Ещё до разгрома стороны Мстиславского-Шуйских, из угождения этим противникам Годунова Всероссийский Митрополит Дионисий с рядом других духовных и светских лиц стал предлагать то, что ещё так недавно почиталось явным грехом. Царица Ирина оказалась бездетной, Этим решили воспользоваться, чтобы убрать её от царя как сестру Годунова, влиявшую на мужа в пользу брата. Дионисий хотел говорить Государю Феодору, чтобы он «пожаловал отпустил бы Ирину во иноческий чин» и женился вторично «царского ради чадородия». Своевременно узнав о намерении Митрополита, Борис Годунов сумел отговорить его от таких предложений. Но узнавший о том Царь Феодор до глубины души возмутился. Будучи человеком действительно (а не по внешности только) православным Государь решительно стоял на том, что в таких делах, как и в прочих, Царь — человек должен блюсти обязательный всем церковный и Божий закон, не преступая его даже в мнимых целях «блага отечества», то есть не желал повторить греха Симеона Гордого, Василия III, Ивана IV, зная о последствиях этих грехов и, к тому же, очень любя свою Богоданную жену. Отчасти по этой причине, когда Дионисий потом стал «печаловаться» за Шуйских, Царь его не услышал и не защитил. Годунов устроил соборное смещение Дионисия и Митрополитом поставлен был очень преданный Годунову Ростовский епископ Иов. И когда, спустя определённое время, в 1589 г. возникло дело об учреждении в России Патриаршества, Борис Годунов всё устроил так, чтобы Патриархом Московским и всея Руси стал именно Иов.
Дело же устроения на Москве Патриаршества многозначительно и изумительно во многих отношениях. В 1596 г. состоялась знаменитая Брестская уния, подготовлявшаяся в польско-литовских землях ещё в 80-х годах. Ряд «православных» епископов согласились признавать над собою власть Римского папы, сохраняя лишь внешний богослужебный обряд Православия. Было сие почти то же, что уния Флорентийская.
Мы видели, как из века в век католический Рим старался подчинить себе Православные народы, в том числе — Русский народ. Очень деятельная работа иезуитов в польско-литовских землях привела, наконец, к успеху. Соединив грубые притеснения православных с хитростью и пользуясь оторванностью от Московии русских литовско-польских земель, католики добились от нетвёрдых, пошатнувшихся в вере пастырей согласия на подчинение Папе. И хотя далеко не все православные этих земель согласились на унию с Римом, это было крайне тревожным знамением наступления инославного Запада на Православный Восток, не менее, если не более тревожным, чем известная нам Флорентийская уния. Откликом на неё, как мы помним, стало учреждение автокефалии (независимости) Русской Церкви в 1448 г., когда, начиная с Митрополита Ионы, все последующие предстоятели нашей Церкви поставлялись собором своих русских епископов на Москве, без влияния и утверждения Патриархов Царьградских. Подобным же откликом, или ответом на грядущую унию Брестскую со стороны Великороссии стало желание учредить на Москве Патриаршество. Таковое к тому же как высшая степень церковной власти соответствовало бы высшей степени, достигнутой властью Московских Великих Князей, сделавшихся Царями.
В 1586 г. об этом пошли разговоры с прибывшим в Москву Патриархом Антиохийским Иоакимом. Тот обещал всё довести до сведения остальных трёх Патриархов Восточных (Константинопольского, Александрийского, Иерусалимского). В 1588 г. прибыл в Москву Константинопольский Вселенский Патриарх Иеремия. С ним разговоры о патриаршестве в России были тем успешней, что сам он много терпевший от турок в Царьграде, был не прочь переселиться в Россию, сделавшись здесь Патриархом. Но Российская сторона, наипаче Борис Годунов, Патриархом хотели своего Митрополита Иова. Дабы не обидеть Иеремию и в то же время сделать для него невозможным Московское патриаршество, ему сказали, что готовы иметь его Патриархом, но так, чтобы жил и служил он лишь во Владимире, а не в столице — Москве. Иеремия всё понял и отказался, согласившись поставить на Русское Патриаршество Иова. 26 января 1589 г. в Успенском соборе Кремля в необычайно торжественной обстановке Митрополит Иов был провозглашён Патриархом Московским и всея Руси! Ясней становилось всё более великое предназначение Великой России. Возымев в себе Царство, она возымела отныне и Патриаршество, этого очень хотел благочестивый Государь Феодор Иванович, радовался сему и весь Великороссийский народ. Однако Иов оказался человеком, как говорится, «подпорченным», способным на лицемерие, притворство и великую лживость в великих вещах.
Не прошло и двух лет, как в России случилось ужасное: в 1591 г. 15 мая в Угличе был зарезан девятилетний Царевич-отрок Димитрий. Злодеянье сие совершили люди Бориса Годунова и по его приказу, Это вполне выясняется из всей совокупности данных, соответствует и Житию убиенного Царевича Димитрия, причисленного вскоре к лику святых. Годунов, конечно, старался представить дело иначе. Особое следствие во главе с Василием Шуйским, отметая правдивые показания, упрямо, но довольно коряво изображало всё как несчастный случай: будто бы юный Царевич в припадке падучей болезни сам наткнулся на ножик, которым играл с друзьями. Однако люди тогда (и особенно в Угличе) точно знали, что это не так, что Димитрию во дворе перерезал горло один из слуг Годунова. Его, как и его сообщников угличане тогда же на месте убили, уничтожив тем самым важных свидетелей. Но слуги убийц тогда же сказали всю правду. Все тогда, в том числе и патриарх Иов хорошо понимали, что нужно (выгодно) было это убийство именно Годунову, очень хотевшему стать Царём, этой цели он никогда не смог бы достичь, если б в живых оставался Царевич Димитрий. А что Годунов давно уж хотел стать царём было так широко известно, что об этом, как о важном обстоятельстве жизни Московии, писали разные иностранцы, ещё до страшного злодеяния. Да и всё говорило о том. Так, двор свой Борис Годунов устроил точным подобием царского, присвоил себе ряд невиданных пышных титулов, при живом Государе, от своего имени и имени своего сына Феодора подписывал важные грамоты и т.д., как бы видя себя уже царствующим. Желанием царствовать Годунов давно делился с особенно близкими ему людьми и просил колдуний предсказать ему, будет ли он Государем. Одна из них предсказала, что будет, но только семь лет. Повторяем, всё это тогда уже было многим, в том числе иностранцам, известно.
