Учитывая также указы о совершенствовании гражданского суда, не позволяющие подданным волокитить друг друга, надо признать, что Федор Алексеевич хорошо усвоил схоластический постулат, что надежда граждан на скорый и правый суд есть необходимое условие социального мира. Этому учил его в детстве Симеон Полоцкий, это настойчиво подчеркивал другой ученик Полоцкого — Сильвестр Медведев, писавший царю:

Ничто в мире лучше, яко глава

Крепкаго тела, егда умна, здрава.

«Головой" государства был царь и его „синклит“ (совет), укреплением которого Федор Алексеевич и занялся. При Михаиле Романове Боярская дума насчитывала в начале и конце царствования двадцать восемь — двадцать девять человек (иногда их было до тридцати семи); при Алексее — шестьдесят пять — семьдесят четыре человека. За свое краткое царствование Федор довел число думцев с шестидесяти шести до девяноста девяти; при этом число думных дьяков стабилизировалось, думных дворян — даже сократилось, а число окольничих хотя и выросло с тринадцати до двадцати шести, но осталось в пределах их численности при отце.

Особенностью царствования Федора было почти полное отсутствие «праздничных» пожалований чинов (в связи с коронацией, женитьбой, рождением сына и т. п.), когда они раздавались в основном родственникам и фаворитам. Боярство жаловалось соответственно знатности рода, военным заслугам, роли в дворцовом управлении и лишь в последнюю очередь — благодаря личной близости к государю.

Отсутствие ярко выраженного преобладания в Думе какой-либо группировки способствовало значительному смягчению придворной борьбы и увеличению продуктивности работы. Законодательство, особенно близкое родовому дворянству поместно-вотчинное, совершенствовалось сравнительно с Уложением 1649 года весьма энергично. Царь и Дума неоднократно утверждали даже не отдельные законы, а серии из десятков новых статей к Уложению.

Эти обширные дополнения и еще более семидесяти отдельных указов последовательно укрепляли и расширяли земле— и душевладение служилых феодалов, заботливо оберегали родовую собственность, сближали поместья с вотчинами и увеличивали вторые за счет первых. Дворянство ограждалось от притока лиц из податных сословий, а крестьяне сближались с дворовыми и холопами.

Лично Федора Алексеевича этот отлаженный процесс не очень занимал. Если дополнительные статьи к Уложению по вопросам судопроизводства он утвердил сам, на основе справки из Судного приказа, но без Думы, то поместно-вотчинные узаконения в некоторых случаях вводились в действие без царя, одним боярским приговором. Формула «государь указал и бояре приговорили» менялась в таких случаях на «по указу великого государя бояре приговорили», то есть фиксировала трансляцию полномочий сюзерена на высшее государственное учреждение.

Еще дальше этот процесс зашел в области административной практики, к которой государь прилежал с первых дней царствования. Четвертого августа 1676 года Федор Алексеевич утвердил скользящий график обсуждения в Думе дел по докладам из всех приказов. Но его собственные отлучки из столицы, особенно частые в теплое время года, не позволяли Думе непрерывно (кроме выходных) заседать в полном составе. В этом случае в Москве «для дел» оставлялась думская комиссия.

По традиции, назначение в ее состав считалось почетным и царь не мог отказать в нем представителям родовой знати, ссылавшимся «на старину». Записи в дворцовых разрядах с сентября по декабрь 1676 года и с марта 1678 года по октябрь 1680 года показывают, что из восемнадцати остававшихся «в царево место» бояр одиннадцать назначались от одного до трех раз, пятеро — от шести до семи раз.

Конечно, стабильность управления обеспечивали профессионалы, ведавшие делопроизводством: печатник Д.М. Башмаков и думный разрядный дьяк В.Г. Семенов. Постепенно Федор Алексеевич ввел постоянную должность председателя боярской комиссии (Я.Н. Одоевский) и его заместителя (А.А. Голицын), что и было отмечено в разрядных записях. Первый оставался в Москве шестнадцать, второй — двенадцать раз.

Логичным завершением этого процесса стало превращение комиссии Боярской думы в Расправную палату, которая по месту заседаний называлась также Золотой. Восемнадцатого октября 1680 года царь именным указом повелел: «Боярам, и окольничим, и думным людям сидеть в Палате, и слушать изо всех приказов спорных дел, и челобитныя принимать, а его великого государя указ по тем делам и по челобитным чинить по его великаго государя указу и по Уложению». Двенадцатого августа 1681 года Федор Алексеевич указал чиновникам, «которые сидят у росправных дел в Золотой палате… как учнут дела чьи, или свойственников их слушать— и тем в то время из палаты выходить».

«Серьезную перестройку с целью упрощения и дальнейшей централизации» отметил при Федоре лучший знаток истории приказов. Общее их количество сократилось с сорока трех до тридцати восьми, зато штат подьячих вырос колоссально. При Алексее (в 1664 году) в сорока трех приказах работал семьсот семьдесят один человек, при Федоре уже в 1677 году было на то же число учреждений тысяча четыреста семьдесят семь подьячих, а в конце его царствования в тридцати восьми приказах их было тысяча семьсот два! Крупнейшие ведомства насчитывали более четырехсот сотрудников, средние — семьдесят — девяносто, мелкие — тридцать — пятьдесят. Количество судей сократилось с сорока трех до тридцати одного, дьяков осталось столько же (приказных — сто двадцать восемь — сто двадцать девять).

Именными указами Федор Алексеевич установил единое время работы сотрудников центральных ведомств, от бояр-судей до подьячих: пять часов с рассвета и пять часов перед закатом (согласно русскому счету часов). Уже в 1677 году он повысил статус управлявшегося дьяками Разрядного приказа: отныне всюду, кроме учреждений, возглавляемых боярами и окольничими, они посылали не памяти, а указы.

Традиционная коллегиальность управления приказами была ограничена: с 1680 года имена «товарищей» главного судьи было в бумагах писать не велено. Тогда же имена думных дьяков было указано писать с полным отчеством, как и бояр. Наконец, в 1680 году Федор Алексеевич провел полную ревизию центральных ведомств, а в следующем году предложил им представить генеральную справку о совершенствовании законов.