Однако наряду с этой основной линией богословской и научной мысли, начиная с XVI-XVII веков и особенно в последующее время в определенных общественных кругах все активнее развивается и широко пропагандируется мысль о саморазвитии мира, самовозникновении жизни и самого человека. Из этого истока родились псевдорелигиозные, атеистические и антирелигиозные настроения, целые философские системы. Отсюда вышла и идея несовместимости и противоборства науки и религии, которая актуальна для естественнонаучной апологетики до настоящего времени. Теперь, когда естественные науки убедительно свидетельствуют о том, что все уровни микро-, макро- и мега-мира: материальный, биологический, психический, нравственный и духовный — все вместе и каждый в отдельности настолько разумно организованы и так соотносятся между собой, что, фактически, не остается сомнений в антропном принципе устройства мира, — естественнонаучная апологетика как никогда достигает своей цели, показывая, что наука и религия не только не враги, но каждая из них своими средствами открывает человеку существование высшего Разума — Бога.

Естественнонаучная апологетика имеет едва ли не столько же аспектов, сколько естествознание насчитывает у себя отдельных наук. Однако некоторые из них имеют приоритетное значение. Обусловлено это тем, какое «внимание» уделяется той или иной науке атеистической критикой. Ими обычно являются антропология, психология, биология, космология. Основной проблемой дискуссии между религией и атеизмом (но не между религией и наукой!) на пространстве этих наук является причина , или источник (Бог или материя?) возникновения Вселенной, происхождение жизни и человека.

Апологетика, таким образом, ставит своей целью такое раскрытие и обоснование христианской веры, которое позволило бы каждому человеку, ищущему смысла жизни увидеть, что христианство это не слепая вера, но религия действительно отвечающая основным жизненным запросам человеческого бытия. Этим объясняется и специфика данной богословской науки, заключающаяся, прежде всего, в том, что она обращается не только к Библии и святоотеческому учению, но и к нехристианской религиозной и философской мысли, к достижениям естественных и гуманитарных наук, к истории, искусству — культуре в целом.

В то же время всегда актуальным остается предупреждение Господне:

(Мф. 7, 6). Это заповедь рассмотрительного отношения к проповеди, чтобы она не оказалась раздражающим вызовом для неподготовленных и духовно неспособных к ее восприятию. Апостол Павел наставляет своего ученика Тимофея и в его лице каждого христианина:

(2 Тим. 2, 23-25).

Для более удобного рассмотрения историю апологетики обычно разделяют на периоды. Поскольку строго установленной периодизации не существует, в данном обзоре предлагается следующее деление:

1. Раннее христианство и эпоха Вселенских Соборов (II-VII вв.)

2. Средневековье и эпоха Возрождения (VIII-XV вв.)

3. Новое время (XVI-XIX вв.)

4. ХХ век

5. История русской апологетики.

Необходимость защиты своей веры имела место и до появления христианства. В иудейской среде это нашло, например, отражение в трудах Филона Александрийского, Иосифа Флавия и др. Христианские писатели были не только знакомы с методами, аргументами и идеями иудейской апологетики, но и использовали их [6] . Первые христианские апологетические элементы встречаются уже во многих местах Евангелий, Деяний и посланий апостольских, особенно у апостола Павла. Апостол Петр призывает каждого христианина быть готовым дать ответ всякому, требующему отчета о его христианской надежде (1 Пет. 3:15).

В первые века христианства появляется и особый жанр богословско-полемических сочинений — апологии. Раннехристианские апологии имеют два адресата: иудейство и язычество, по разным причинам противостоящие христианству.

— пишет ап. Павел, —

(1 Кор. 1:23). Защита от тех и других имела свою ярко выраженную специфику. Если с иудеями дискуссия шла, главным образом, о мессианском достоинстве Иисуса Христа, Его Божественности, то с язычниками — о единстве Божества, уникальности Богоявления во Христе, лживости различного рода обвинений против христиан и несправедливости гонений на них. Как писал В. Болотов, эти апологии были одной «из форм обращения к общественному мнению». Они, «хотя и медленно, но верно достигали своей цели: они знакомили общество с христианством и разрушали предрассудки и предубеждения против христиан»  [7] . Что особенно обращает на себя внимание в апологиях древнего периода — это их духовная сила, засвидетельствованная исповедничеством и мученической кровью многих самих писателей и их учеников.

С прекращением гонений на христиан в IV веке характер апологетики меняется — от борьбы с внешними врагами она постепенно переходит к защите чистоты веры и нравственности от их искажения внутри самой Церкви. В основном эта борьба носит чисто богословский характер и свое завершение находит в решениях Соборов IV-VIII вв. Однако эта сфера богословской деятельности уже выходит за границы собственно апологетики.

Апологетика этого периода ориентирована, с одной стороны, на полемику с возникшей в VII в. новой и очень активной религией — исламом (хотя не оставляются и прежние вопросы, связанные с неоплатонизмом и особенно иудаизмом), с другой — на борьбу с реанимируемым язычеством и антропоцентризмом, порожденным эпохой Возрождения. Однако апологетических работ, оставшихся от этого периода, немного. Первое из византийских сочинений, полемизирующее с мусульманством — «Разговор сарацина и христианина» — принадлежит перу прп. Иоанна Дамаскина. Он же пишет «Источник знания» — обширную работу, обобщающую и классифицирующую плоды христианского богословия предшествующих веков, но также включающую идеи апологетического и философского характера. Из других работ, посвященных борьбе с исламом, можно отметить сочинения Никиты Византийского, императора Иоанна VI Кантакузена. В начале XII в. Николай Мефонский пишет обширный апологетический трактат «Опровержение богословского наставления Прокла Платоника».