Федор Алексеевич был страшен неприятелям России, счастлив в победах, «народу любезен". Он принес стране мир, вывел множество людей „ис тьмы магометанства и идолопоклонства“, освободил православные села и деревни из мусульманского подданства, выкупил „многое число“ людей из плена, „пречудно“ украсил церкви.
Царь постоянно помышлял об обучении «российского народа" университетским наукам, определил для устроения университета Заиконоспасский монастырь в Китай-городе и написал для него „чудную и весьма похвалы достойную царскую утвердительную грамоту“. Он построил каменные дома для убогих и нищих на казенном коште, и «оных упокояше многия тысящи".
Федор Алексеевич простил народу недоимки и облегчил налоги. Он отменил местничество; «преизрядно обновил» царский дворец, Кремль и Китай-город; ввел новое платье. Государь еще многое совершил и планировал совершить «полезного и народу потребного», но скончался как христианин «сего народа с жалостным рыданием и со многоизлиянием слезным».
Надпись, сделанная при царевне Софье, с избытком подтверждается подлинными документами — прежде всего многочисленными именными (личными) указами Федора Алексеевича, рукописями проектов и т. п. Разумеется, любящая сестра хотела похвалить единокровного брата — но те же оценки воспроизвели в 1680-х годах летописцы политического противника Федора и Софьи патриарха Иоакима, в том числе его приближенный иеромонах (позднее казначей) Чудова монастыря Боголеп Адамов. Уже после падения Софьи, при патриархе Адриане, чрезвычайно высоко оценил деятельность Федора патриарший казначей Тихон Макарьевский, а другой патриарший летописец уподобил давно почившего государя Соломону.
Следует ли говорить, что все эти сочинения только сейчас начинают (с большими трудностями) публиковаться?! Больше повезло «Созерцанию краткому» Сильвестра Медведева, в котором подробно рассмотрены реформы последнего года царствования Федора и подчеркнуто личное участие государя даже в работе его мастеров и художников. Записанное около 1688 года «Созерцание» вышло сто лет спустя; впрочем, автор его еще в 1691 году был казнен на Лобном месте за проповедь, что народ имеет право «рассуждать».
Просветитель Сильвестр Медведев лично сотрудничал с весьма уважавшим его царем Федором и может быть обвинен в пристрастности. Но высокую оценку личности Федора как преобразователя зафиксировал в 1687 году магистр юриспруденции Георг Адам Шлейссингер, а в конце XVIII века ее подтвердили финско-шведский историк X. Г. Портан, французские ученые М. Левак и Н. ле Клерк.
Русские же ученые, такие как Татищев и Г.Ф. Миллер, пытавшиеся взглянуть на деяния Федора по возможности объективно, заранее писали «в стол» (сочинение первого издано в 1966 году, второго — не опубликовано до сих пор). Только митрополит Платон в 1805 году осмелился несколькими словами намекнуть, что «просвещение и поправление" Федора было предпочтительнее петровского. Платон был осторожен и защищен саном, зато французы получили гневную отповедь „Русского вестника“ за то, что, „единодушно выхваляя царя Федора Алексеевича“, наполняют свои сочинения „клеветой на отечественные наши летописи“, „ухищренным витийством“ и „нелепыми бреднями“.
Вопрос о личном участии Федора Алексеевича в делах Российского царства остался без монографического исследования, не считая дилетантской книжечки В.Н. Берха и едва начатой работы Е.Е. Замысловского. Между тем совершенно очевидно, что при Федоре не было одного лица или стабильной группы лиц (фаворитов, регентов или правителей), которым можно было бы приписать его стабильный политический курс по целому ряду направлений.
Прежде всего, в отличие от значительной части царствования Алексея Михайловича (1645 — 1676 годы), правлений Царевны Софьи (1682-1689 годы) и царицы Натальи Кирилловны (1689 — 1694 годы), при Федоре Алексеевиче не было первого министра, Посольским приказом, обычно таковому поручавшимся, ведали дьяки, а должность канцлера занимал невеликий администратор Д.М. Башмаков. Отказавшись передавать государственные печати первому министру, и до, и после него как бы представлявшему царя в правительстве, Федор Алексеевич с начала царствования склонен был подчеркивать значение самих печатей.
В управления центральными государственными учреждениями — приказами — прослеживаются изменения, которые можно оценить как элементы фаворитизма. Царский родственник И.М. Милославский в безумной погоне за властью шаг за шагом объединил в своих руках к началу 1679 года десять приказов, но в том же году семь из них потерял, а к концу 1680 года сохранил лишь один приказ, хотя был вхож во дворец, заседал в Думе и время от времени получал от царя лестные поручения (например, объявлял указы).
Клан Хитрово, еще при Алексее Михайловиче державший в своих руках чуть не все дворцовое ведомство (шесть приказов), после смерти его главы Богдана Матвеевича 27 марта 1680 года утратил монополию, хотя остался влиятельным благодаря царскому «дядьке" Ивану Богдановичу, никогда, впрочем, не претендовавшему на лавры политика. К концу царствования только Долгоруковы контролировали семь приказов, что было связано с военно-административной реформой (с конца 1680 года).
Крупнейшие государственные деятели Одоевские ведали всего двумя приказами, а Голицыны — одним (да и то недолго). Центр тяжести конкретных государственных решений переместился в Думу, о чем Федор Алексеевич заявил уже на третий день царствования со свойственной его именным указам энергией и лаконичностью:
«Боярам, окольничим и думным людем съезжаться в Верх в первом часу (то есть с рассветом) и сидеть за делы».
Сам он вскоре присоединился к боярам, причем для ускорения работы часть дел рассматривал лично. Так, на пятнадцатый день царствования Федор Алексеевич повелел ныне и впредь решать дела всех подвергнутых предварительному заключению в Разбойном приказе без промедления «и колодников свобождать без всякого задержанья», а дела, которые судьи не могут решить быстро, докладывать ему самому. Борьбой против извечного русского бича — бесконечного предварительного следствия и тюремного мучительства — царь занимался с присущей ему последовательностью.