Таким образом, не мнимые притязания Никона на управление Государем и государством, а притязания Алексея Михайловича на главенство в церковных делах стали причиной великой духовной драмы, разыгравшейся в России в XVII веке. Она дорого обошлась государству.
И тогда, и поздней не раз отмечалось, что Церковь и государство, духовное и мірское в жизни народа — это, как дух и плоть в существе отдельного человека, или как две главы одного орла. Плоть нередко восстаёт против духа. Такие «восстания» в истории Великороссии мы уже наблюдали. Но мы видели также, что каждый раз Русский народ находил в себе силы препобеждать эти бунты, и должный порядок или «симфония» отношений духовного и мірского восстанавливались, так что, несмотря на колебания, в общем и целом Православная Русь оставалась духовно единой. Но теперь, в середине XVII-го столетия мы наблюдаем уже не «восстание», а настоящий раскол между двумя основными началами общенародной жизни, когда государство (мірское начало) стремится сознательно к главенству над Церковью (началом духовным). Такое стремление уже не случайно и не стихийно; оно вытекает из начавшегося обмірщения сознания и жизни очень большой части Великороссийского общества, отхода этой части от устоев Святой Руси.
Недаром тогда так боялись в народе приближения года 1666-го! Как известно из Апокалипсиса, шестьсот шестьдесят шесть — это число имени зверя» — антихриста, пришествие коего знаменует начало конца земной истории человечества, конца міра. И что же мы видим? Именно в этом году начал работать Большой Московский Собор, осудивший и Патриарха Никона, и его противников старообрядцев, то есть всех, кто, хотя и по-разному, но об одном и том же старался — сохранить Великороссийский народ как целое в послушании православным устоям всего бытия. «Конец міра» тогда был только прообразован в России. Стремление государственной власти свергнуть совет и согласие с властью церковной и даже подчинить себе Церковь означало конец того міра Великороссийской жизни, в котором общепризнанным мерилом вещей являлось всё то, что входит в понятие Святая Русь... Определенная часть Великой России решительно не пожелала признавать устои Святой Руси, захотела быть, как народы в западных странах. Хотя Большой Московский Собор решил дело об отношениях церковной и царской власти не в пользу желаний Алексея Михайловича, было ясно, что если царская власть стала духовно на сторону тех, кто не желает «симфонии» с Церковью, то разрушение этой «симфонии» неизбежно, дело только во времени...
Раскол между Церковью и государством привёл к многочисленным бедам. Для назиданья России Божья благодать стала обучительно отступать от неё так, чтобы это было понятно и властям и народу. Алексей Михайлович проиграл войну со Швецией и во многом войну с Польшей. Мы помним, как победно последняя началась, когда Царь был в дружбе с Патриархом. После разрыва их отношений дела в польской войне пошли хуже и хуже. В дело вмешалась и Турция. В итоге к России потом отошла только Левобережная Украина и Киев. Конечно, и это было великим событием! Но воссоединения с Великороссией желали и прочие православные исконно-русские земли (и Правобережная Малороссия) однако из них, казалось, уже отвоёванных, русским пришлось отступить. Во внутренней жизни страны начались ещё худшие беды. Ухудшилось положение крестьян, в частности в связи с расширением хлебной торговли. Помещики увеличивали барщину, что не все могли выдержать. Множество крестьян стали бежать на Дон, где пополняли ряды безправной, не принимаемой домовитым казачеством, голытьбы. О бунтах начала 1660-х годов мы уже говорили. В конце этих годов на Дону голытьба стала объединяться вокруг очень лихого и очень удачливого атамана Стеньки (Степана) Разина. Сущий разбойник, он стал в то же время и вором, то есть преступником государственным. Нельзя отказать негодяю в размахе и широте его замыслов. Они состояли в том, чтобы, взбудоражив и так волновавшийся Русский народ, поднять его на борьбу против власти, чтобы восстановить «правду» и «справедливость» во всём государстве. Поскольку во всём народе вера Царю и почитанье его сохранялись незыблемо, то бунтари утверждали, что идут вовсе не против Царя, а против его воевод и бояр, творящих везде беззакония вопреки Государю (то есть как бы за «освобождение» Царя от дурного его окружения).
