На юге европейской части страны шло продвижение русских поселений на плодородные черноземы, что серьезно повлияло на правительственную политику. Длительное время там не поощрялось распространение крупного феодального землевладения, в частности из соображений обороны страны. Мелкие служилые люди «по прибору», наделенные небольшими земельными участками, представлялись более предпочтительными, нежели бояре и другие «ближние люди», для которых главная забота — заселить новые места своими крепостными крестьянами и холопами. Но в начале 70-х годов XVII века правительство Алексея Михайловича все чаще отказывается от прежнего курса и допускает проникновение крепостников в южные пределы. На этот счет издаются соответствующие царские указы, правда не лишенные противоречивости и потому создававшие много споров в среде землевладельцев.

По фискальным соображениям правительство отказывается от прежде данных льгот по таможенному обложению, отменив в 1672 году тарханные грамоты. А церковникам запрещалось промышлять «мирскими торговлями», держать лавки. О всех случаях нарушений указа надлежало докладывать («писать») царю. Вместе с тем проявлялась известная гибкость политики в торговых делах ясачных людей. По челобитным башкир с них запрещалось брать согласно грамоте царя от 1673 года таможенные пошлины при продаже продуктов их хозяйства. Притом главный мотив этой меры — «для их иноземства». Пошлины с мехов и других товаров в таких случаях взыскивались с покупателей. Льготной являлась торговля сибирских «бухарцев» — выходцев из Средней Азии, равным образом и купцов ряда восточных стран, посещавших Россию.

В те годы активно развивались торговые отношения с армянским купечеством, в частности Джульфинской компанией, которая действовала в «шахове области». Компания получила царскую жалованную грамоту на ввоз в страну шелка-сырца. Алексею Михайловичу армянские коммерсанты преподнесли весьма ценный подарок — алмазный трон. Однако армянские купцы желали большего. В августе 1672 года в Посольский приказ созвали видных русских купцов Василия Шорина, Михаила Гурьева, Остафия Филатьева и других. Их попросили дать ответ на следующий запрос властей: «Будет те армяне… шелк сырой и всякие персидские товары станут привозить в Московское государство и к Архангельскому городу, и в Великий Новгород, и Псков, и Смоленск, и за море в Немецкия земли с теми товары ездить учнут, и от того не будет ли московским и всех городов купецким людем в промыслах их помешки?» Купцы «за своими руками" подали «сказку" — ответ, где доказывали нежелательность транзита восточных товаров в европейские страны Авторы «сказки" ссылались на положения Новоторгового устава о защите прав отечественных торговцев и предрекали ущерб для царской казны. К тому же выдвигался аргумент о возможности прямых договоров армянских купцов с европейскими, минуя Россию. С этим мнением посчитались. Но вопрос всплыл снова после кончины Алексея Михайловича.

Правительство царя Алексея заступалось за русских торговцев, когда они подвергались притеснениям в других государствах, как это случилось в Шемахе с приказчиками О. Филатьева. Спустя много лет, вследствие обид, причиненных русским купцам в пределах Ирана, Петр Великий объявил войну соседней державе.

Восстание С.Т. Разина побудило Алексея Михайловича принять меры для укрепления сословных перегородок в обществе. Прежде всего это касалось служилых людей, поскольку в антиправительственном лагере объединились различные силы из низших сословий. Среди них были приборные служилые люди (стрельцы, городовые казаки, пушкари и др.). Практические и юридические шаги правительства имели целью затруднить переход из одного социального состояния в другое. Углубился водораздел между служилыми «по отечеству» (дворянами) и «по прибору». Более того, неоднократно выходили царские указы, запрещающие «верстание» из тяглого люда даже в низшие категории служилого сословия. В одном из указов повелевалось местным воеводам «из пашенных крестьян в службу не верстать и ни в какие чины без государева указу не приверстывать». В стрельцы и казаки предписывалось верстать их детей и родственников, но не выходцев из крестьян и посадских. Разумеется, жизнь не укладывалась в прокрустово ложе высочайших предначертаний. Но направленность мысли законодателя показательна. «Крепостной устав» давал о себе знать много лет после его появления на свет. Принцип сословности довлел над обществом. Он и послужил одной из причин грандиозного народного движения, во главе которого встал донской казак Степан Тимофеевич Разин.

Вторая гражданская война в России известна в историографии под названием Крестьянской войны 1670-1671 годов (иногда ее началом считают 1667 год — исходную дату знаменитой экспедиции Степана Разина к берегам Ирана).

Вряд ли есть основания отрицать социальную направленность движения. Борьба за свободу, как ее понимали угнетенные слои населения в условиях засилья крепостничества, произвола царской администрации, составляла сердцевину суть действий восставших. При этом объектом ненависти повстанцев были в основном бояре и прочие сановники, приказные дельцы и другие проводники правительственной политики. Личность царя представлялась в идеализированном виде, всю вину за неправедные дела в государстве возлагали на злодеев советников из окружения монарха. Конечно, возникало недовольство и самим Алексеем Михайловичем, о чем свидетельствуют всякого рода «непристойные речи» о царе, за которые сурово карали. Но в ходе самой крестьянской войны не проявлялось антицаристских настроений, о чем говорили «прелестные» письма и грамоты, распространяемые из лагеря повстанцев. Эти прокламации клеймили господ и начальных людей всех рангов, но призывов к свержению монарха или к расправе с ним не содержали.

Сохранилось любопытное свидетельство священника Н. Иванова, весьма бывалого человека, о том, что в Паншине городке С. Разин в казачьем кругу, по сути дела, обвинил «государевых неприятелей» в кончине за короткое время царицы и царевичей Алексея Алексеевича и Симеона Алексеевича, вопрошая: «Когда — де то бывало?» При этом атаман заявил о необходимости «изменников из Московского государства вывесть и черным людем дать свободу». В одном из «прелестных» писем 1670 года указывалось, что Разин выступил «за дом пресвятые Богородицы, и за всех святых, и за великого государя, царя и великого князя Алексея Михайловича…»