конечном итоге оборачивается их «бесовством». В частности, именно «бесовским делом» старообрядцев он называл многочисленные акты самосожжения в старообрядческих общинах. По его убеждению, «огненная смерть», к которой прибегали старообрядцы в ожидании немедленного попадания в Царствие Небесное, на самом деле обрекает человеческую душу на вечную гибель, ибо сам человек не силах решать, когда наступит его смертный час. Следовательно, массовое самоубийство, да еще в огне, — это истинно «бесовское дело».

Активное участие принял Афанасий Холмогорский и в полемике с «латинствующими» по поводу вопроса о времени пресуществления Святых Даров. Этому посвящена «Книга православного исповедания». Т. В. Панич недавно подробно проанализировала эту книгу, придя к выводу, что и здесь автор выступает в защиту православной точки зрения, подкрепляя свою позицию многочисленными выписками от «апостольских и отеческих догмат и преданий». Необходимо особо подчеркнуть последнее — в основе методологии Афанасия Холмогорского опять же лежало догматическое мышление. Ведь одной из главных задач он видел сохранение и укрепление византийских традиций, ориентировался на греко-византийскую догматику и святоотеческое наследие.

Другое полемическое сочинение, «Щит веры», помимо борьбы с «латинством» по вопросу времени пресуществления, написано еще и с целью опровержения иных католических и латинских идей, проникших на Русь. Эта книга готовилась к печати, но так и не была напечатана (на сегодня обнаружено 12 списков этой книги). «Щит веры» сыграл большую роль в борьбе «грекофилов» с «латинствующими», ибо, основываясь во многом на мнении Афанасия Холмогорского, церковный Собор 1690 года принял решение, осуждающее «латинствующих».

Однако Афанасий Холмогорский интересен и другим, а именно тем, что на его примере можно увидеть, как в казалось бы догматическое мышление одного из идеологов «грекофильства» проникают новые веяния. Во всяком случае, анализ «Шестоднева» показывает, что Афанасий Холмогорский интересовался научными знаниями. Так, теперь, видимо, не подлежит сомнению, что он признавал шарообразность земли и сферическую форму неба: «Велики суть небеса и многим болши земля. И земля посреде их, яко тычка в крузе, ни на чем и с водами, сиречь с морми, Божиим повелением поставлена и утвержена». В другом месте он пишет: «Тако же и земля. Аще и горы и холми на себе имеет, но обаче кругла разумевается». Кроме того, в «Шестодневе» можно увидеть попытки рационального объяснения различных природных явлений.

Естественно, что этим мыслям и высказываниям не стоит предавать слишком уж широкого толкования. Все же по своим религиозно-философским предпочтениям Афанасий Холмогорский оставался в русле восточной догматики, признавая, что основой бытия является Господь: «Зане всемощен и творит, яко же хощет».

«Латинство» — это условное название, которое дали сторонники официальной церкви тем деятелям церковной реформы, которые связывали необходимость изменений в религиозно-философской жизни России с распространением западноевропейского опыта, светской науки и светского образования. Думается, использование этого термина вполне оправдано и сегодня, ведь те рационалистические методы мышления, принципы рационально-критического отношения к вероучительным и богослужебным текстам, за которые ратовали «латинствующие», и в самом деле были ими почерпнуты с Запада. Другой вопрос: насколько потребность в распространении «рациональной методы» была оправдана внутренним развитием русской религиозно-философской мысли?

Думается, что появление «латинства» оказывается вполне закономерным. Уже говорилось, что к середине XVII столетия русская религиозно-философская мысль практически полностью исчерпала собственные возможности в осмыслении места России в окружающем мире. «Грекофильство» предложило новый, как казалось, путь — изменение традиционной русской обрядности в соответствии с обрядностью греческой церкви. Однако в стиле, в методологии мышления ничего нового предложено не было, ибо одна догматика как бы подправлялась другой догматикой. При этом многие новшества, предложенные «грекофилами», вызывали или протест, или несогласие. В принципе начало рационально-критического осмысления действительности теперь было делом времени.

Во второй половине XVII столетия возникла необходимость самостоятельного мышления, критики того положения вещей, когда русские, в сознании своего бессилия во всем, пассивно шли за своими греческими руководителями, беспрекословно соглашаясь с ними во всем, не пытаясь и не решаясь оказать им в чем-либо противоречие и выступить против них с чем-либо своим.

Нельзя не отметить и тот факт, что объективное развитие страны, и субъективные желания правящих кругов, особенно светских, если уж не требовали, то, во всяком случае, предлагали искать новые варианты, новые принципы, которые могли бы придать дополнительные импульсы для движения России по историческим дорогам. Не случайно поэтому значительное влияние «латинство» приобрело именно при дворах царей Алексея Михайловича и Федора Алексеевича, а затем и при дворе Софьи Алексеевны, довольно благосклонно относившихся к западным новшествам.

Однако уже в 80-е годы XVII века ситуация изменилась и «латинствующие» были осуждены на Соборе 1690 года. Впрочем, идеи, которые посеяли «латинствующие» на русской почве, уже вскоре, во времена царя Петра Алексеевича, дали самые бурные всходы.