Разин смекнул, что для столь всероссийской задачи нужен ему человек всероссийского уровня и значения. Таким человеком тогда был опальный и любимый народом Патриарх Никон. Поэтому, ещё до осужденья Святейшего, но уже во время его опалы когда он пребывал в Новоиерусалимской своей обители, к нему тайно под видом паломников пришли казаки, как думают, во главе с самим Стенькой Разиным и попытались склонить Патриарха присоединиться к восстанию, которое только ещё замышлялось. Говорили, что в этом случае он снова станет во главе Русской Церкви, С той же целью потом, уже во время восстания в 1670 г. казаки вновь посетили Никона уже томившегося в заточении в Ферапонтове монастыре на Белоозере. Святейший Никон решительно разницам отказал, но властям их не выдал, за что сам потом поплатился новым сыском и ужесточением содержания. Разницы всё же старались посеять слухи, что Никон за них, а они за него, несправедливо гонимого. Можно представить себе, какая ужасная смута случиться могла в России, если бы Никон и впрямь поддержал Стеньку Разина! Отказом своим Патриарх просто спас тогда государство. Этот подвиг его до сих пор остается неоценённым. Меж тем в 1670 г. Разин с верными ему казаками и множеством голытьбы двинулся с Дона на Волгу, взял Астрахань, Царицын, Саратов, много других городов. К нему массами примыкали крестьяне и поволжские инородцы. Волна «воровской войны» грозила дойти до столицы. В 1671 г. под Симбирском Разин был сильно разбит царским войском, потом он бежал на Дон, где коренная казачья «старшина» выдала его московским властям. Но крови было пролито много и соделано много смятения. К нему стало тогда прибавляться и смятенье иного рода. После 1658 г., когда Никон ушел от правления Церковью, Царь Алексей Михайлович, желая использовать против него его непримиримых врагов, бывших «ревнителей благочестия», вернул их из ссылки. Но они, очень скоро увидев, что книжные и обрядовые исправления, сделанные Патриархом, поддерживаются и властями, повели очень деятельную проповедь в гуще народной, как против этих исправлений, так и против властей. При этом все всероссийские беды и ухудшение жизни народа находили понятное, лёгкое объяснение: всё идёт от того, что попрали старую «веру» (обряды) и приняли «новую», то есть отступили от Бога. Хотя, как мы видели, отступление было совсем в другом и собственно веры исправления Никона совсем не касались. Но в сознании многих доверчивых быстро соединялось: старые обряды и книги — старая добрая жизнь, новые — причина Божия гнева и бедствий.
Проповедям Аввакума и подобных ему стали теперь внимать всё больше и больше людей. Точно также, как Никон, многие люди тогда чувствовали и видели нечто антихристово во многих деяньях и настроениях власть имущих, отступление значительной части Российского общества от устоев Святой Руси. Расколоучители раздували эти явления до впечатлений кончины міра, предсказанной в Апокалипсисе, которая неизбежно должна случиться, если не завтра, то в самые близкие дни! Поэтому чтобы спастись, нужно бежать от «никонианской церкви», нужно теперь же совсем отказаться от мира и даже пойти на самоубийство. Алексею Михайловичу пришлось снова засадить за решетку и Аввакума и всех самых рьяных расколоучителей. Но было уже поздно! В 1670-х, а наипаче в 80-х и 90-х годах движение старообрядчества стало массовым, охватив хотя и значительно меньшую, но немалую часть народа. Второй великой ошибкой Царя Алексея Михайловича сделалось то, что он не последовал Никону в отношении к старым обрядам и сторонникам их, и, имея возможность повлиять на решенья Большого Собора в этом вопросе, не повлиял. Прокляты были и старообрядцы и самые эти обряды. Сторонники их оказались в расколе с Церковью. Так и случился в России церковный раскол. Так обнаружилось также, что Царь, один, без послушания Патриарху, делами церковными править не может!
Алексей Михайлович после Большого Собора от церковных дел отошёл. Свою вину перед «собинным другом» и духовным отцом Патриархом Никоном он, как видно, чувствовал постоянно, посылал ему дорогие подарки, просил молитв за себя и свою семью. Но при этом, до конца своих дней не исполнил прошений Никона разрешить ему жить в Иверском или Новоиерусалимском монастыре, и, остановив строительство последней обители в 1666 г., так до смерти своей и не возобновил его (хотя очень любил жертвовать вообще на постройку церквей и обителей).
В 1669 г. умерла Царица Мария Ильинична (Милославская). Государь женился вторично на Наталье Кирилловне Нарышкиной. От первого брака у него был Наследник Престола Феодор, и сын Иван. От второго — ещё были дети, в том числе и Пётр Алексеевич, будущий даже уже не Царь, — Император!... В 1676 г. Алексей Михайлович скончался, на 47-м году своей жизни. Царём Православных народов Балкан и Востока он так и не стал. А в своей державе Российской стал причиною многих разладов и желанного для врагов ослабления внутренней крепости.
Интересна участь других противников Никона, прежде всего тех, что судили его на Большом Московском Соборе. Все они, без исключения, кончили очень плохо. Так, Паисий Лигарид, уличенный в латинстве и мужеложестве, был из Москвы удален в заточение, где и скончался, не вернувшись на родину или к Римскому папе. Патриархи Макарий и Паисий, ещё при поездке на суд в Москву именно за это были лишены своих кафедр, не без помощи Патриархов Константинопольского и Иерусалимского, бывших против суда над Никоном. По возвращении из Москвы, Паисий Александрийский своей паствой был изгнан и в изгнании скончался. Макарий Антиохйиский умер в турецкой тюрьме, обвинённый в каких-то денежных преступлениях. В расцвете лет (в Грузии) умер и сын его архидиакон Павел Алеппский, оставивший нам свой замечательный труд о России.