В следующем 1598 г. 7 января слабый телесным здоровьем Царь Феодор Иванович отошёл ко Господу. Многим уже была ясно, что царствовать будет Борис Годунов. Но не так просто было устроить сие! По общим мнениям Царём должен был бы быть кто-то от исконного царского рода Московских царей (то есть Рюрикович). Со смертью царевича Димитрия прямой ветви этой династии более не было. Но были близкие к ней, например, Шуйские (Рюриковичи). Однако Шуйских заблаговременно Годунов разгромил. Оставшийся в живых и на службе Василий Иванович Шуйский вёл себя тише воды и на царство не покушался. Были и другие родные покойного Царя Феодора. Среди них наиболее видным и всеми любимым являлся двоюродный брат Феодора Ивановича — князь Феодор Никитич Романов-Юрьев, имевший и нескольких братьев Никитичей. Феодор Никитич тоже никак никогда на царство не претендовал. Но средь народа и знати было немало таких, что хотели видеть его Царём. Были, конечно и сторонники Годунова, который состоял также в родстве с почившим Царём, будучи ему шурином (братом жены). Сделать выбор было не просто. Вспомнили и о престарелом «царе» Симеоне Бекбулатовиче, но Годунов успел расправиться с ним. Законным было бы и царствование вдовы Государя Царицы Ирины. Поначалу ей и стали было приносить присягу. Но она, давно всё решив в совете с братом Борисом, быстро постриглась в монашество в Новодевичьем монастыре. Можно было взять Царём и кого-то из королевских Домов Европы. За разговоры об этом дьяк Андрей Щелкалов сразу подвергся опале. Всех стали приводить к присяге боярской думе, что было невиданным новшеством для Руси. Но затем поспешили собрать большой Земский и Церковный Собор представителей всех сословий Великороссии для избрания Государя. Сторонники Годунова, в том числе и особенно Патриарх Всероссийский Иов, хорошо подготовили «мнение» собора. Иов решился даже на явный обман. Он записал в Грамоте Собора, будто ещё Иван IV Васильевич на смертном одре «приказал» в случае смерти сына Феодора царство его Борису Годунову.

Как это печально, что первый Патриарх Московский оказался способным на ложь. Он был за это наказан. Потеряв духовное зрение правды, он затем потерял и телесное, и вынужден был сам оставить правление церковью, уйдя «на покой», что потом, возможно, сделало его способным и на покаяние. Не ему, а новоизбранному Патриарху Гермогену суждено было стать за Русскую Землю в Смутное время, предрешить победу Отечества и сделаться мучеником за веру, правду и Родину.

При выборах своих в Государи Борис Годунов устроил настоящее представление! Он долго и упорно отказывался от царства, перед великими чудотворными святынями Русской Земли (в том числе — пред иконой Владимирской), произнёс несколько страшных клятв, что никогда и в мыслях не имел стать Царём... Ему подыгрывал Иов. Наконец, как бы с трудом, против воли, повинуясь «слезам и моленьям» народа, — согласился.

1 сентября 1598 г. Борис Годунов венчался на Царство. А в 1601 г. начался страшный, невиданный голод, длившийся три года! Начались большие разбои и нестроенья. И пошли первые слухи о явлении Самозванца Лжедмитрия. На Великую Русь надвигалась великая Смута.