Патриарх Никон отличался небывалой широтой интересов, способностями к самым разным наукам и ремеслам, чрезвычайной начитанностью. С детства более всего на свете полюбивший знания, прежде всего духовные, он не переставал стремиться к ним и учиться всю жизнь. К 1658 году Никоном была собрана библиотека, включавшая более тысячи книг и рукописей. Частью это были книги, перешедшие от прежних патриархов, частью - привезенные Арсением Сухановым за царские деньги, частью - приобретенные Никоном за собственные «келейные» средства. Среди последних оказались ценнейшие издания и рукописи, причем большинство на греческом и латинском языках. Это были древние богослужебные книги, сочинения святых отцов: Дионисия Ареопагита, Иустина Философа, Григория Чудотворца, Климента Александрийского, Киприана Карфагенского, Кирилла Иерусалимского, Афанасия Великого, Василия Великого, Григория Богослова, Иоанна Златоуста, Григория Нисского, Кирилла Александрийского и других; церковно-исторические книги; акты Вселенских и Поместных соборов, «История» Евсевия Кесарийского, Никифора Каллиста, сочинения Плутарха, Демосфена, Геродота, Страбона, Аристотеля153. Любимым чтением патриарха, по свидетельству И. Шушерина, были толкования Иоанна Златоуста на послания апостола Павла. Никон был образованнейшим и умнейшим человеком своего времени.
Если Никон не мог вникать непосредственно в процесс книжной справы, то исправления отдельных обрядов совершались исключительно им самим. При этом патриарх никогда не довольствовался только собственными мнениями, но старался следовать общему верованию Вселенской церкви.
Прибывший в Россию в 1654 году Антиохийский патриарх Макарий, а также представитель Сербской церкви Гавриил и позднее молдавский митрополит Гедеон на местном Соборе Русской церкви 1655 года утвердили верность троеперстия и внесли исправления во многие другие церковные обычаи и обряды. В неделю православия в 1656 году в Успенском соборе Кремля при великом стечении народа эти же святители подробно истолковали правильность троеперстия и прокляли тех, которые упорно держатся обычая креститься двумя перстами. Все это они затем закрепили отдельными грамотами за своими подписями и печатями. Они же благословили и все прочие изменения в русской богослужебной практике. Таким образом, обрядовые преобразования патриарха Никона были совершены по настоянию, благословению и с прямым участием Восточной церкви.
Русская иерархия в данном случае отнюдь не являлась слепым орудием восточных святителей. Принималось только то, что соответствовало общему мнению. В иных случаях разгорались большие споры. Так, на Соборе в 1655 году русское духовенство никак не хотело признавать обливательное крещение законным и не крестить вторично католиков, приходящих к православию. Макарию пришлось подкрепить свои доказательства выписками из древних книг. Когда стало очевидно, что мнение антиохийского патриарха соответствует исконному верованию православия, Никон сказал: «Я русский, сын русского, но мои убеждения и моя вера греческая». Многие архиереи согласились: «Свет веры... воссиял нам от стран Востока»154. Все это означало, иными словами, что хотя мы, русские, привыкли в этом деле думать и поступать по-своему, но раз Вселенская церковь издревле учит иначе, то мы должны изменить привычные взгляды и делать так, как учит Вселенская церковь. Это очень важное свидетельство об экклезиологических воззрениях Никона и многих в Русской церкви. Правда, с такой позицией на этом же соборе оказались согласны не все, некоторые, как пишет Павел Алеппский, «внутренне возроптали», но из страха перед Никоном не стали возражать. Ропот, по-видимому, в русском духовенстве пошел по этому поводу немалый, так как через год вопрос о крещении католиков рассматривался снова.
Согласно определению Собора 1655 года, был подготовлен к печати и 31 августа издан тиражом в несколько тысяч экземпляров новый Служебник с обширным предисловием. После получения в мае месяце ответов Константинопольской церкви по указанию Никона в октябре 1655 года была напечатана очень интересная книга «Скрижаль». Эту книгу прислал Никону еще в 1653 году константинопольский патриарх. Теперь она была переведена на русский язык, снабжена несколькими важными приложениями. В книге содержались толкования на литургию и другие священнодействия и обряды с целью изъяснять, насколько возможно, их таинственный смысл. В «Скрижали» было полностью опубликовано соборное послание Константинопольской церкви, а также - статья о крестном знамении, утверждавшая троеперстие, и статья о Символе веры, который очищался от искажений и утверждался в том виде, в каком он содержится и по сей день. Но напечатанную «Скрижаль» Никон не выпустил в свет без соборного о ней решения. В 1655 году были также напечатаны и разосланы 15 тысяч новых антиминсов с изображениями, различные указы патриарха о тех изменениях в обрядах, которые были приняты Собором.
23 апреля 1656 года Никон вновь собрал третий по счету Поместный собор Русской церкви. Он предложил отцам рассмотреть печатную книгу «Скрижаль» и обратил особое внимание на вопрос о крестном знамении. Никон подчеркнул, что троеперстное крестное знамение искони существует и в русском народе во многих местах, что двоеперстие появилось сравнительно недавно на основании «Феодоритова писания», «по неведению».
