На Западе центром апологетической деятельности в эту эпоху была Испания. Здесь в 1250 году для подготовки апологетов с целью борьбы с исламом и иудейством был открыт специальный институт, в котором преимущественное внимание обращалось на изучение еврейского и арабского языков. Необычной для того времени была работа кардинала Николая Кузанского «Опровержение Корана», в котором он указывал на тесную связь мусульманства с христианством.

Политическое могущество Католической церкви в этот период, отсутствие у нее внешних врагов и широкий интерес клира и образованных кругов к античной мысли способствовали интенсивному развитию философской и богословской мысли и возникновению т. н. схоластики. Последняя одной из важнейших своих задач поставила систематизацию теологии и ее философское обоснование. Схоластами были сформулированы многие доказательства бытия Божия; выдвинута концепция т. н. «двойственной истины», предполагающая непротиворечивое и независимое сосуществование истин веры и истин разума, из чего в принципе следовала возможность рационального обоснования всех христианских истин; была проведена огромная работа по созданию богословских систем и разработке методов богословско-философского анализа.

В грандиозных «Суммах теологии» (Петра Ломбардского, † 1160, Фомы Аквинского, † 1274) делается попытка охватить всю совокупность вопросов, относящихся к учению о Боге, мире и человеке, и обосновать истины Откровения с позиций «чистого» разума. Наиболее видное место в этих работах занимают те части, которые назывались богословие рациональное, главное, естественное, иногда — основное. Особенно много сделали в разработке этих разделов знаменитые столпы схоластики, Ансельм Кентерберийский и Фома Аквинат.

Однако своим подходом к богословию схоластика закладывала основы и того глубокого рационализма, который привел западную мысль к многим самым негативным последствиям. В схоластике происходила «практически тотальная десакрализация содержания веры» . «Прокламируя примат богооткровенной истины над истиной позитивного знания и непререкаемый авторитет Священного Писания и Священного Предания, в своем реальном интеллектуальном усилии схоластика по всем параметрам фактически остается чисто рациональной деятельностью логико-спекулятивного плана»  [8] . Заповеданное Апостолом

(Евр. 11:3), в ней, несмотря на внешне декларируемое «Credo, ut intelligam», прямо трансформировалось в позицию: «Познаём, чтобы веровать».

Поскольку спасение человека обусловлено не просто ортодоксальностью его веры, но и правильностью состояния его души, в истории Церкви наряду с борьбой за истину веры идет не менее серьезная и острая борьба за истину жизни. Защита принципов духовной жизни является одним из самых серьезных и тонких направлений в апологетике. Возникало оно постепенно. Но особенное развитие стало получать в результате схоластического развития богословия в Западной Церкви и его отрыва от святоотеческого опыта.

В. Н. Лосский отмечает: «Нужно было произойти какому-то рассечению между опытом и общей верой, между личностной жизнью и жизнью Церкви, чтобы духовная жизнь и догмат, мистика и богословие стали двумя различными сферами, чтобы души, не находя достаточной пищи в богословских «Суммах», с жадностью искали рассказов об индивидуальном мистическом опыте»  [9] .

Прекрасный знаток духовной литературы Востока и Запада свт. Игнатий (Брянчанинов) указывает и на конкретные временные координаты возникновения ложного направления в недрах Западной церкви. Он пишет: «Преподобный Венедикт [† 544 г.], святой папа Григорий Двоеслов [† 604] еще согласны с аскетическими наставниками Востока; но уже Бернард Клервосский (XII в.) отличается от них резкою чертою; позднейшие уклонились еще более» . И так оценивает их мистический опыт: «Они тотчас влекутся и влекут читателей своих к высотам, недоступным для новоначального, заносятся и заносят. Разгоряченная… мечтательность заменяет у них все духовное, о котором они не имеют ни малейшего понятия. Эта мечтательность признана ими благодатию»  [10] .

Разрыв единой Вселенской духовной традиции привел к появлению многих и не редко далеко уходящих от Церкви аскетов-мистиков и мистических течений. Иоанн Скот Эриугена († ок.877), аббат Иоахим Флорский († 1202), Франциск Ассизский († 1226), блаж. Анжела († 1309), мейстер Экхарт († 1328), Катарина Сиенская († 1380) и др. оказали большое влияние на последующее, вплоть до настоящего времени, развитие как церковно-католического, так и внецерковного мистицизма. Борьба за чистоту и трезвенность духовной жизни, полемика с различными мистическими направлениями, уводящими от Христа, является одной из ярких страниц апологетики.

Наступившая с XIV века эпоха Возрождения во всей силе обнаружила скрытый рационализм, мистицизм и обмирщенность западного богословия. Этому способствовали переводы древних греческих и римских философов, которые открыли Западу античную культуру в новом для него и более привлекательном свете, нежели христианские духовные ценности. В результате место Бога и веры в обществе все активнее занимает Человек и его разум, со всеми вытекающими отсюда последствиями. В западном мире начинается открытое отчуждение от христианства, неверие. Возрожденческий антропоцентризм явился серьезнейшим вызовом христианству. Однако там оно уже не могло оказать достойного сопротивления всё усиливающейся волне десакрализации Бога, человека и мира. Из более известных апологетов и их трудов в этот период можно назвать: «Торжество креста против мудрых века» Иеронима Савонаролы и «Естественное богословие» Раймунда Сабундского, в котором делается попытка все библейские истины веры логически вывести из рассмотрения природы и ее законов.

Реформация и связанная с ней религиозная борьба явились sui generis констатацией развития того серьезного духовного кризиса западной церкви и всего общества, который особенно ощутимо начался со времени Раскола XI века. Реформация не просто подорвала устои католической церкви, но и дала сильный импульс к развитию многих нецерковных и антихристианских идей и философских направлений. Наиболее значительными из них явились деизм, пантеизм, материализм, оказавшие большое влияние на всю последующую историю мысли. Понятие Личного, Живого Бога начинает все чаще подменяется то бесконечной Субстанцией (пантеизм Спинозы), то отрешенным от мира «Божественным часовщиком» (деизм), то вообще мертвой материей (Гоббс, Гольбах, Молешотт). Соответственно этим направлениям развивалась и апологетика.