Хоральная синаго га (19 02, мавританский стиль, ул. Р. Люксембург, 38) построена при деятельном участии томского купца Ильи Фуксмана. Евреи появились в Томске в XVII в. Первая община была малочисленна, едва набирался миньян (10 взрослых мужчин для богослужения), ее составляли в основном ссыльные и кантонисты. В 1837 г. вышли в свет «Правила, заключающие в себе меры против переселения евреев в сибирские губернии…», согласно которым, по замыслу Николая I, еврейское присутствие в Сибири следовало всячески ограничивать. Ссылаясь на это распоряжение, генерал-губернатор Западной Сибири не позволил строить еврейский молитвенный дом в Томске и отказался утвердить раввина. Только в 1859 г. томским евреям разрешено было открыть синагогу. Построил ее купец Каминер в ограде своего дома. В октябре 1905 г. в Томске произошел погром, погибло 56 чел., сотни были ранены. Многие еврейские магазины, лавки, дома были разграблены и разрушены. К 1910 г. в городе действовало 3 синагоги. Самая большая из них, к счастью, сохранилась до наших дней. В начале XX в. внутреннее пространство синагоги с верхними хорами перекрывал 20-метровый свод с большой серебряной люстрой, выполненной с применением символики шестиконечной звезды Давида. В 1910 г. во дворе построили двухэтажную каменную богадельню им. Исаака и Лидии Быховских, томских благотворителей. Рядом с богадельней располагалась иешива (духовное училище). В 1929 г. все имущество реквизировали, здание долгое время пустовало. В послевоенное время в синагоге разместился областной суд. В 1999 г. она возвращена верующим.

Римский католический храм Св. Девы Марии (1830-е, автор проекта неизв., ул. Бакунина, 4) построен на пожертвования ссыльных поляков, первые из которых появились в Томске в конце XVIII в. Затем, после каждого нового восстания в Польше, количество ссыльных увеличивалось. Архитектура костела выдержана в стиле венецианского классицизма с элементами барокко. В середине 1830-х гг. негоциант, один из основателей сибирского пароходства А.Ф. Поклевский-Козелл пожертвовал крупную сумму на строительство двухэтажного дома для ксендза. В середине 1850-х гг. к костелу построили каменную звонницу Кампанеллу в виде ворот (проект Г. Батенькова, арх. В.К. Фадеев) с лестницей к Градскому, или Ефремовскому, взвозу. В 1890-е гг. при костеле действовали католическая гимназия и приют. С 1891 по 1895 г. проводилась реконструкция здания по проекту архитектора К.А. Заренека. 8(20) сентября 1895 г. состоялось повторное освящение храма. Для отреставрированного костела в 1902 г. купили новый орган, более мощный по звучанию, чем предыдущий. Варшавский художник Бедронский написал для костела точную копию картины Рафаэля «Преображение» (ныне хранится в Томском художественном музее). Она располагалась над главным алтарем. По преданию, в этом храме венчался этнограф Б.А. Шостакович, дед выдающегося композитора Д.Д. Шостаковича. Костел просуществовал до июля 1937 г., когда был арестован ксендз Антоний Жуковский. После этого храм закрыли, здание занимал аэроклуб, склад и т. п. Согласно решению Томского облисполкома от 17 февраля 1978 г. здание католического костела объявлено памятником архитектуры местного значения. В 1978–1980 гг. проведена тщательная реставрация. После окончания работ в 1980 г. храм передали управлению культуры для размещения планетария, который находился здесь до 1990 г. 10 апреля 1990 г., в католическую Пасху, состоялось торжественное освящение костела.

Лютеранско-евангелическая кирха Св. Марии (2006, территория сада Буфф) построена из дерева за считанные месяцы специально к визиту президента России В.В. Путина и канцлера Германии А. Меркель в Томск. Строительство завершилось за несколько дней до прибытия правительственной делегации и обошлось областному бюджету в 14 млн руб. Одноименный каменный лютеранский храм существовал в городе с 1864 г. до середины 1930-х гг., затем был разрушен. В настоящее время на его месте устроены аттракционы городского сада культуры и отдыха.

Мечети в Томске две: Белая и Красная. Красная мечеть (1904, ул. Татарская, 22), принадлежавшая Татарской общине, – композиционный центр Заисточья, названа по цвету кирпича, применявшегося при строительстве здания. Сооружена на пожертвования местных мусульман в традициях восточной архитектуры: растительный орнамент, «мавританские» окна, узкие щели окон минарета – во всем прослеживается переработка местных традиций. Строилась она по такому же проекту, что и мечеть в Тобольске. В конце 1920-х гг. мечеть закрыли, затем переоборудовали под кинозал, с 1942 по 1985 г. в ней размещался ликероводочный завод, а с 1986 г. – цех завода пищевых продуктов. Ныне здание восстанавливается, в отреставрированной части проходят службы. В 1915 г. архитектор К. Лангер возвел для Бухарской общины Томска каменную мечеть в традициях средневековой бухарской архитектуры XIV–XV вв., названную Белой по цвету стен (Московский тракт, 43). В нижнем ярусе мечети размещалось бухарское духовное училище. После закрытия (1939) Белой мечети минарет и купол были разобраны, в помещении размещался цех карандашной фабрики. В 1990 г. мечеть возвращена мусульманской общине. В 1999 г. восстановлен минарет и завершена полная реставрация мечети.