Сначала Собор рассмотрел «Скрижаль». Ее читали вслух в течение многих дней. Отцы признали книгу не только «непорочной», но и достойной всяких похвал и «удивления». Затем были рассмотрены все свидетельства и документы о крестном знамении, которые накопились к тому времени. Постановили: «Аще кто отселе, ведый, неповинится творити крестное изображение на лице своем, якоже древле св. Восточная церковь приняла есть и якоже ныне четыре вселенския патриархи... имеют, и якоже зде прежде православнии содержаша, но имать творити сие неприятное Церкви еже креститься двумя перстами, сего имамы всячески отлучена от Церкве вкупе с писанием Феодоритовым...»155 Таким образом, отлучению от Церкви по этому соборному определению подвергались не вообще все крестившиеся или ныне крестящиеся двумя перстами, а те, кто, зная об этом решении Собора, оказывают непослушание Церкви, не желая принять ее постановления.
Сказание о Соборе с изложением речи Никона и соборных определений было напечатано, присоединено к «Скрижали», и только после этого в середине 1656 года книга большим тиражом разошлась по стране.
Особый Собор 11 мая 1656 года с участием патриарха Макария был посвящен вопросу о крещении католиков. После долгих прений приняли окончательно, что католиков и вообще всех крещенных обливанием не следует крестить вторично, не следует и рукополагать второй раз униатских священников, переходящих в православие, как это делалось до сих пор.
Тем временем усердно трудился Московский печатный двор. В 1656 году были изданы Триодь постная, Ирмологий, Часослов, второй раз Служебник. Специальный Собор (уже не такой широкий) в октябре 1656 года обсудил и одобрил новый Требник, вышедший в свет уже в 1658 году. В 1657 году были выпущены Псалтырь следованная, непрестольное Евангелие, еще раз Ирмологий, Апостол; в 1658 г. вышли еще раз Служебник и следованная Псалтырь. Все это были книги, приводившие русские чины и обряды в единство с литургикой Восточной церкви. Преобразования в этой области были завершены.
Совершенно очевидно, что церковные исправления патриарха Никона нельзя назвать «реформой», а его самого - «реформатором» в том смысле, какой обычно вкладывается в эти понятия новейшим временем. С точки зрения таких понятий Никон скорее один из величайших консерваторов. Все его преобразования были сознательно направлены как раз на уничтожение «новшеств», каковыми, по его глубокому убеждению, являлись обряды, подвергавшиеся искоренению или исправлению.
Теперь, после Собора 1656 года патриарху предстояло обратить особое внимание на своих идейных противников. Основным оставался протоиерей Иоанн Неронов. Он был идейным вождем всей группы бывших «ревнителей», выступавших против патриарха. Находясь в ссылке, Неронов не прекращал действовать против Никона. Он не только часто писал царю, царице, о. Стефану Вонифатьеву и другим лицам обличительные письма и челобитные, но и обращался с посланиями ко всему народу, при каждом случае проповедовал устно, называя Никона «новым еретиком», пророча скорби всем, кто не выступит против патриарха156. То же самое, по существу, делали и все сосланные «ревнители» и их единомышленники. Самым сильным их аргументом против Никона стало изменение патриархом старых обрядов и книг. Это выдавалось за измену древнему русскому благочестию, то есть за измену православию вообще, так как Россия, как известно, «благочестием всех одоле...».
К исконному русскому православному благочестию патриарх Никон был привержен всей душой ничуть не меньше, чем его противники. И это отчетливо проявилось в целой кампании Никона против западных и всех вообще чуждых православию влияний. По свидетельству Павла Алеппского, в Москве жило много иностранных купцов (немцев, франков, шведов, англичан). «Прежде все они обитали внутри города, - пишет он. - Но нынешний патриарх Никон, в высшей степени ненавидящий еретиков, выселил их». За черту Москвы были высланы также армяне, татары, а их церкви и мечети в городе разрушены157.
В 1654 году Никон приказал изымать из домов богатых и знатных людей иконы, написанные в западноевропейском стиле, неправославно. Лики на этих иконах выскабливались, а затем иконы возвращались владельцам для написания православных изображений. И это тотчас было использовано против Никона его врагами. Когда началась эпидемия «морового поветрия» и Никон с царской семьей по указу государя покинул столицу, сторонники Неронова попытались поднять восстание в Москве из-за этих икон. Возник заговор. Его руководители не только обвиняли патриарха в «иконоборчестве», но и в том, что он исправляет книги и позволил «еретику» Арсению Греку портить церковные книги своим «еретичеством» (хотя в то время Арсений еще не приступал к справе и вообще исправление книг еще не началось, а был только Собор по этому вопросу). Этим заговорщики только выдали своих вдохновителей - идейных противников Никона. Князь Пронский «с товарищи» тогда успокоил волнение мирным увещеванием158. Но это побудило Никона объясняться с народом.