Не случайно Борис Годунов страшно расправился с Угличем, у жителей коего не вызывала сомнений причастность Бориса к убийству царевича Димитрия. Большинство жителей города были высланы в Сибирь, некоторых казнили и рассадили по тюрьмам, колокол Углича был увезен в Тобольск. После сего город Углич совсем запустел. Кара Божия явилась довольно быстро. 6 июня, огромный пожар случился в Москве, а под стенами её явились из Крыма татары. Впрочем, некоторые летописцы говорят, что и то и другое было делом рук Годунова, хотевшего, чтобы москвичи в своих бедах быстро забыли беду, происшедшую в Угличе. Что ж, может быть. На Годунова это очень похоже.
Что же Глава Русской Церкви, призванный быть совестью Государства? Патриарх Иов, всем обязанный Годунову, в свою очередь всё делал в пользу его, отрицал и убийство царевича Димитрия, говоря о несчастном случае, и идя таким образом даже против церковного знания и сознания тех времён.
С кончиной царевича Димитрия кончилась прямая ветвь Рюриковичей, а значит, кончилась династия царей и великих князей Московских, столько веков правивших Великой Россией! Вот к чему приводило безумное, вплоть до сыноубийства, беззаконие Ивана IV! Невинный сын-отрок как бы расплачивался за виновного отца. Однако это было только началом расплаты. Страшные беды должны были обрушиться и на Государство и на весь Великорусский народ.
Но это будет поздней. А тогда, после 1591 г. продолжалось спокойное и благое царствование Государя Феодора. Успешно слагались и внешние дела. Под руку Москвы запросился Грузинский Царь Александр Кахетинский, теснимый и Турцией и Ираном в лице Шаха Аббаса Великого. Последний потом с помощью сына Царя Александра-Константина, обращённого в мусульманство, всё же сумел удержать в своём влиянии Грузию, но не надолго. Воевали тогда и выгодно договорились со шведами. В Польше, после смерти Стефана Батория, Русский Царь Феодор Иванович чуть было не стал королём! Этого очень хотела большая часть панства и люда. Но всё разрушилось о невыполнимость условий. Царь Феодор должен был короноваться в Кракове, именоваться сначала королём Польским, великим князем Литовским, а потом уж Царём Московским, а также должен был из Православия перейти в католичество. Никакой подлинно православный и подлинно Русский Царь таких условий принять не мог никогда, несмотря ни на какие выгоды соединения в одних руках власти над двумя великими тогда государствами — Московским и Польско-Литовским. И хорошо, что не смог бы! Лучше за верность свою пользоваться поддержкой и милостью Царя царствующих и Господа господствующих — Бога!
Милость же Божия к Русской Земле при Государе Феодоре явлена была во многом, в том числе и в состоявшемся Всероссийском прославлении чудотворной Курской Коренной Знаменской иконы Пресвятой Богородицы. Это случилось в 1597 г. и случилось так. Курская святая икона чудотворила с XIII столетия. Слава об этом распространилась по всей Русской Земле. И вот благочестивый Царь Феодор Иванович пожелал видеть святыню в столице. Встречала икону необычайно торжественно вся Москва во главе с Государем, Патриархом, духовенством, Синклитом (так частенько у нас называли ближайших к царю служилых князей и бояр, то есть Правительство). Курскую Коренную икону поместили в Успенском соборе Кремля. Она чудотворила и здесь, Царь Феодор решил придать иконе более благолепный вид. Дело в том, что сия икона была весьма небольшой (примерно 15x15 см.) и представляла собою такой же образ Знамения Матери Божией, что и известная Новгородская икона. По указу Государя Феодора Курскую иконочку вставили в кипарисную раму, а на раме изобразили Ветхозаветных Пророков, возвестивших о рождении Спасителя міра от Девы. Этими изображениями икона стала отличаться от Новгородской и увеличилась в размерах, царица Ирина собственноручно вышила для Курской иконы богатую пелену. После того, как столица достаточно поклонилась святыне, её возвратили в Курск. Затем перед вступленьем в Москву самозванец Лжедмитрий 1-й взял вновь икону из Курска и привёз в столицу. Суеверный, но маловерный не знал, что святыни не только не помогают неправым и злым делам, но разрушают их... Курская Коренная икона пробыла в Москве до 1615 г., то есть до полного окончания Смуты и воцаренья в России новой династии Романовых. Но было это поздней, а тогда, в 1597 г. Государь подумал, что икона называется Курской, а Курска-то нет! Как помним, он был сожжён при Батые. Тогда Государь Феодор издал два указа — один о построении города Курска «на его прежнем месте» и второй — об устройстве мужского монастыря (Коренной Пустыни) на месте обретения иконы в 27-ми верстах от Курска в 1295 г., это вписалось как бы само собой в общий замысел построения или укрепления целого ряда городов на южных границах тогдашней Великороссии с целью поставить заслоны против Крымских татар, что и было исполнено.