В итоге 31 января 1667 года было достигнуто общее соглашение о перемирии на тринадцать с половиной лет. К России отходили Смоленская земля, Северщина, Левобережная Украина и на два года — Киев с окрестностями. Запорожской Сечи договор предусматривал двойное подчинение. Обусловлен был обмен пленными. Только о «пашенных людях» предстояло согласовать вопрос на последующих переговорах. В случае враждебных действий Крыма против обеих частей Украины царь и король выступают на защиту совместно. Объявлялись свободными торговые отношения между подданными обоих государств. Прибывшие затем в Москву посланцы Речи Посполитой, подтверждая договор, заявили, что нужно дать компенсацию шляхте, изгнанной из Левобережья и Северской земли («потому что от нее беспрестанная докука и вопль»). Для удовольствия этих «выгнанцев» посланцы запросили огромную сумму, с которой русская сторона решительно не согласилась. И все же царь позволил выдать из казны один миллион польских злотых (по другим данным — две тысячи рублей).
Прием в Москве польских послов был чрезвычайно радушным. Тогда им «явили» наследника престола царевича Алексея Алексеевича, намекнув, что они видят возможного короля Речи Посполитой, поскольку этот вопрос время от времени всплывал в ходе переговоров. Как известно, Ян Казимир был бездетен, а потому введение наследственной монархии в данном случае исключалось.
Заключение Андрусовского перемирия стало важнейшим внешнеполитическим событием. Оно положило конец вековому противостоянию Речи Посполитой и России, будучи в 1686 году подтверждено Вечным миром. Киев так и остался в пределах России. Было закреплено воссоединение Левобережной Украины с Россией, возвращены старинные западно-русские земли.
Решая одни проблемы, Россия волей-неволей вовлекалась в водоворот других. А они сгущались на юге, где нависала угроза борьбы с Крымским ханством и Османской империей. Впрочем, эта забота была и у речи Посполитой, что послужило главным предметом обсуждений на встречах представителей примирившихся государств. Ближайшие годы показали обоснованность таких опасений.
Правительство Алексея Михайловича понимало значение акта, заключенного в Андрусове, и приложило много усилий, чтобы его результаты стали международным достоянием. Русские посольства посещают ряд европейских стран. Это было сопряжено также с признанием за царем нового титула. В основном поставленная цель была достигнута. Окончание войны торжественно отметили в Москве. Царь пожаловал служилых людей двадцатипроцентной передачей из поместных земель в вотчины. Наибольших царских милостей удостоился А.Л. Ордин-Нащокин. Он стал боярином, получил необычное титулование «царственной большой печати и государственных великих посольских дел сберегатель» и был назначен начальником Малороссийского и Польского приказов.
В отношениях царя с Ординым-Нащокиным был момент, который мог повлечь за собой трагические последствия для дипломата. Его сын Воин сбежал в Речь Посполитую, затем оказался у императора и, наконец, во Франции. Воспитанный в духе западных образцов (не без влияния отца, а особенно учителей-поляков), молодой человек решил искать счастья вне России. Такой поступок во времена Грозного мог бы стоить отцу головы. Тем более что Воин оставил службу, он был направлен из Москвы к отцу, который стоял тогда воеводой в Ливонии. Можно себе представить злорадство врагов А.Л. Ордина-Нащокина. Несчастный отец ожидал опалы и даже попросил у царя отставки. Но вместо этого он получил теплое, участливое письмо Алексея Михайловича. Царь утешал, как мог, своего любимца, проявив великодушие и найдя нужные слова. В обычной для себя высокопарной манере Алексей Михайлович изобразил постигшее Афанасия Лаврентьевича горе как попущение сатаны, который увлек «сего доброго агнца». Просьбе Ордина-Нащокина-старшего отрешить его от службы государь решительно воспротивился. Поступок Воина царь объяснил малодушием и молодостью: «Он человек молодой, хочет создания владычня и творения руку его видеть на сем свете, якоже и птица летает, семо и овамо и, полетав довольно, паки ко гнезду своему прилетает; так и сын ваш вспомянет гнездо свое телесное, наипаче же душевное привязание от Св. Духа во святой купели и к вам вскоре возвратится». Алексей Михайлович завершал свое послание наставлением продолжать честную службу, «а нашего государского не токмо гневу на тебя… ни слова нет». Венценосный автор письма оказался прав: Воин вернулся на родину и был прощен.
Окончание войны облегчило положение страны, но нанесенный ущерб продолжал сказываться. На первых порах правительство царя Алексея Михайловича не сразу отказалось от чрезвычайных налогов военной поры. Так, в 1668 году было предписано взыскать с торгово-промышленного населения страны «десятую деньгу». Занялись упорядочением судопроизводства. Некоторые статьи Уложения 1649 года потребовали уточнений, конкретизации, другие вследствие плохого исполнения решили вновь подтвердить. В 1669 году появились на свет «новоуказные статьи», продолжавшие законотворчество по уголовным и гражданским делам. Составители дополнительных законодательных норм позаботились о более четкой группировке статей по их тематике, что облегчало судьям поиск нужного материала. Усиление центральной власти вызвало некоторое сокращение круга обязанностей местных воевод в судебной сфере. Уполномоченные правительства (сыщики) направлялись в уезды для проведения розыска по различным делам. «Новоуказные статьи" предусматривали повышение значения свидетельских показаний в судебном процессе. Несколько ограничивалось применение пытки, наказаний, предусматривающих отсечение конечностей у обвиненных. Стали чаще заменять тюремное заключение ссылкой в Сибирь, что отвечало задачам заселения этой отдаленной окраины. Законодатели учли также решения Церковного собора 1666-1667 годов по делам воровства в храмах и другим проявлениям святотатства.
По— прежнему правительству Алексея Михайловича приходилось вплотную заниматься земельными делами дворянства. Участники войны 1664-1667 годов получили земельные и денежные пожалования, включая перевод части поместных дач в вотчинное владение. При этом учитывалась продолжительность военной службы, что влияло на размеры таких «придач». Эти меры намечали постепенное превращениe земельной собственности дворян из условной, временной в наследственную и постоянную.